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云流程
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云流程
云流程简介
云流程针对某一个组学,提供一套分析方案,该方案包含了一系列分析工具,解决了用户挑选工具的难题; 同时,云流程将用户的原始测序数据存储在云端,提前帮用户做好各个分析工具输入数据的预处理工作, 用户在使用分析工具时,不需要自己上传分析数据,解决了用户数据预处理的难题;云流程采用微科盟自主研发的流程化架构, 能够上线相互之间存在依赖关系的工具,这使得用户能够控制流程中存在依赖关系的关键步骤, 如质量控制、序列比对、生成丰度表等操作原始数据的步骤。
获取云流程的步骤
基于Reads(有参)的宏基因组分析流程
微科盟生科云基于Reads(有参)的宏基因组分析流程,对宏基因组测序数据进行质控去宿主, 功能注释, 基础统计, 差异比较, 通路图, 相关性分析, 物种注释, 筛选物种, 物种统计, 物种差异, 物种多样性, 物种相关性等分析;功能注释步骤采用HUMAnN3软件,将reads比对到UniRef90数据库,HUMAnN3内部使用metaphlan4软件注释reads物种;便于分析基因的物种来源,对已知基因的分析覆盖度较高,丰度较准确
基于组装(De novo)的宏基因组分析流程
微科盟生科云基于组装(De novo)的宏基因组分析流程,对宏基因组测序数据进行质控去宿主, 功能注释, 基础统计, 差异比较, 通路图, 相关性分析, 物种注释, 筛选物种, 物种统计, 物种差异, 物种多样性, 物种相关性等分析;功能注释步骤采用传统的contigs组装、基因预测、基因去冗余、非冗余蛋白定量、非冗余蛋白物种注释、非冗余蛋白功能注释等分析方法;便于发现未知基因,但对已知基因的覆盖度稍低,由于从reads到数据库基因之间比对了两次,丰度准确率有一定损失
扩增子分析流程
扩增子分析流程基于Qiime2软件,对扩增子二代测序数据(包括16S,ITS,18S等)进行去噪生成ASV,分类注释,物种筛选, 基础统计,显著性差异比较,α多样性分析,β多样性分析,相关性分析,PICRUSt2功能预测,功能统计,功能差异比较等
扩增子三代测序分析流程
扩增子三代测序分析流程基于Qiime2软件,对扩增子三代测序数据(包括16S,ITS,18S等)进行去噪生成ASV(qiime dada2 denoise-ccs命令),分类注释,物种筛选,基础统计,显著性差异比较,α多样性分析,β多样性分析,相关性分析,PICRUSt2功能预测,功能统计,功能差异比较等
非靶向代谢组分析流程
生科云非靶向代谢组分析流程,对非靶向代谢组测定数据进行质量评估(QA),质量控制(QC),标准化校正,基础统计,主成分分析,最小二乘判别分析,机器学习分析,单变量分析,相关性分析,富集分析,拓扑分析,以及画代谢通路图
高通量靶向代谢组
生科云高通量靶向代谢组,对高通量靶向代谢组测定数据进行质量评估(QA),质量控制(QC),标准化校正,基础统计,主成分分析,最小二乘判别分析,机器学习分析,单变量分析,相关性分析,富集分析,拓扑分析,以及画代谢通路图
靶向代谢组分析流程
生科云靶向代谢组分析流程,对靶向代谢组测定数据进行质量评估(QA),标准化校正,基础统计,主成分分析,最小二乘判别分析,机器学习分析,单变量分析,相关性分析
宏基因组分箱流程
微科盟生科云宏基因组分箱流程,对宏基因组测序数据进行质控去宿主,分箱,Bin提纯,Bin质量评估,Bin筛选,Bin去冗余,定量,功能注释,基因数目统计,物种注释,计算Bin进化树,Bin丰度统计图,Bin丰度差异比较Bin丰度相关性分析,Bin基因数目统计图,KEGG通路图,进Bin化树图,基因组圈图等分析
宏转录组分析流程
微科盟宏转录组分析流程
宏病毒组分析流程
微科盟宏病毒组分析流程,对宏病毒组测序数据进行质控去宿主,reads物种注释, 组装, 组装物种注释, 功能注释, 计数统计, 基础统计, 差异比较, 相关性分析, α多样性分析, β多样性分析, 噬菌体宿主预测等
真核有参转录组分析流程
微科盟真核有参转录组分析流程,对真核有参转录组测序数据进行数据质量控制, 比对参考基因组, 新转录本预测, 变异位点分析, 可变剪接分析, 定量分析, 挑选差异表达基因, 富集分析(ORA, GSEA), 蛋白互作网络分析, WGCNA分析, 时序分析
真核无参转录组分析流程
微科盟生科云真核无参转录组分析流程,针对无参考基因组或参考基因组组装较差的物种开发的分析流程。该流程主要分析内容为:数据质控与过滤,转录本拼接,层次聚类,转录本质量评估,功能注释,转录因子预测,差异表达分析,富集分析,变异分析及SSR分析等。
人类外显子组分析云流程
微科盟生科云人类外显子重测序分析流程,针对人类外显子组重测序分析开发的流程。该流程主要分析内容为:数据过滤,数据质控(测序数据碱基错误率分布、碱基质量分布、数据碱基分布),测序深度(测序数据测序深度分布、测序数据累积测序深度分布、测序数据平均测序深度及覆盖度),变异识别结果(SNP识别结果、Indel识别结果、CNV识别结果),SNP统计(SNP数量统计、SNP转换巅换统计),Indel统计(Indel数量统计、Indel插入删除统计),CNV统计(CNV数量统计、CNV拷贝数统计),变异注释结果。
真菌基因组精细图
真菌基因组精细图分析流程使用三代测序数据进行组装、二代测序数据进行辅助组装,获得其基因组序列,并对其组装后序列进行基因组组分分析、基因功能分析、比较基因组分析、群体进化分析、甲基化分析等分析。
蛋白组TMT云流程
微科盟生科云蛋白组TMT分析流程,对蛋白组搜库及定量数据进行结构域分析,聚类分析,PCA分析,筛选差异蛋白,对不同筛选条件的差异蛋白列表进行比较,以及差异蛋白对应丰富的功能分析
10X单细胞转录组数据分析流程
微科盟10X单细胞转录组数据分析流程,对10X单细胞数据进行原始数据质控,Cellranger分析,单细胞质量控制与过滤,降维与细胞聚类,标记基因鉴定,细胞类型注释,细胞类群差异分析,拟时序分析等分析。
细菌基因组完成图分析流程
微科盟细菌基因组完成图分析流程,对细菌基因组完成图测序数据进行数据质控, 基因组组装, 基因预测, 菌种鉴定,基因组组分预测, 功能注释, 致病系统分析, 代谢系统分析,比较基因组分析