sallet_3.scaffold.fasta.s42.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold34
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  206885

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 81 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1099--2205	39	28.2	39	73	7	450	22	33	25	17	1.96
1099--2203	117	9.4	115	74	6	588	22	33	25	17	1.96
1396--1488	47	2.0	46	100	0	177	19	30	27	21	1.97
1099--1750	242	2.8	241	78	6	615	23	33	25	17	1.96
3891--4046	81	2.0	78	88	3	231	19	24	30	25	1.98
4015--4412	198	2.0	198	92	0	652	25	26	25	22	2.00
4592--4777	60	3.2	60	81	4	204	25	19	28	26	1.99
7396--7428	16	2.1	16	100	0	66	24	21	24	30	1.99
11454--11505	21	2.5	22	84	9	56	26	28	15	28	1.96
14414--14456	21	2.1	21	86	4	61	16	6	41	34	1.75
14473--14532	22	2.9	21	82	12	70	21	6	36	35	1.80
14496--14542	22	2.1	22	84	0	58	14	8	44	31	1.76
15122--15174	29	1.9	26	81	11	61	16	0	62	20	1.33
15148--15194	17	2.8	17	96	0	85	14	0	59	25	1.36
15688--15725	16	2.4	16	100	0	76	21	55	0	23	1.44
15713--15758	11	4.2	11	100	0	92	19	63	0	17	1.32
15833--15905	27	2.7	27	95	0	128	10	52	2	34	1.51
17548--17593	11	4.4	11	89	5	69	32	2	45	19	1.62
17598--17644	11	4.3	11	86	0	67	31	2	48	17	1.58
17828--17865	15	2.5	16	91	8	62	60	0	26	13	1.33
17828--17928	26	3.8	26	75	20	86	57	0	28	12	1.42
18743--18844	36	2.8	36	82	8	136	17	40	16	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19396--19478	26	3.0	29	74	13	93	22	14	45	16	1.84
20578--20634	20	2.8	20	94	5	98	24	40	10	24	1.87
21875--21902	14	2.0	14	100	0	56	21	14	28	35	1.92
22332--22382	25	2.0	26	88	3	77	17	56	7	17	1.63
22520--22546	11	2.5	11	100	0	54	51	48	0	0	1.00
24699--24787	43	2.0	44	91	2	144	13	31	19	35	1.90
27319--27349	8	3.8	8	95	4	53	48	3	48	0	1.17
27505--27537	15	2.2	15	94	0	57	51	12	30	6	1.63
41044--41093	13	3.8	13	86	0	64	34	18	12	36	1.87
43593--43626	17	2.0	17	88	11	52	26	29	29	14	1.95
43676--43708	17	1.9	17	100	0	66	45	30	6	18	1.73
43679--43716	17	2.2	17	90	0	58	42	36	7	13	1.73
43710--43752	16	2.8	16	89	3	61	32	55	2	9	1.44
47283--47329	10	4.6	10	86	2	67	31	2	38	27	1.69
47325--47360	18	1.9	19	94	5	65	33	11	33	22	1.89
49653--49737	30	2.8	30	87	0	125	10	29	41	18	1.84
52151--52215	19	3.4	19	91	4	112	1	24	36	36	1.65
52568--52629	12	5.2	12	86	11	92	16	41	6	35	1.74
52568--52629	22	2.7	23	90	7	90	16	41	6	35	1.74
54500--54571	24	3.0	24	91	0	117	12	25	26	36	1.91
56349--56403	16	3.4	16	82	5	67	43	32	5	18	1.73
58385--58435	9	4.8	12	80	14	51	0	25	29	45	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67596--67659	15	4.5	14	79	11	60	20	39	7	32	1.81
71299--71407	27	4.0	27	85	2	148	11	24	46	16	1.81
71299--71478	78	2.3	79	80	8	188	13	26	45	15	1.82
84170--84247	21	3.7	21	75	10	70	10	25	32	32	1.89
88158--88201	7	6.4	7	89	5	63	31	56	9	2	1.43
88393--88503	31	3.7	30	74	13	113	16	29	37	16	1.90
88390--88500	58	1.9	57	88	1	168	16	28	38	16	1.90
89267--89334	24	2.8	24	81	0	73	33	29	10	26	1.89
89940--89989	21	2.4	21	96	0	91	26	28	42	4	1.73
97725--97757	15	2.2	15	100	0	66	6	42	6	45	1.53
100586--100636	18	2.9	18	85	5	61	11	49	1	37	1.51
100602--100646	18	2.4	18	85	3	54	13	51	0	35	1.41
109535--109565	16	1.9	16	100	0	62	16	51	12	19	1.76
112136--112178	19	2.2	20	87	4	61	30	20	0	48	1.50
113926--114002	39	2.0	39	86	0	109	12	18	40	28	1.87
114081--114170	9	10.0	9	82	9	94	11	10	36	42	1.74
114174--114251	36	2.2	35	80	15	88	16	32	17	33	1.93
114208--114258	18	2.8	18	78	0	57	15	35	19	29	1.93
117853--117893	12	3.7	12	78	18	52	56	4	39	0	1.21
117891--117917	12	2.2	12	100	0	54	25	40	25	7	1.82
118808--118840	11	3.0	11	95	0	57	9	15	45	30	1.77
118846--118927	13	6.5	13	87	1	87	14	1	50	34	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119431--119493	21	2.8	22	78	9	65	9	7	60	22	1.54
119496--119535	12	3.3	12	85	0	53	10	25	65	0	1.24
145250--145325	30	2.5	30	91	0	116	10	10	60	18	1.57
145361--145476	30	3.9	30	82	0	115	19	31	30	18	1.96
145356--145488	60	2.2	60	76	0	140	21	32	27	18	1.97
145554--145594	12	3.7	12	75	18	52	17	17	46	19	1.85
145554--145605	21	2.5	22	87	12	83	17	17	46	19	1.85
148921--148952	15	2.1	15	94	0	55	0	31	0	68	0.90
148921--148974	24	2.1	24	86	10	72	0	35	0	64	0.94
148925--148977	9	6.2	9	80	12	67	0	35	0	64	0.94
180156--180198	12	3.6	12	87	0	59	6	2	51	39	1.42
180213--180304	3	30.7	3	80	8	98	3	29	31	35	1.74
195988--196262	18	15.3	18	74	8	213	19	46	17	16	1.84
195974--196262	36	8.0	36	93	0	452	19	46	17	17	1.85
204510--204576	32	2.1	32	91	0	107	44	23	19	11	1.84

Tables:   1

The End!