sallet_3.scaffold.fasta.s39.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold57
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  170938

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12056--12280	54	4.2	54	93	0	369	17	30	24	27	1.97
13162--13265	33	3.2	33	91	0	154	21	38	19	21	1.94
15221--15271	18	2.8	18	85	11	77	9	25	13	50	1.72
16997--17048	18	2.9	18	91	0	77	32	28	26	11	1.91
21912--21958	23	2.0	23	95	0	85	8	19	29	42	1.80
23453--23487	11	3.1	11	88	8	52	28	34	0	37	1.58
34521--34581	13	4.7	13	95	0	104	24	22	13	39	1.90
36521--36591	10	7.1	10	100	0	142	19	49	30	0	1.49
40589--40618	10	3.0	10	90	0	51	6	10	63	20	1.47
52540--52637	24	4.1	25	77	12	107	26	11	29	32	1.91
55444--55483	21	1.9	21	100	0	80	37	45	5	12	1.64
55510--55780	43	6.3	43	86	3	341	27	41	6	24	1.80
55510--55780	85	3.1	85	88	3	364	27	41	6	24	1.80
58317--58366	16	3.0	16	80	8	55	32	0	62	6	1.20
58623--58686	11	5.8	11	96	0	119	26	17	9	46	1.78
58627--58697	33	2.2	33	89	0	106	26	16	7	49	1.72
59165--59220	27	2.1	27	84	12	73	8	35	50	5	1.57
59615--59661	12	3.9	12	94	0	76	21	2	61	14	1.43
60416--60464	20	2.5	20	82	0	62	12	14	28	44	1.81
61046--61153	36	3.1	35	82	6	112	21	24	42	12	1.86
61057--61164	36	3.0	36	86	0	135	22	25	39	12	1.89
63138--63317	67	2.6	71	78	11	185	18	28	10	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63138--63333	35	5.7	35	77	8	204	18	29	10	41	1.84
63148--63347	102	2.0	101	81	6	233	19	29	9	42	1.82
64425--64472	14	3.4	14	80	11	62	31	16	41	10	1.82
65092--65157	8	8.4	8	96	3	125	48	27	0	24	1.51
66721--66789	30	2.3	30	100	0	138	18	34	30	15	1.93
67023--67074	18	2.8	19	91	5	72	17	23	42	17	1.89
67033--67074	18	2.3	18	100	0	84	19	19	42	19	1.89
67270--67321	21	2.5	21	93	0	86	34	40	23	1	1.66
69666--69702	9	4.1	9	89	0	56	51	0	48	0	1.00
70410--70440	8	3.9	8	100	0	62	38	48	0	12	1.42
70635--70746	13	8.8	13	82	9	124	13	32	7	47	1.70
70635--70744	25	4.4	24	77	16	107	12	32	7	47	1.69
70635--70746	38	2.9	38	81	5	97	13	32	7	47	1.70
71735--71781	9	5.3	9	92	2	78	42	0	57	0	0.98
71733--71781	13	3.7	13	86	5	71	42	0	57	0	0.99
71740--71801	9	6.5	10	89	9	51	45	0	54	0	0.99
71956--72026	12	5.9	12	96	0	133	16	1	40	40	1.58
71938--72019	36	2.3	36	86	0	110	19	1	42	36	1.59
72044--72134	14	6.6	14	81	2	87	16	0	42	40	1.48
72120--72195	10	7.6	10	93	0	134	9	2	39	48	1.49
72853--72890	10	3.8	10	96	0	67	21	63	0	15	1.31
73481--73552	11	7.1	11	73	20	59	33	2	63	0	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73481--73561	30	2.6	31	75	14	87	35	2	61	0	1.09
73482--73552	20	3.5	20	87	9	92	33	2	63	0	1.09
73482--73550	21	3.4	21	88	7	83	33	2	63	0	1.09
74836--74876	2	21.5	2	90	9	68	0	0	51	48	1.00
74907--75028	11	11.4	11	71	11	92	27	8	39	24	1.84
74972--75031	31	1.9	31	96	3	111	26	6	40	26	1.81
75034--75066	10	3.1	11	86	8	50	33	15	27	24	1.95
75293--75328	11	3.3	11	100	0	72	0	38	25	36	1.56
75808--75833	12	2.2	12	100	0	52	7	61	23	7	1.49
77939--77996	21	2.7	22	82	12	75	31	12	34	22	1.91
77937--78039	22	4.9	21	73	17	79	28	14	33	23	1.94
77925--78039	43	2.8	41	75	12	108	26	14	33	25	1.94
78458--78513	12	4.7	12	88	0	67	17	48	12	21	1.80
78639--78679	12	3.5	12	93	3	66	9	58	26	4	1.50
79542--79580	12	3.2	12	100	0	78	17	43	38	0	1.50
82585--82673	17	5.2	18	82	10	116	19	32	10	38	1.85
82585--82673	34	2.6	35	87	7	130	19	32	10	38	1.85
83131--83184	21	2.6	21	93	0	90	1	29	18	50	1.58
83711--83751	16	2.6	16	88	0	64	2	48	19	29	1.61
84889--84923	18	1.9	18	94	0	61	25	40	17	17	1.90
85250--85296	13	3.8	13	78	13	55	27	10	29	31	1.90
85250--85321	24	3.0	23	87	4	90	25	9	30	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85706--85731	11	2.4	11	100	0	52	30	26	26	15	1.96
85810--85874	11	5.8	11	90	1	94	56	0	32	10	1.34
86084--86113	12	2.5	12	100	0	60	16	56	20	6	1.62
86547--86572	12	2.2	12	100	0	52	34	50	15	0	1.45
86813--86879	11	6.4	11	80	16	70	4	43	1	50	1.31
86817--86872	7	8.1	7	73	11	53	3	42	1	51	1.29
86921--86947	10	2.7	10	100	0	54	29	22	7	40	1.81
86952--86976	12	2.1	12	100	0	50	24	24	0	52	1.48
88804--88844	21	2.0	21	85	9	57	29	24	39	7	1.82
89509--89578	15	4.6	15	91	3	104	31	12	31	24	1.93
95848--95929	20	3.8	22	83	8	105	9	36	21	31	1.86
95848--95946	12	8.8	12	77	6	50	11	35	22	31	1.89
95869--95922	10	5.2	10	86	4	72	9	37	22	31	1.86
98097--98129	12	2.8	12	95	0	57	45	6	39	9	1.61
98478--98522	21	2.1	21	100	0	90	26	6	55	11	1.59
99068--99111	22	2.0	22	95	0	79	34	36	6	22	1.81
100045--100129	2	46.0	2	69	19	60	1	45	1	51	1.16
100045--100125	18	4.6	17	79	14	67	1	45	1	51	1.16
100082--100164	9	9.4	9	78	18	70	0	53	0	46	1.00
100049--100173	53	2.4	52	81	9	130	0	48	0	49	1.12
100088--100143	23	2.5	22	80	13	62	0	50	0	50	1.00
100126--100166	15	2.8	15	88	3	57	0	58	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100126--100169	14	3.1	14	83	6	61	0	54	0	45	0.99
101619--101674	24	2.3	24	87	0	76	30	16	41	12	1.85
104957--105126	8	21.9	8	83	13	205	14	37	11	37	1.82
106746--106779	13	2.8	12	86	8	50	11	20	29	38	1.88
107139--107182	3	14.7	3	85	0	61	31	61	6	0	1.22
107139--107182	12	3.7	12	90	0	70	31	61	6	0	1.22
110515--110634	3	40.0	3	75	9	93	36	24	33	5	1.79
110563--110645	15	5.5	15	82	0	58	32	21	37	8	1.84
110862--110899	11	3.5	11	89	7	51	21	2	57	18	1.52
110987--111053	18	3.7	18	79	0	71	31	29	14	23	1.95
111345--111380	10	3.0	13	76	23	51	52	38	0	8	1.32
111357--111391	10	3.5	10	92	0	61	51	40	0	8	1.33
111345--111399	23	2.6	22	78	21	73	50	40	0	9	1.34
111345--111391	20	2.2	20	88	11	67	51	40	0	8	1.33
112307--112347	13	3.2	13	83	13	57	21	0	65	12	1.25
112311--112363	20	2.6	21	80	20	67	26	0	62	11	1.29
113160--113190	11	2.8	11	100	0	62	9	61	0	29	1.28
116697--116766	17	4.0	17	84	3	86	24	34	15	25	1.95
117145--117169	12	2.1	12	100	0	50	28	48	8	16	1.74
121236--121262	10	2.7	10	100	0	54	22	44	0	33	1.53
122569--122598	10	3.0	10	95	0	51	3	10	16	70	1.29
122569--122646	11	7.4	11	75	7	56	10	10	17	61	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122629--122697	29	2.3	30	90	5	113	13	18	14	53	1.72
122682--122731	21	2.5	22	84	12	63	12	22	16	50	1.77
122735--122784	17	2.9	17	100	0	100	24	34	12	30	1.91
130564--130599	14	2.6	14	95	0	63	2	44	25	27	1.68
130676--130718	22	2.0	22	90	0	68	37	55	6	0	1.27
133885--133919	18	1.9	18	88	0	52	22	17	42	17	1.88
135240--135278	19	2.1	19	95	0	69	5	17	38	38	1.72
135478--135552	37	2.0	37	89	0	114	17	45	0	37	1.49
135464--135537	16	4.3	16	79	15	85	14	41	0	43	1.46
135515--135545	16	1.9	16	93	0	53	19	45	0	35	1.51

Tables:   1   2