sallet_3.scaffold.fasta.s58.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold19
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  269723

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2904--2933	10	3.0	10	90	0	51	60	26	0	13	1.34
4620--4709	36	2.5	35	84	8	110	41	28	4	25	1.75
5225--5250	12	2.2	12	100	0	52	15	23	42	19	1.89
5526--5615	33	2.7	33	91	0	144	3	30	40	26	1.72
5523--5631	33	3.1	36	81	15	131	3	31	40	24	1.73
8765--8789	13	1.9	13	100	0	50	12	0	72	16	1.13
9524--9553	12	2.5	12	100	0	60	13	43	23	20	1.86
9644--9763	60	2.0	60	87	6	172	27	35	12	24	1.91
11722--11810	30	3.0	30	89	0	106	1	38	20	40	1.60
11722--11810	45	2.0	45	88	0	133	1	38	20	40	1.60
11731--11809	15	5.3	15	92	0	122	1	36	20	41	1.60
11779--11847	18	4.0	18	77	9	63	2	31	23	42	1.69
13260--13303	15	2.9	16	83	6	56	0	50	2	47	1.13
13275--13326	12	4.3	12	87	0	77	0	48	0	51	1.00
13259--13329	18	4.1	18	80	7	85	0	49	1	49	1.09
13275--13329	9	6.1	9	86	0	74	0	49	0	50	1.00
16398--16437	17	2.3	18	87	12	57	10	10	50	30	1.69
20098--20223	14	9.2	14	82	7	143	51	45	0	2	1.19
20098--20223	20	6.2	20	76	13	114	51	45	0	2	1.19
20089--20218	6	21.0	6	80	13	104	53	44	0	1	1.15
40430--40467	10	3.4	11	89	10	51	23	68	0	7	1.16
41029--41081	18	2.9	18	80	5	63	11	39	33	15	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49092--49140	19	2.6	19	76	0	53	30	16	12	40	1.85
51299--51337	15	2.7	15	84	4	53	2	15	46	35	1.60
52247--52288	11	3.7	11	84	6	57	7	19	59	14	1.57
52465--52538	11	6.7	11	87	0	76	33	37	17	10	1.85
52696--52720	12	2.1	12	100	0	50	32	44	8	16	1.76
59371--59428	15	3.9	15	93	4	91	0	58	6	34	1.25
67714--67761	15	3.2	15	93	0	78	52	25	18	4	1.63
68371--68401	15	2.1	15	100	0	62	25	29	38	6	1.81
72516--72558	15	2.9	15	83	10	54	2	67	4	25	1.22
80509--80537	13	2.2	13	100	0	58	20	6	13	58	1.58
86157--86227	18	3.9	18	83	7	90	5	33	25	35	1.79
86155--86236	18	4.9	15	75	18	65	6	35	26	31	1.81
86292--86518	15	15.1	15	76	0	193	5	34	26	33	1.79
86277--86518	75	3.2	75	86	0	313	4	35	27	32	1.78
86571--87337	156	4.9	156	95	0	1174	21	39	19	19	1.93
87074--87313	75	3.1	75	61	21	170	21	38	19	20	1.94
87075--87317	78	3.1	78	61	17	187	21	38	18	20	1.93
87666--87722	6	9.5	6	82	0	60	24	19	42	14	1.88
87670--87722	18	2.9	18	85	0	70	24	20	41	13	1.88
87718--87788	12	5.4	12	72	18	61	23	22	30	22	1.99
87699--87793	42	2.3	42	100	0	190	24	21	34	20	1.96
87738--87838	30	3.4	30	79	5	114	26	25	33	13	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87770--87812	18	2.4	18	76	0	50	25	32	30	11	1.91
87780--87878	48	2.1	48	84	3	128	24	29	35	11	1.90
87809--87853	18	2.5	18	85	0	63	22	26	40	11	1.87
87855--87926	30	2.4	30	95	0	126	18	29	33	19	1.95
88031--88103	12	6.1	12	68	6	58	13	36	27	21	1.92
88493--88555	12	5.2	12	92	0	99	42	47	0	9	1.36
104708--104767	10	6.2	10	75	12	63	51	46	0	1	1.10
104704--104768	20	3.3	20	89	4	105	50	47	0	1	1.10
104761--104818	9	6.6	9	74	2	55	37	55	1	5	1.33
104734--104818	18	4.7	18	82	4	82	43	51	1	3	1.26
107742--107771	9	3.3	9	100	0	60	10	10	56	23	1.62
108940--108987	13	3.7	13	97	0	87	14	14	37	33	1.87
142808--142853	24	1.9	24	86	8	67	15	47	32	4	1.65
142821--142863	12	3.6	12	81	6	52	18	44	32	4	1.71
143256--143299	21	2.0	22	83	12	56	22	47	15	13	1.81
143910--144025	18	6.3	18	79	13	128	0	38	5	56	1.22
143910--144025	9	12.6	9	80	10	110	0	38	5	56	1.22
148261--148299	21	1.9	20	94	5	69	12	35	35	15	1.86
149122--149186	24	2.7	23	83	9	69	1	27	35	35	1.67
149142--149197	12	4.7	12	88	0	76	1	26	32	39	1.67
149248--149273	12	2.2	12	100	0	52	0	34	7	57	1.27
160628--160665	11	3.5	11	82	10	51	57	39	0	2	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180320--180357	18	2.1	18	90	0	58	7	26	44	21	1.79
184950--184999	17	3.0	17	91	2	75	20	30	30	20	1.97
184952--185006	16	3.4	16	92	2	83	20	25	30	23	1.98
188398--188435	12	2.9	14	80	15	53	34	31	7	26	1.85
188492--188519	10	2.8	10	100	0	56	10	39	10	39	1.75
203427--203474	10	4.8	10	87	5	62	25	2	56	16	1.51
214425--214450	12	2.2	12	100	0	52	0	7	50	42	1.31
241963--242012	20	2.5	20	93	0	82	40	32	12	16	1.84
242018--242067	16	3.1	16	91	0	82	32	40	6	22	1.78
244397--244433	12	3.1	12	96	0	65	5	24	45	24	1.74
244399--244446	12	4.0	12	91	0	51	4	18	50	27	1.65
244942--245008	21	3.2	21	81	12	75	4	35	22	37	1.75
245051--245094	21	2.1	21	87	8	63	11	31	18	38	1.86
254597--254642	24	1.9	24	90	0	74	39	19	32	8	1.82
255668--255784	12	9.5	12	70	17	71	5	32	29	33	1.79
255746--255796	24	2.1	24	85	0	66	9	33	25	31	1.88
257948--257985	16	2.3	17	86	4	51	18	0	55	26	1.43
268960--269036	39	2.0	39	89	0	118	24	40	18	16	1.91
269064--269453	39	9.7	39	84	9	455	22	41	18	17	1.90
269064--269662	117	4.9	117	84	10	650	22	40	18	18	1.91
269481--269663	39	4.7	39	86	4	253	22	40	19	17	1.91
269220--269585	129	2.8	132	91	5	616	21	40	18	19	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269222--269662	129	3.5	130	85	8	565	21	40	18	19	1.91
269487--269663	78	2.3	78	92	3	286	22	40	19	16	1.91

Tables:   1

The End!