sallet_3.scaffold.fasta.s60.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold56
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  257699

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17625--17654	12	2.5	12	100	0	60	0	63	26	10	1.26
65074--65123	25	2.0	24	84	3	64	22	32	34	12	1.90
65101--65134	12	2.8	12	95	4	59	29	35	23	11	1.90
69024--69165	39	3.6	39	80	8	164	21	12	30	35	1.90
78862--78952	30	3.1	29	73	23	93	9	36	30	23	1.87
78865--78952	27	3.1	27	75	9	95	10	36	30	22	1.88
80036--80075	16	2.5	15	84	11	53	2	0	72	25	0.97
81372--81404	14	2.4	14	100	0	66	15	30	18	36	1.91
86969--87034	7	9.6	7	76	3	71	33	63	0	3	1.10
86960--87019	20	3.0	21	85	4	79	33	61	0	5	1.17
86957--87033	34	2.3	34	80	8	86	35	61	0	3	1.15
86957--87034	14	5.7	14	83	4	79	34	61	0	3	1.14
87483--87520	17	2.2	18	85	4	51	31	47	21	0	1.51
88793--88930	51	2.7	51	90	0	204	8	23	36	30	1.85
89023--89068	16	2.8	16	96	3	83	13	17	36	32	1.88
93444--93535	28	3.4	25	81	10	67	36	15	26	21	1.93
93458--93543	28	3.2	28	85	4	115	39	16	22	22	1.92
93628--93669	14	3.0	14	100	0	84	28	21	0	50	1.49
97614--97707	14	7.1	14	77	9	74	26	12	31	28	1.93
97623--97658	12	3.0	12	95	0	63	30	11	33	25	1.90
100219--100310	45	2.0	45	97	0	175	25	26	18	30	1.98
101098--101163	30	2.2	29	76	12	71	19	0	59	21	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101104--101154	7	6.7	7	79	16	57	23	0	58	17	1.38
101104--101162	15	3.9	15	91	6	75	22	0	59	18	1.38
101120--101173	8	6.9	8	81	10	58	20	0	59	20	1.38
101104--101190	39	2.1	42	83	12	110	22	1	56	19	1.49
101109--101191	9	9.9	9	78	10	63	24	1	54	20	1.52
101357--101385	14	2.1	14	100	0	58	6	44	20	27	1.77
105731--105868	13	11.1	13	75	20	100	22	35	25	16	1.95
105751--105795	22	2.0	22	87	8	65	24	31	26	17	1.97
105784--105856	36	2.0	36	84	5	94	19	38	24	17	1.93
105731--105868	14	11.0	14	75	18	92	22	35	25	16	1.95
115787--115832	12	3.8	12	100	0	92	34	15	41	8	1.78
115791--115845	24	2.3	24	87	0	74	36	16	34	12	1.87
123138--123233	34	2.8	33	83	10	106	21	45	0	32	1.52
123146--123234	17	5.4	17	81	5	94	21	44	0	33	1.52
124083--124135	14	3.6	14	78	9	61	33	41	13	11	1.80
125654--125707	11	5.1	11	77	8	67	18	50	1	29	1.58
127423--127527	29	3.6	29	97	0	192	17	10	24	47	1.79
129977--130031	13	4.4	13	93	4	87	29	38	12	20	1.89
130129--130166	18	2.0	20	90	10	62	13	26	36	23	1.91
132227--132273	15	3.1	15	100	0	94	21	19	53	6	1.67
136789--136855	34	2.0	34	94	5	118	14	10	22	52	1.72
136789--136853	17	3.8	17	91	4	105	15	10	21	52	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140064--140159	30	3.3	30	82	7	101	13	33	8	44	1.74
144592--144635	12	3.7	12	87	0	61	15	25	56	2	1.51
147601--147642	19	2.2	19	91	0	66	16	9	33	40	1.81
152958--153046	15	5.7	15	85	5	115	33	39	11	15	1.83
178085--178118	15	2.3	15	94	0	59	11	23	35	29	1.90
178114--178140	6	4.5	6	100	0	54	14	18	48	18	1.82
180721--180758	9	4.4	9	87	12	62	0	42	10	47	1.38
180728--180758	16	1.9	16	93	0	53	0	41	9	48	1.36
180855--180899	17	2.6	17	82	3	54	15	48	20	15	1.80
184323--184364	15	2.8	15	100	0	84	38	0	42	19	1.51
185499--185564	13	5.1	13	83	5	80	15	48	7	28	1.72
185499--185555	27	2.2	27	84	6	73	15	49	8	26	1.74
187527--187580	13	4.3	13	88	9	85	14	35	16	33	1.90
187529--187565	11	3.2	11	92	7	56	16	40	13	29	1.86
187529--187578	24	2.1	24	96	0	91	16	38	14	32	1.88
189069--189123	16	3.4	16	79	0	65	36	18	29	16	1.92
190591--190621	15	2.1	15	100	0	62	12	25	48	12	1.77
190595--190628	15	2.3	15	89	0	50	14	32	44	8	1.76
190760--190860	36	2.8	36	83	0	121	9	11	37	40	1.75
192720--192747	12	2.3	12	100	0	56	25	14	60	0	1.34
192790--192826	13	3.0	13	80	11	51	8	18	43	29	1.79
193031--193090	24	2.6	23	86	5	84	46	25	18	10	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193054--193138	24	4.0	20	83	12	82	47	30	12	9	1.74
193048--193216	21	7.8	22	78	7	123	46	28	12	12	1.78
193054--193203	43	3.5	43	76	8	137	45	29	13	12	1.79
195194--195290	17	6.0	18	67	23	81	18	17	28	35	1.94
195193--195297	21	5.2	21	80	19	102	17	18	29	35	1.93
195211--195282	10	7.0	10	84	15	94	15	19	29	36	1.92
195211--195297	31	2.8	31	98	1	165	16	18	29	35	1.92
195291--195328	19	2.0	19	94	0	67	18	21	34	26	1.96
201364--201397	12	2.8	12	90	0	50	23	11	26	38	1.89
201424--201473	21	2.4	20	87	9	73	28	50	6	16	1.68
202098--202129	3	10.7	3	93	0	55	0	37	28	34	1.57
202904--202937	12	2.7	13	81	9	52	0	8	58	32	1.29
203274--203312	15	2.6	15	91	0	60	10	0	51	38	1.36
203273--203312	18	2.2	18	86	0	53	10	0	52	37	1.35
204541--204566	12	2.2	12	100	0	52	34	23	15	26	1.94
205251--205289	18	2.2	18	95	0	69	30	51	17	0	1.46
205256--205299	21	2.1	21	83	8	54	25	52	22	0	1.48
206311--206357	24	2.0	23	87	4	67	12	2	38	46	1.54
206489--206523	10	3.6	10	96	3	63	0	25	22	51	1.48
209960--210004	15	3.0	15	96	0	81	24	53	2	20	1.57
209963--210015	15	3.6	15	85	7	65	24	52	3	18	1.62
210159--210310	23	7.2	21	72	18	77	18	50	7	23	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210159--210219	23	2.8	22	82	5	79	14	50	9	24	1.73
210291--210341	14	3.7	14	84	5	77	13	47	7	31	1.72
212680--212712	11	2.8	12	86	9	50	21	9	36	33	1.85
215746--215787	21	2.0	21	90	4	68	4	54	0	40	1.21
218440--218470	11	2.8	11	95	0	53	19	3	38	38	1.68
228085--228165	16	5.1	16	93	0	135	39	6	50	3	1.45
228095--228153	8	7.4	8	70	14	50	40	3	52	3	1.35
228342--228374	14	2.4	14	100	0	66	15	36	24	24	1.93
228700--228762	30	2.1	30	81	0	72	20	41	38	0	1.53
228758--228807	12	3.9	12	78	14	55	12	46	34	8	1.70
231075--231113	14	2.8	14	100	0	78	15	5	51	28	1.64
231397--231440	14	3.1	14	93	0	79	29	13	47	9	1.74
231731--231758	11	2.5	11	100	0	56	17	32	25	25	1.97
231894--231960	13	5.0	13	94	1	98	49	40	1	8	1.43
231986--232021	12	3.2	12	88	11	58	0	25	41	33	1.55
234415--234468	17	3.2	17	100	0	108	29	5	29	35	1.80
239223--239292	29	2.5	28	88	9	99	48	15	22	12	1.79
239402--239461	21	2.9	19	83	16	75	45	16	18	20	1.86
239354--239481	21	6.3	21	71	13	72	47	15	16	20	1.82
239857--239887	12	2.6	12	100	0	62	35	16	19	29	1.93
242421--242635	14	13.3	16	73	18	103	26	27	12	33	1.92
242810--242851	22	1.9	22	85	0	57	19	33	21	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242799--242863	34	1.9	33	87	3	94	18	32	23	26	1.97
242799--242866	12	5.9	12	81	8	79	19	32	22	26	1.97
243556--243612	12	4.8	12	86	0	60	5	42	19	33	1.74
243556--243607	24	2.2	24	85	0	68	3	40	19	36	1.70
243609--243651	21	2.0	21	86	0	59	4	39	30	25	1.76
243731--243772	21	2.0	21	95	0	75	28	23	30	16	1.96
243722--243751	15	2.0	15	100	0	60	33	20	26	20	1.97
245074--245171	21	4.7	21	75	5	63	6	8	38	46	1.58
245540--245583	21	2.1	21	91	0	70	6	50	18	25	1.71
246353--246400	22	2.2	22	84	0	60	39	6	33	20	1.78

Tables:   1   2