微科盟生科云基于Reads(有参)的宏基因组分析流程，对宏基因组测序数据进行质控去宿主, 功能注释, 基础统计, 差异比较, 通路图, 相关性分析, 物种注释, 筛选物种, 物种统计, 物种差异, 物种多样性, 物种相关性等分析；功能注释步骤采用HUMAnN3软件，将reads比对到UniRef90数据库，HUMAnN3内部使用metaphlan4软件注释reads物种；便于分析基因的物种来源，对已知基因的分析覆盖度较高，丰度较准确

微科盟生科云基于组装(De novo)的宏基因组分析流程，对宏基因组测序数据进行质控去宿主, 功能注释, 基础统计, 差异比较, 通路图, 相关性分析, 物种注释, 筛选物种, 物种统计, 物种差异, 物种多样性, 物种相关性等分析；功能注释步骤采用传统的contigs组装、基因预测、基因去冗余、非冗余蛋白定量、非冗余蛋白物种注释、非冗余蛋白功能注释等分析方法；便于发现未知基因，但对已知基因的覆盖度稍低，由于从reads到数据库基因之间比对了两次，丰度准确率有一定损失

扩增子分析流程基于Qiime2软件，对扩增子二代测序数据（包括16S，ITS，18S等）进行去噪生成ASV，分类注释，物种筛选， 基础统计，显著性差异比较，α多样性分析，β多样性分析，相关性分析，PICRUSt2功能预测，功能统计，功能差异比较等

扩增子三代测序分析流程基于Qiime2软件，对扩增子三代测序数据（包括16S，ITS，18S等）进行去噪生成ASV(qiime dada2 denoise-ccs命令)，分类注释，物种筛选，基础统计，显著性差异比较，α多样性分析，β多样性分析，相关性分析，PICRUSt2功能预测，功能统计，功能差异比较等

生科云非靶向代谢组分析流程，对非靶向代谢组测定数据进行质量评估(QA)，质量控制(QC)，标准化校正，基础统计，主成分分析，最小二乘判别分析，机器学习分析，单变量分析，相关性分析，富集分析，拓扑分析，以及画代谢通路图

生科云高通量靶向代谢组，对高通量靶向代谢组测定数据进行质量评估(QA)，质量控制(QC)，标准化校正，基础统计，主成分分析，最小二乘判别分析，机器学习分析，单变量分析，相关性分析，富集分析，拓扑分析，以及画代谢通路图

生科云靶向代谢组分析流程，对靶向代谢组测定数据进行质量评估(QA)，标准化校正，基础统计，主成分分析，最小二乘判别分析，机器学习分析，单变量分析，相关性分析

微科盟生科云宏基因组分箱流程，对宏基因组测序数据进行质控去宿主，分箱，Bin提纯，Bin质量评估，Bin筛选，Bin去冗余，定量，功能注释，基因数目统计，物种注释，计算Bin进化树，Bin丰度统计图，Bin丰度差异比较Bin丰度相关性分析，Bin基因数目统计图，KEGG通路图，进Bin化树图，基因组圈图等分析

微科盟宏转录组分析流程

微科盟宏病毒组分析流程，对宏病毒组测序数据进行质控去宿主，reads物种注释, 组装, 组装物种注释, 功能注释, 计数统计, 基础统计, 差异比较, 相关性分析, α多样性分析, β多样性分析, 噬菌体宿主预测等

微科盟真核有参转录组分析流程，对真核有参转录组测序数据进行数据质量控制, 比对参考基因组, 新转录本预测, 变异位点分析, 可变剪接分析, 定量分析, 挑选差异表达基因, 富集分析(ORA, GSEA), 蛋白互作网络分析, WGCNA分析, 时序分析

微科盟生科云真核无参转录组分析流程，针对无参考基因组或参考基因组组装较差的物种开发的分析流程。该流程主要分析内容为：数据质控与过滤，转录本拼接，层次聚类，转录本质量评估，功能注释，转录因子预测，差异表达分析，富集分析，变异分析及SSR分析等。

微科盟生科云人类外显子重测序分析流程，针对人类外显子组重测序分析开发的流程。该流程主要分析内容为：数据过滤，数据质控（测序数据碱基错误率分布、碱基质量分布、数据碱基分布），测序深度（测序数据测序深度分布、测序数据累积测序深度分布、测序数据平均测序深度及覆盖度），变异识别结果（SNP识别结果、Indel识别结果、CNV识别结果），SNP统计（SNP数量统计、SNP转换巅换统计），Indel统计（Indel数量统计、Indel插入删除统计），CNV统计（CNV数量统计、CNV拷贝数统计），变异注释结果。

真菌基因组精细图分析流程使用三代测序数据进行组装、二代测序数据进行辅助组装，获得其基因组序列，并对其组装后序列进行基因组组分分析、基因功能分析、比较基因组分析、群体进化分析、甲基化分析等分析。

微科盟生科云蛋白组TMT分析流程，对蛋白组搜库及定量数据进行结构域分析，聚类分析，PCA分析，筛选差异蛋白，对不同筛选条件的差异蛋白列表进行比较，以及差异蛋白对应丰富的功能分析

微科盟10X单细胞转录组数据分析流程，对10X单细胞数据进行原始数据质控，Cellranger分析，单细胞质量控制与过滤，降维与细胞聚类，标记基因鉴定，细胞类型注释，细胞类群差异分析，拟时序分析等分析。

微科盟细菌基因组完成图分析流程,对细菌基因组完成图测序数据进行数据质控, 基因组组装, 基因预测, 菌种鉴定,基因组组分预测, 功能注释, 致病系统分析, 代谢系统分析,比较基因组分析