网络分析

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网络分析

计算feature的相关系数，并将显著相关的feature节点相连，绘制成网络图

丰度表:

制表符分隔的文本文件表格；第一行应包含样本名，唯一(不可重复)；第一列为组学feature名(如微生物，代谢物，基因，表型名)，唯一(不可重复)；最后一列如果包含物种门分类水平的注释信息(p__开头)，则图中会标出节点所属门，也可以写其它feature属组，但这一列不是必须的。

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feature个数上限:

只会计算和绘制丰度排名靠前的feature

相关系数阈值:

绝对值大于此阈值的相关系数才会显示连线

0.4

相关系数p值阈值:

连线颜色:

注意, 该参数只影响svg图片, 不影响预览里的交互式网页！

负相关

正相关

网络布局:

注意, 该参数只影响svg图片, 不影响预览里的交互式网页！

layout_on_sphere

相关系数类型:

spearman

删除孤立节点:

一个节点如果没有和其它节点相连，则删除该节点;注意, 该参数只影响svg图片, 不影响预览里的交互式网页！

弯曲连线:

关闭则连线为直线，需注意直线容易重叠;注意, 该参数只影响svg图片, 不影响预览里的交互式网页！

校正错误发现率:

打开则计算相关系数p值时，会校正错误发现率(FDR)

任务备注:

0-20个字母，数字，下划线或汉字的组合

任务完成时发邮件提醒我

如果您在文章中使用生科云分析数据，请引用生科云，正文中可用如下格式:

A [此处写分析名称] was completed using the Wekemo Bioincloud (https:// www.bioincloud.tech) [Ref].

请引用文献：[Ref]. Yunyun Gao, Guoxing Zhang, Shunyao Jiang, Yong-Xin Liu. 2024. Wekemo Bioincloud: A user-friendly platform for meta-omics data analyses. iMeta 3: e175. https://doi.org/10.1002/imt2.175

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