微科盟生科云基于Reads(有参)的宏基因组分析流程，对宏基因组测序数据进行质控去宿主, 功能注释, 基础统计, 差异比较, 通路图, 相关性分析, 物种注释, 筛选物种, 物种统计, 物种差异, 物种多样性, 物种相关性等分析；功能注释步骤采用HUMAnN3软件，将reads比对到UniRef90数据库，HUMAnN3内部使用metaphlan4软件注释reads物种；便于分析基因的物种来源，对已知基因的分析覆盖度较高，丰度较准确

微科盟生科云基于组装(De novo)的宏基因组分析流程，对宏基因组测序数据进行质控去宿主, 功能注释, 基础统计, 差异比较, 通路图, 相关性分析, 物种注释, 筛选物种, 物种统计, 物种差异, 物种多样性, 物种相关性等分析；功能注释步骤采用传统的contigs组装、基因预测、基因去冗余、非冗余蛋白定量、非冗余蛋白物种注释、非冗余蛋白功能注释等分析方法；便于发现未知基因，但对已知基因的覆盖度稍低，由于从reads到数据库基因之间比对了两次，丰度准确率有一定损失

扩增子分析流程基于Qiime2软件，对扩增子二代测序数据（包括16S，ITS，18S等）进行去噪生成ASV，分类注释，物种筛选， 基础统计，显著性差异比较，α多样性分析，β多样性分析，相关性分析，PICRUSt2功能预测，功能统计，功能差异比较等

扩增子三代测序分析流程基于Qiime2软件，对扩增子三代测序数据（包括16S，ITS，18S等）进行去噪生成ASV(qiime dada2 denoise-ccs命令)，分类注释，物种筛选，基础统计，显著性差异比较，α多样性分析，β多样性分析，相关性分析，PICRUSt2功能预测，功能统计，功能差异比较等

生科云非靶向代谢组分析流程，对非靶向代谢组测定数据进行质量评估(QA)，质量控制(QC)，标准化校正，基础统计，主成分分析，最小二乘判别分析，机器学习分析，单变量分析，相关性分析，富集分析，拓扑分析，以及画代谢通路图

生科云高通量靶向代谢组，对高通量靶向代谢组测定数据进行质量评估(QA)，质量控制(QC)，标准化校正，基础统计，主成分分析，最小二乘判别分析，机器学习分析，单变量分析，相关性分析，富集分析，拓扑分析，以及画代谢通路图

生科云靶向代谢组分析流程，对靶向代谢组测定数据进行质量评估(QA)，标准化校正，基础统计，主成分分析，最小二乘判别分析，机器学习分析，单变量分析，相关性分析

微科盟宏转录组分析流程, 对宏转录组原始测序数据进行质控, 去宿主序列, 去rRNA序列, 转录本拼接, 基因去冗余, 基因定量, 基因物种注释, 功能注释, 物种定量, 功能定量, 挑选差异表达基因, 差异基因热图和Venn图, 差异基因富集分析, 差异基因蛋白互作网络分析, 以及物种丰度, 功能丰度的基础统计, 差异比较, 相关性分析, 功能物种来源分析, 物种α多样性, β多样分析等内容

微科盟宏病毒组分析流程，对宏病毒组测序数据进行质控去宿主，reads物种注释, 组装, 组装物种注释, 功能注释, 计数统计, 基础统计, 差异比较, 相关性分析, α多样性分析, β多样性分析, 噬菌体宿主预测等

微科盟真核有参转录组分析流程，对真核有参转录组测序数据进行数据质量控制, 比对参考基因组, 新转录本预测, 变异位点分析, 可变剪接分析, 定量分析, 挑选差异表达基因, 富集分析(ORA, GSEA), 蛋白互作网络分析, WGCNA分析, 时序分析

微科盟生科云宏基因组分箱流程，对宏基因组测序数据进行质控去宿主，分箱，Bin提纯，Bin质量评估，Bin筛选，Bin去冗余，定量，功能注释，基因数目统计，物种注释，计算Bin进化树，Bin丰度统计图，Bin丰度差异比较Bin丰度相关性分析，Bin基因数目统计图，KEGG通路图，进Bin化树图，基因组圈图等分析

微科盟细菌基因组框架图分析流程,对细菌基因组框架图测序数据进行数据质控, 基因组组装, 基因预测, 菌种鉴定,基因组组分预测, 功能注释, 致病系统分析, 代谢系统分析,

微科盟细菌基因组完成图分析流程,对细菌基因组完成图测序数据进行数据质控, 基因组组装, 基因预测, 菌种鉴定,基因组组分预测, 功能注释, 致病系统分析, 代谢系统分析,比较基因组分析

微科盟miRNA数据分析云流程，对miRNA数据进行原始数据质控，序列长度与来源分析，mirdeep2分析，样本聚类分析，差异与富集分析。

微科盟生科云蛋白组TMT分析流程，对蛋白组搜库及定量数据进行结构域分析，聚类分析，PCA分析，筛选差异蛋白，对不同筛选条件的差异蛋白列表进行比较，以及差异蛋白对应丰富的功能分析

真菌基因组精细图分析流程使用三代测序数据进行组装、二代测序数据进行辅助组装，获得其基因组序列，并对其组装后序列进行基因组组分分析、基因功能分析、比较基因组分析、群体进化分析、甲基化分析等分析。

真菌基因组框架图分析流程使用二代测序数据进行组装，获得其基因组序列，并对其组装后序列进行基因组组分分析、基因功能分析、比较基因组分析、群体进化分析。

微科盟生科云人类外显子重测序分析流程，针对人类外显子组重测序分析开发的流程。该流程主要分析内容为：数据过滤，数据质控（测序数据碱基错误率分布、碱基质量分布、数据碱基分布），测序深度（测序数据测序深度分布、测序数据累积测序深度分布、测序数据平均测序深度及覆盖度），变异识别结果（SNP识别结果、Indel识别结果、CNV识别结果），SNP统计（SNP数量统计、SNP转换巅换统计），Indel统计（Indel数量统计、Indel插入删除统计），CNV统计（CNV数量统计、CNV拷贝数统计），变异注释结果。

微科盟生科云真核无参转录组分析流程，针对无参考基因组或参考基因组组装较差的物种开发的分析流程。该流程主要分析内容为：数据质控与过滤，转录本拼接，层次聚类，转录本质量评估，功能注释，转录因子预测，差异表达分析，富集分析，变异分析及SSR分析等。

微科盟10X单细胞转录组数据分析流程，对10X单细胞数据进行原始数据质控，Cellranger分析，单细胞质量控制与过滤，降维与细胞聚类，标记基因鉴定，细胞类型注释，细胞类群差异分析，拟时序分析等分析。

微科盟生科云蛋白组label free分析流程，对蛋白组搜库及定量数据进行基础统计分析，聚类分析，PCA分析，筛选差异蛋白，根据多个分组的差异结果制作venn图，对不同筛选条件的差异蛋白列表进行比较，对差异蛋白进行富集分析，PPI蛋白质互作网络分析及其聚类