sallet_3.scaffold.fasta.s53.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold71
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  122450

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13931--13969	19	2.1	19	85	9	53	2	41	5	51	1.38
16362--16455	23	4.0	23	92	1	143	27	34	13	24	1.93
23122--23168	19	2.3	21	92	7	80	40	2	38	19	1.63
23292--23347	19	2.9	19	76	12	51	50	14	26	8	1.72
23725--23786	12	5.2	12	84	0	70	40	19	25	14	1.90
26034--26074	12	3.7	12	75	18	52	12	0	63	24	1.28
26033--26101	21	3.4	21	86	11	108	17	0	59	23	1.37
26039--26101	18	3.3	18	91	6	90	15	0	60	23	1.35
26039--26101	9	6.7	9	84	10	81	15	0	60	23	1.35
26888--26971	11	7.7	11	78	2	89	27	59	0	13	1.34
26931--26971	21	2.0	21	90	0	64	31	60	0	7	1.24
29005--29068	18	3.7	17	84	13	78	21	18	6	53	1.67
29594--29649	18	3.1	18	78	16	62	3	5	42	48	1.43
33580--33716	13	10.4	12	79	7	103	16	14	40	27	1.88
33569--33649	26	3.2	25	86	8	96	14	13	43	28	1.84
33580--33716	26	5.2	26	78	8	134	16	14	40	27	1.88
34966--35060	42	2.2	42	92	5	156	17	43	6	32	1.75
38314--38365	16	3.3	16	91	5	88	30	0	61	7	1.24
38388--38455	24	3.0	23	81	12	79	2	0	58	38	1.13
38412--38460	8	6.0	8	87	2	62	0	0	59	40	0.98
38418--38465	12	4.1	12	97	2	89	0	0	60	39	0.97
38422--38464	4	10.8	4	84	0	59	0	0	58	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38494--38539	8	5.8	8	89	0	74	30	0	32	36	1.58
38736--38825	25	3.6	25	81	12	105	34	23	16	25	1.95
38911--39003	19	4.8	20	81	10	120	29	38	8	23	1.84
41590--41633	20	2.2	20	91	0	70	31	20	27	20	1.97
41618--41668	17	2.9	17	85	5	66	43	15	21	19	1.88
41626--41669	18	2.5	18	88	3	63	45	15	18	20	1.85
42005--42032	14	2.0	14	100	0	56	14	35	21	28	1.92
42834--42890	21	2.7	21	81	10	64	7	21	50	21	1.71
43948--44043	16	5.9	16	92	2	165	38	0	48	12	1.41
44261--44302	9	4.7	9	84	0	57	19	9	33	38	1.84
45644--45687	14	3.1	14	96	0	79	45	0	38	15	1.47
45640--45722	17	5.2	17	84	10	97	38	2	38	20	1.66
45644--45704	31	2.1	28	87	9	86	42	0	39	18	1.50
47878--47983	27	3.9	27	73	0	104	33	5	55	5	1.47
47898--47978	18	4.5	18	96	0	144	32	6	55	6	1.49
47887--47978	36	2.6	36	89	0	103	32	6	55	5	1.48
47887--47983	9	10.8	9	67	0	50	34	6	54	5	1.47
53706--53760	27	2.0	27	96	0	101	29	23	38	9	1.85
55553--55952	99	4.0	101	77	12	344	28	25	17	29	1.97
60301--60354	9	6.0	9	85	8	74	55	0	44	0	0.99
60301--60363	27	2.3	27	81	8	74	57	0	42	0	0.99
60489--60530	10	4.0	10	87	6	57	19	2	40	38	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60503--60544	20	2.1	20	82	8	50	21	2	35	40	1.66
61289--61444	15	9.9	15	82	8	161	50	18	26	3	1.64
61450--61492	20	2.2	20	95	0	77	16	16	37	30	1.91
61781--61817	9	3.7	10	89	10	58	48	29	8	13	1.71
61816--61880	11	5.9	11	96	0	94	43	52	0	4	1.22
61816--61892	22	3.5	22	87	0	73	44	50	0	5	1.24
62361--62386	12	2.2	12	100	0	52	15	26	50	7	1.71
62503--62573	29	2.4	29	85	0	88	21	15	29	33	1.94
62656--62751	29	3.3	29	100	0	192	30	34	14	20	1.93
62670--62800	29	5.0	24	92	4	145	32	35	13	18	1.90
62729--62835	24	4.9	21	89	4	110	30	39	12	17	1.87
64583--64658	13	5.8	13	96	0	125	30	42	15	11	1.83
66154--66194	19	2.2	19	90	0	64	19	24	41	14	1.89
66162--66201	19	2.1	19	90	0	62	20	25	42	12	1.86
66985--67012	14	2.0	14	100	0	56	21	28	21	28	1.99
68634--68679	14	3.4	14	87	3	67	21	52	0	26	1.47
69440--69490	18	2.6	21	81	12	63	19	43	33	3	1.70
69533--69610	15	5.2	15	77	0	57	19	30	32	17	1.95
69542--69613	15	4.8	15	77	3	65	16	31	31	19	1.94
69739--69769	12	2.6	12	94	0	53	3	54	25	16	1.56
69759--69783	9	2.8	9	100	0	50	12	56	24	8	1.62
73029--73078	17	3.1	16	86	8	75	58	8	34	0	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73112--73142	16	1.9	16	93	0	53	12	25	12	48	1.77
73265--73328	7	8.7	7	86	6	74	12	10	43	32	1.77
73265--73328	15	4.4	14	80	9	74	12	10	43	32	1.77
73254--73327	29	2.5	29	84	8	87	10	10	43	35	1.75
73255--73327	36	2.0	38	89	5	114	9	10	43	35	1.73
78545--78572	9	3.1	9	100	0	56	42	35	0	21	1.53
79901--79928	14	2.0	14	100	0	56	14	14	42	28	1.84
80215--80274	13	4.6	13	76	17	54	0	45	1	53	1.10
80212--80267	9	6.1	9	89	2	85	0	42	1	55	1.10
82135--82168	15	2.3	15	100	0	68	11	29	47	11	1.76
83200--83249	12	4.2	12	89	5	84	34	14	18	34	1.90
83204--83249	23	2.0	23	95	0	83	34	15	17	32	1.91
83340--83414	20	3.9	20	91	6	120	28	34	21	16	1.94
83340--83414	37	1.9	37	89	7	114	28	34	21	16	1.94
85230--85277	12	4.1	12	91	5	80	52	0	47	0	1.00
85230--85281	6	8.7	6	81	14	63	50	0	50	0	1.00
85232--85286	18	3.0	19	79	15	71	52	0	47	0	1.00
85955--86004	15	3.4	15	81	10	59	36	20	42	2	1.63
85983--86008	13	2.0	13	100	0	52	38	23	38	0	1.55
86115--86153	20	2.0	19	90	5	60	30	48	0	20	1.50
86134--86171	17	2.2	17	86	9	51	28	44	0	26	1.54
87593--87672	29	3.0	27	83	10	94	21	33	20	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87599--87672	24	2.8	26	80	17	82	21	35	20	22	1.96
87627--87682	24	2.5	23	85	8	71	21	39	21	17	1.93
88648--88697	12	4.2	12	78	0	55	48	26	18	8	1.75
88753--88804	21	2.4	21	74	22	54	0	57	1	40	1.10
89031--89095	12	5.2	12	73	23	62	18	47	24	9	1.77
89025--89122	27	3.8	24	70	15	79	21	45	22	10	1.81
89070--89131	27	2.3	27	88	0	88	22	46	22	8	1.78
89082--89170	15	6.1	15	72	12	78	22	48	21	7	1.76
89176--89204	12	2.4	12	100	0	58	13	68	17	0	1.20
89971--90023	3	17.7	3	76	0	52	3	3	58	33	1.34
89966--89996	15	2.1	15	93	0	53	3	0	54	41	1.16
89986--90020	12	2.9	12	95	0	61	5	5	60	28	1.43
91018--91056	18	2.2	18	95	0	69	0	43	17	38	1.50
91753--91788	15	2.4	15	90	0	54	19	13	55	11	1.68
91745--91780	15	2.4	15	100	0	72	22	16	50	11	1.77
91896--91962	9	7.4	9	85	12	61	53	1	44	0	1.09
91898--91962	18	3.6	18	78	19	73	53	1	44	0	1.09
92013--92045	15	2.2	15	94	0	57	33	15	42	9	1.78
92051--92090	15	2.7	15	96	3	73	45	17	27	10	1.80
92309--92343	12	2.9	12	91	0	61	8	71	5	14	1.29
92325--92364	21	1.9	21	94	0	71	12	65	2	20	1.38
93210--93255	21	2.2	21	88	7	67	10	2	47	39	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93534--93660	65	1.9	67	88	3	195	25	16	18	39	1.91
93603--94129	90	5.8	90	92	2	804	20	14	21	43	1.87
94821--94893	11	6.6	11	91	0	101	10	39	1	47	1.47
94857--94927	22	3.2	21	79	15	56	5	42	2	49	1.41
94912--94954	11	3.9	11	90	0	68	0	53	0	46	1.00
94956--94997	16	2.7	15	79	13	50	0	64	0	35	0.94
96235--96274	15	2.6	15	92	4	62	15	17	30	37	1.90
96297--96347	20	2.5	20	90	0	84	15	13	27	43	1.85
96332--96398	16	4.1	16	84	3	71	7	19	22	50	1.72
96352--96404	16	3.2	16	83	2	61	7	20	16	54	1.66

Tables:   1   2