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KEGG ORA
用ORA(过表达分析, R语言clusterProfiler包)研究差异表达基因主要属于哪些KEGG通路, 从而推断差异表达基因参与的生物学过程。
参考基因组:
筛选参与富集分析的数据库背景基因集:
这里的数据库基因集指的是KEGG通路, GO条目等。此处筛选的基因集, 将作为背景基因集参与富集分析, 筛选背景基因集, 将影响p值的计算
筛选富集分析结果中的数据库基因集:
数据库基因集指的是KEGG通路, GO条目等。此处筛选的基因集, 是最终分析结果中的数据库基因集, 不影响p值计算, 只影响参与画图的KEGG通路/GO条目
p值校正方法:
p值阈值:
普通图展示条目上限:
dotplot, treeplot, emapplot图中展示的富集条目上限，只展示最显著(p值最小)的条目;不宜过多, 否则图片太过密集, 没法看
密集类图展示条目上限:
cnetplot, heatplot, gseaplot图展示的条目不宜太多，否则图片过于密集
基因概念图中标注Gene Symbol:
关闭则标注Gene ID
标注富集条目名称:
关闭则标注ID，名称可能太长，图片无法容纳
circular cnetplot图中标注连线所属富集条目:
KEGG通路图标注的节点名类型:
orig是KEGG官网标注的通路节点名，id是基因ID, symbol_or_id表示在有Symbol的情况下标注Symbol，否则标注基因ID
聚合FoldChange的方法:
一个KEGG Gene或者通路图节点可能对应多个Gene ID,在这种情况下, 我们需要把多个Gene ID的FoldChange合并为一个，这里指定合并方法
任务备注:
0-20个字母，数字，下划线或汉字的组合
任务完成时发邮件提醒我
如果您在文章中使用生科云分析数据，请引用生科云，正文中可用如下格式:
A [此处写分析名称] was completed using the Wekemo Bioincloud (https:// www.bioincloud.tech) [Ref].
请引用文献：[Ref]. Yunyun Gao, Guoxing Zhang, Shunyao Jiang, Yong-Xin Liu. 2024. Wekemo Bioincloud: A user-friendly platform for meta-omics data analyses. iMeta 3: e175. https://doi.org/10.1002/imt2.175
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