sallet_3.scaffold.fasta.s62.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold47
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  343015

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70165--70215	24	2.1	24	85	0	66	54	9	35	0	1.33
70354--70398	18	2.5	18	88	0	63	40	22	37	0	1.54
85922--85952	10	2.9	11	95	4	55	0	12	19	67	1.22
91111--91188	19	4.1	19	94	0	138	11	17	46	24	1.82
101916--101945	15	2.0	15	93	0	51	23	26	16	33	1.96
142451--142534	17	5.2	17	78	11	95	14	44	10	30	1.79
142451--142532	33	2.5	33	84	7	98	14	45	9	30	1.77
143310--143373	14	4.6	14	94	0	101	31	12	50	6	1.65
146220--146282	33	1.9	33	93	0	108	9	33	34	22	1.86
147648--147699	12	4.1	12	86	13	77	7	25	28	38	1.83
147648--147699	27	2.0	24	89	10	77	7	25	28	38	1.83
147832--147880	18	2.7	18	87	0	80	14	40	12	32	1.83
150661--150691	9	3.4	9	100	0	62	12	9	54	22	1.67
151888--151939	12	4.3	12	85	0	77	30	34	28	5	1.81
151894--151944	24	2.1	24	96	0	93	29	35	31	3	1.76
156396--156550	51	3.0	52	73	10	145	21	38	21	18	1.94
156503--156694	60	3.2	60	78	3	181	19	38	21	20	1.94
156531--156844	60	5.2	60	74	3	204	17	37	24	20	1.93
156690--156904	60	3.6	59	75	2	196	16	39	26	17	1.91
156648--156996	120	2.9	118	83	4	369	17	37	25	19	1.93
156993--157065	21	3.2	21	64	32	51	23	42	28	5	1.76
156987--157161	27	7.1	27	71	21	136	21	43	30	4	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156987--157193	48	4.4	48	90	5	327	22	43	29	4	1.72
157003--157204	21	9.0	21	75	13	145	22	43	29	4	1.73
157126--157155	15	2.0	15	93	0	51	20	50	30	0	1.49
157101--157222	21	5.8	21	84	1	120	22	45	28	3	1.68
157753--157784	16	2.0	16	100	0	64	31	12	18	37	1.88
165977--166051	30	2.5	30	97	0	141	14	22	42	20	1.88
170585--170671	6	14.5	6	82	0	111	50	6	42	0	1.29
170589--170675	12	7.2	12	98	0	165	51	8	40	0	1.31
175633--175676	12	3.7	12	87	0	52	0	29	43	27	1.55
176978--177016	15	2.6	15	87	0	51	2	15	51	30	1.57
210806--210900	47	2.0	47	100	0	190	14	23	35	26	1.93
236188--236219	12	2.7	12	95	0	55	0	12	53	34	1.39
244585--244628	21	2.1	21	83	8	54	22	43	27	6	1.78
245169--245203	14	2.5	14	100	0	70	5	20	68	5	1.31
245189--245251	16	3.9	16	78	2	63	20	12	53	12	1.71
245704--245757	12	4.3	13	88	4	76	24	48	9	18	1.77
245790--245843	12	4.6	12	95	4	101	9	46	0	44	1.35
245790--245843	23	2.3	24	96	3	101	9	46	0	44	1.35
246419--246444	9	2.9	9	100	0	52	11	46	19	23	1.82
246406--246512	21	4.8	21	69	15	63	9	48	16	25	1.76
246433--246459	12	2.2	12	100	0	54	7	51	14	25	1.68
246442--246490	15	3.5	15	70	16	50	6	53	14	26	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246442--246495	27	2.0	27	92	0	90	7	51	14	25	1.68
246758--246814	30	1.9	30	85	7	80	3	42	31	22	1.71
246758--246814	15	3.8	15	76	4	53	3	42	31	22	1.71
246887--246935	9	5.4	9	100	0	98	10	44	32	12	1.75
246940--246986	24	2.0	24	86	0	67	14	42	21	21	1.88
247847--248013	30	5.4	31	76	12	146	17	19	41	21	1.90
247843--247986	33	4.5	33	78	11	142	15	18	44	21	1.86
250286--250317	12	2.6	13	85	14	50	15	0	59	25	1.36
250426--250488	14	4.6	14	86	7	94	23	7	34	33	1.84
261807--261846	21	1.9	21	94	0	71	27	27	20	25	1.99
261844--261880	19	2.0	19	94	5	67	27	37	24	10	1.88
267748--267807	16	3.8	16	97	0	111	50	31	0	18	1.47
271736--271764	3	10.0	3	92	7	51	0	0	68	31	0.89
271850--271956	34	3.2	33	89	5	137	25	7	42	25	1.81
271866--271957	34	2.7	34	94	1	159	25	8	40	26	1.84
272569--272629	21	3.0	21	85	4	79	19	11	47	21	1.81
272902--273011	39	2.8	39	87	2	159	29	18	29	23	1.98
273003--273039	14	2.6	14	91	0	56	16	29	27	27	1.97
273110--273150	13	3.2	13	92	0	73	12	2	70	14	1.26
273161--273213	21	2.5	20	82	8	61	54	5	32	7	1.52
273469--273506	11	3.5	11	96	0	67	5	28	36	28	1.79
273490--273526	19	1.9	19	88	0	56	8	32	32	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277039--277143	16	6.7	16	79	8	99	28	27	16	27	1.97
278663--278719	13	4.7	12	82	10	71	21	40	0	38	1.53
278663--278719	23	2.3	23	85	8	69	21	40	0	38	1.53
278796--278863	12	5.8	12	76	15	70	50	42	0	7	1.30
278796--278862	24	2.8	25	84	10	88	49	43	0	7	1.31
278830--278886	8	7.1	8	77	15	55	45	50	0	3	1.18
278853--278908	25	2.1	28	87	9	82	39	55	0	5	1.23
278853--278890	13	3.0	13	84	3	51	39	57	0	2	1.12
281266--281314	14	3.5	14	85	0	71	30	6	36	26	1.81
281633--281698	31	2.1	31	85	0	87	39	25	24	10	1.87
282719--282803	2	45.5	2	69	21	60	49	47	0	3	1.18
282719--282803	10	8.5	10	72	14	77	49	47	0	3	1.18
283348--283435	30	2.9	30	91	0	131	34	46	18	1	1.56
293577--293618	16	2.6	16	92	3	66	14	54	0	30	1.40
294736--294784	10	4.8	10	92	2	80	16	0	48	34	1.46
295533--295570	12	3.2	12	92	0	58	28	34	36	0	1.58
295622--295651	6	5.0	6	95	0	51	20	46	33	0	1.51
295942--295991	21	2.4	21	89	0	73	30	30	40	0	1.57
296241--296299	9	6.6	9	94	0	91	15	15	45	23	1.84
296241--296311	27	2.6	27	88	0	106	16	16	43	22	1.87
296346--296397	9	5.8	9	76	0	59	36	15	34	13	1.87
296349--296401	18	2.9	18	94	0	97	35	16	35	11	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
296878--297001	18	7.1	18	74	5	92	33	21	37	7	1.81
297143--297218	21	3.6	21	96	0	134	28	46	14	10	1.78
299025--299065	9	4.6	9	93	0	73	43	19	24	12	1.85
308273--308371	38	2.6	38	93	0	171	21	22	21	35	1.96
312020--312059	11	3.6	11	96	0	71	7	0	62	30	1.23
311999--312056	22	2.6	23	78	13	59	6	0	63	29	1.20
312215--312247	13	2.5	13	100	0	66	6	0	54	39	1.25
312210--312251	10	3.8	11	82	17	52	9	0	54	35	1.33
312345--312404	30	2.0	31	90	3	95	15	0	50	35	1.44
312761--312797	13	2.8	13	83	0	56	13	48	0	37	1.43
313168--313210	17	2.5	17	88	3	59	23	9	39	27	1.85
313202--313240	17	2.3	17	95	0	69	23	7	28	41	1.82
315004--315028	11	2.3	11	100	0	50	48	12	40	0	1.40
315034--315063	11	2.7	11	94	0	51	66	3	30	0	1.07
317719--317758	13	3.1	13	100	0	80	15	7	55	22	1.65
317837--317897	17	3.6	17	93	4	106	0	27	18	54	1.44
319140--319238	48	2.1	48	84	0	126	19	33	28	19	1.96
321207--321253	23	2.0	23	84	8	60	51	19	19	10	1.75
321230--321300	18	3.9	18	83	0	79	36	25	21	16	1.94
321887--321920	12	2.8	12	90	0	59	23	32	26	17	1.97
321942--322013	18	4.0	18	71	20	69	16	31	22	29	1.96
321917--322047	54	2.4	55	89	5	201	16	31	24	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
321943--322026	18	4.7	18	76	16	66	19	30	21	28	1.97
323373--323415	21	2.1	21	82	4	52	37	9	37	16	1.81
323410--323454	22	2.0	22	95	0	81	37	17	26	17	1.93
323525--323620	10	10.4	10	65	24	50	60	22	10	6	1.52
323530--323620	36	2.5	36	98	0	173	58	24	10	6	1.56
324825--324857	13	2.6	13	90	4	50	18	0	57	24	1.40
325091--325134	15	3.1	15	87	6	56	18	0	63	18	1.31
325657--325710	21	2.7	19	72	10	54	14	57	5	22	1.58
327311--327336	12	2.2	12	100	0	52	34	15	50	0	1.45
327589--327734	19	7.8	19	78	7	156	18	10	28	42	1.83

Tables:   1   2