sallet_3.scaffold.fasta.s55.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold32
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  286998

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 121 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3558--3601	12	3.7	12	93	0	70	31	63	2	2	1.19
3558--3606	12	4.1	12	91	0	62	30	61	4	4	1.33
4188--4213	12	2.2	12	100	0	52	11	57	23	7	1.59
10776--12280	144	10.5	144	75	3	747	25	23	24	25	2.00
11514--12123	285	2.1	285	96	0	1121	26	23	25	24	2.00
11346--12370	429	2.4	428	80	3	1223	25	24	25	24	2.00
13871--13898	13	2.2	13	100	0	56	14	28	25	32	1.94
18990--19021	11	2.9	11	95	0	55	12	56	6	25	1.59
19151--19184	13	2.6	13	100	0	68	35	38	0	26	1.57
22509--22535	14	1.9	14	100	0	54	44	3	37	14	1.63
22572--22607	13	2.9	12	84	8	54	25	8	38	27	1.84
24167--24192	3	8.7	3	100	0	52	30	34	34	0	1.58
28443--28484	14	3.0	14	96	0	75	26	21	38	14	1.91
33996--34027	10	3.2	10	95	0	55	28	50	0	21	1.49
36942--36982	21	1.9	22	90	5	66	29	34	31	4	1.79
37048--37105	27	2.2	26	79	14	64	17	39	31	12	1.86
37251--37344	20	5.0	20	77	15	92	25	0	46	27	1.53
39157--39224	10	6.9	10	71	15	52	33	1	57	7	1.36
47258--47346	36	2.5	36	81	0	97	16	33	23	25	1.96
50615--50641	13	2.1	13	100	0	54	25	37	14	22	1.93
57714--57738	12	2.1	12	100	0	50	16	28	16	40	1.89
66379--66427	12	4.2	12	84	5	64	4	61	6	28	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68053--68078	11	2.4	11	100	0	52	11	19	30	38	1.87
72409--72448	21	1.9	21	84	0	53	0	27	35	37	1.57
73885--73922	12	3.1	12	88	7	58	26	23	42	7	1.81
73885--73922	13	3.0	13	92	3	60	26	23	42	7	1.81
74360--74396	19	2.0	19	89	5	58	27	18	27	27	1.98
76663--76728	33	2.0	33	91	2	107	34	6	34	24	1.80
76780--76874	42	2.2	42	76	9	95	10	32	10	46	1.73
76818--76869	21	2.5	21	90	0	86	11	28	11	48	1.74
76893--76925	11	3.0	11	90	0	57	9	33	9	48	1.66
76893--76938	22	2.1	22	83	0	56	8	36	8	45	1.66
77117--77177	19	3.2	19	81	6	61	16	42	6	34	1.74
77162--77191	15	2.0	15	100	0	60	20	40	6	33	1.78
78437--78467	11	2.8	11	95	0	53	19	25	22	32	1.97
78660--78722	26	2.4	26	89	10	94	22	7	33	36	1.83
78861--78918	21	2.8	21	86	0	80	18	39	1	39	1.61
79214--79269	16	3.5	16	88	9	87	48	37	0	14	1.44
81797--81876	16	4.9	16	78	18	85	33	0	35	31	1.58
81840--81888	15	3.1	15	88	11	71	30	0	36	32	1.58
81788--81888	33	3.0	34	83	12	113	32	0	36	30	1.58
81956--81985	7	4.3	7	100	0	60	0	0	43	56	0.99
82155--82202	22	2.3	22	85	7	64	39	8	41	10	1.69
82250--82433	13	14.5	13	73	11	132	53	19	5	21	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82240--82320	26	3.2	24	73	16	74	56	19	6	17	1.61
82264--82366	38	2.7	38	84	0	143	55	18	8	17	1.67
82250--82421	51	3.4	51	76	8	136	53	19	5	21	1.66
82250--82433	25	7.3	25	74	13	101	53	19	5	21	1.64
82250--82433	38	4.8	39	75	6	139	53	19	5	21	1.64
83500--83534	18	1.9	18	100	0	70	31	5	57	5	1.46
83596--83651	8	7.0	8	84	8	62	62	0	37	0	0.95
83596--83647	4	13.0	4	75	0	50	63	0	36	0	0.95
83578--83651	24	3.1	24	82	3	87	59	0	37	2	1.12
83645--83696	19	2.8	18	82	5	59	55	3	30	9	1.50
83669--83723	27	2.0	28	85	3	76	52	1	34	10	1.47
83695--83751	19	3.0	19	84	0	69	52	3	33	10	1.53
83669--83766	47	2.1	46	81	12	112	55	3	33	8	1.45
83794--83833	15	2.7	15	88	3	55	55	2	40	2	1.27
84166--84202	11	3.4	11	96	0	65	27	43	21	8	1.80
84843--84904	24	2.6	24	97	0	115	20	37	25	16	1.93
84851--84900	15	3.7	15	70	29	58	20	36	28	16	1.93
84907--84961	15	3.7	15	85	0	65	9	25	40	25	1.85
85154--85194	12	3.3	13	86	10	59	9	17	63	9	1.51
85245--85310	14	4.7	14	87	7	80	16	3	59	21	1.51
85603--85645	18	2.4	18	92	3	70	16	39	30	13	1.87
85821--85866	20	2.3	20	92	0	74	28	43	28	0	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90784--90826	19	2.3	19	84	8	52	4	39	9	46	1.57
90831--90900	9	8.0	9	89	9	83	11	27	0	61	1.30
90832--90900	8	8.0	8	88	7	84	11	26	0	62	1.29
90832--90903	16	4.1	17	87	10	101	11	26	0	62	1.28
91627--91711	20	4.2	20	79	5	82	20	14	21	44	1.86
91638--91717	40	2.0	41	85	2	108	21	15	21	42	1.88
91878--91960	24	3.7	23	71	17	75	8	37	9	44	1.68
92253--92337	21	4.1	21	87	3	118	15	40	7	37	1.74
92253--92333	41	2.0	42	90	2	128	14	39	7	38	1.75
94591--94633	11	4.0	10	85	8	50	32	0	55	11	1.36
94594--94643	22	2.3	22	75	21	52	34	2	52	12	1.50
94853--94883	8	3.9	8	95	0	53	6	12	38	41	1.69
97192--97217	11	2.4	11	100	0	52	0	7	65	26	1.20
97266--97337	15	4.9	15	86	6	103	13	0	50	36	1.43
97639--97686	16	3.1	16	90	6	80	18	45	10	25	1.81
98120--98161	14	3.1	14	83	13	52	59	23	14	2	1.47
98120--98162	21	2.0	21	86	0	59	60	23	13	2	1.45
98464--98494	16	1.9	16	93	0	53	61	25	3	9	1.42
98512--98545	13	2.8	12	91	8	59	23	55	0	20	1.43
99495--99541	18	2.4	18	86	10	58	31	31	31	4	1.77
99510--99591	21	4.0	21	81	9	98	32	29	29	8	1.87
99513--99589	39	2.0	39	86	0	109	33	29	27	9	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99534--99589	18	2.9	19	92	7	87	33	28	26	10	1.90
100207--100300	21	4.5	20	73	12	73	37	13	28	20	1.91
100375--100414	15	2.7	15	84	0	53	27	45	2	25	1.66
100441--100487	9	5.2	9	92	0	76	25	42	8	23	1.82
100509--100547	18	2.2	18	95	0	69	35	53	5	5	1.45
102059--102096	11	3.5	11	96	0	67	26	10	28	34	1.90
102144--102198	13	4.2	13	83	0	65	32	23	18	25	1.97
108857--108887	15	2.1	15	100	0	62	6	51	19	22	1.69
117669--117717	13	3.8	13	94	5	82	4	0	55	40	1.19
117669--117717	25	1.9	26	91	4	82	4	0	55	40	1.19
142110--142147	7	5.3	7	96	3	67	26	60	13	0	1.33
142664--142709	15	3.1	15	100	0	92	13	47	13	26	1.78
151060--151087	11	2.5	11	100	0	56	42	21	28	7	1.79
152477--152521	21	2.1	21	87	0	63	28	22	28	20	1.98
162785--163293	114	4.5	114	77	3	393	14	32	27	25	1.94
162848--163293	228	2.0	228	80	4	506	13	32	27	26	1.94
163677--163728	23	2.2	24	89	3	79	21	44	13	21	1.86
173302--173334	14	2.4	14	90	10	50	0	12	60	27	1.32
175497--175564	33	2.0	35	88	8	104	23	16	44	16	1.86
175832--175987	33	4.7	33	79	3	107	16	22	49	11	1.78
175851--175987	66	2.1	66	81	0	157	15	23	49	11	1.77
176070--176140	33	2.2	33	82	10	83	16	21	46	15	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176121--176186	21	3.1	21	93	0	114	10	18	43	27	1.82
176361--176387	12	2.2	12	100	0	54	14	44	33	7	1.73
177355--177397	15	2.8	15	92	3	68	16	41	0	41	1.48
204025--204059	14	2.5	14	85	0	52	8	51	14	25	1.70
234708--234734	9	3.0	9	100	0	54	33	22	44	0	1.53
248963--248987	11	2.3	11	100	0	50	52	8	32	8	1.60
280034--280063	15	1.9	16	93	6	53	13	53	13	20	1.72
282664--282702	6	7.0	6	83	16	57	15	51	15	17	1.77
282664--282708	21	2.1	21	100	0	90	15	51	15	17	1.77
282666--282696	15	2.1	15	100	0	62	12	54	12	19	1.70

Tables:   1   2