sallet_3.scaffold.fasta.s36.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold52
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  218772

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 122 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2--31	15	2.0	15	93	0	51	16	20	60	3	1.50
9--52	21	2.1	21	95	0	79	20	13	65	0	1.26
474--521	18	2.6	19	83	9	64	25	45	29	0	1.53
491--522	9	3.6	9	91	0	55	28	46	25	0	1.53
770--809	19	2.1	19	95	0	71	15	20	55	10	1.68
774--814	19	2.2	19	86	4	57	14	19	56	9	1.66
800--835	12	3.0	12	100	0	72	25	25	41	8	1.83
2089--2142	21	2.5	23	88	8	78	1	35	11	51	1.48
2124--2167	16	2.8	16	100	0	88	0	38	11	50	1.39
2601--2638	10	3.7	10	96	3	67	13	0	50	36	1.42
2964--3005	12	3.6	12	90	3	68	16	0	54	28	1.42
4282--4324	14	3.1	14	86	0	59	41	32	11	13	1.81
5931--6065	21	6.6	21	77	6	89	22	30	28	19	1.98
5974--6010	18	2.1	18	100	0	74	21	35	27	16	1.94
6010--6063	10	5.2	10	76	8	54	22	31	27	18	1.97
6002--6062	11	5.7	11	76	7	63	21	32	27	18	1.96
7787--7835	22	2.2	22	92	0	80	32	12	20	34	1.90
8079--8114	12	3.0	12	91	0	54	11	25	50	13	1.75
9204--9275	12	5.5	12	72	23	56	37	15	47	0	1.46
9195--9253	29	2.0	29	100	0	118	33	13	52	0	1.41
9328--9392	26	2.7	24	83	9	80	20	0	52	27	1.47
9434--9491	18	3.2	18	90	9	100	17	0	48	34	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9968--10055	28	3.1	29	80	6	108	25	10	53	11	1.68
13317--13342	13	2.0	13	100	0	52	23	23	23	30	1.99
13858--13892	18	1.9	18	88	0	52	31	57	0	11	1.34
14975--14999	10	2.5	10	100	0	50	0	0	52	48	1.00
15240--15301	12	5.0	12	94	4	97	8	38	16	37	1.78
15240--15301	24	2.5	25	92	5	108	8	38	16	37	1.78
17901--17940	20	2.0	20	85	0	53	25	35	7	32	1.84
20955--21006	15	3.5	15	84	10	70	25	21	0	53	1.45
20962--21007	8	6.0	8	80	10	60	23	21	0	54	1.45
22029--22065	16	2.3	16	95	0	65	21	35	24	18	1.96
23170--23202	16	2.0	17	88	5	50	12	0	42	45	1.41
30350--30412	12	5.2	12	92	3	99	11	15	49	23	1.77
30350--30412	25	2.6	24	89	2	99	11	15	49	23	1.77
30454--30493	20	2.0	20	95	0	71	35	10	22	32	1.87
30670--30747	25	3.2	25	68	3	68	23	34	10	32	1.88
33331--33369	16	2.4	17	91	4	62	17	2	64	15	1.41
37070--37110	15	2.6	16	88	7	66	36	0	63	0	0.95
37099--37137	20	2.0	20	85	10	53	38	0	61	0	0.96
39330--39376	18	2.6	18	82	0	67	48	8	42	0	1.33
39315--39390	39	2.0	38	84	7	100	47	9	43	0	1.35
39366--39417	15	3.5	15	82	10	61	48	9	36	5	1.60
39391--39424	15	2.3	15	94	0	59	38	5	44	11	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43041--43084	21	2.1	21	91	0	70	0	22	34	43	1.54
43038--43094	9	6.0	9	74	11	51	0	21	33	45	1.52
43038--43094	18	3.0	17	79	18	60	0	21	33	45	1.52
46095--46163	33	2.2	32	80	10	81	7	47	31	13	1.69
46809--46851	22	2.0	22	100	0	86	23	27	16	32	1.96
46810--46856	22	2.2	22	92	3	78	29	27	14	27	1.96
48102--48146	20	2.2	20	96	0	81	26	15	44	13	1.83
66836--66860	11	2.3	11	100	0	50	36	40	0	24	1.55
74748--74793	24	2.0	23	83	12	58	26	6	41	26	1.80
84393--84472	42	1.9	42	92	0	133	30	25	18	26	1.98
87219--87254	12	2.6	15	75	25	51	44	30	25	0	1.54
94654--94748	11	8.6	11	78	13	79	14	51	0	33	1.43
94664--94758	22	4.2	22	82	2	109	12	52	0	34	1.39
94638--94758	33	3.6	33	77	10	111	14	51	0	33	1.48
119586--119617	15	2.1	15	100	0	64	18	31	34	15	1.93
119586--119629	15	2.9	15	89	0	52	18	31	38	11	1.86
121494--121519	11	2.4	11	100	0	52	26	57	15	0	1.38
123086--123124	13	3.0	13	88	7	53	20	0	43	35	1.52
123459--123501	13	3.1	14	83	12	54	9	4	48	37	1.56
123794--123858	25	2.6	25	80	2	76	18	21	21	38	1.93
125658--125695	13	2.9	13	100	0	76	15	7	55	21	1.66
126193--126241	12	4.1	12	83	0	62	2	69	2	26	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136771--136812	18	2.3	18	87	0	57	19	59	9	11	1.59
141464--141506	15	2.9	15	92	0	68	0	53	18	27	1.45
142391--142449	9	6.6	9	86	7	84	55	13	30	0	1.38
149446--149483	19	2.0	20	85	15	53	5	68	18	7	1.34
150977--151037	13	4.9	13	82	11	83	22	27	29	19	1.98
161228--161350	10	12.9	10	88	10	163	30	0	48	21	1.50
161310--161377	29	2.3	29	87	5	91	27	0	44	27	1.55
161623--161666	11	4.2	11	88	11	65	31	38	25	4	1.76
161627--161666	20	2.0	20	95	0	71	32	40	25	2	1.69
164230--164294	10	6.0	10	72	22	51	16	27	21	33	1.95
164240--164308	10	5.8	13	71	23	62	17	30	18	33	1.94
164229--164310	22	3.6	23	90	5	121	15	29	19	35	1.93
165921--165982	6	10.3	6	71	0	52	22	53	4	19	1.64
165909--165982	24	3.1	24	92	0	130	22	51	5	20	1.68
165927--166011	42	2.0	42	88	4	127	25	47	5	21	1.73
165945--166008	30	2.1	30	88	5	94	25	48	4	21	1.69
165927--165988	18	3.1	18	76	24	70	24	48	6	20	1.73
165908--165976	12	5.8	12	85	0	102	23	49	7	20	1.73
165909--166011	24	4.5	24	80	16	67	25	47	5	21	1.73
167371--167417	18	2.6	18	100	0	94	19	34	21	25	1.96
168000--168039	21	1.9	21	94	0	71	10	15	45	30	1.78
168070--168123	21	2.6	21	90	0	81	14	24	31	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168042--168134	30	3.4	30	68	23	78	13	25	30	30	1.94
168046--168202	51	3.1	51	80	3	190	10	29	28	31	1.91
168148--168209	30	2.1	30	87	0	88	14	37	22	25	1.92
173358--173402	19	2.4	19	92	0	72	8	31	22	37	1.85
174118--174173	8	7.0	8	79	0	58	25	51	1	21	1.57
174124--174170	16	2.9	16	96	0	85	25	48	2	23	1.62
174118--174187	24	2.9	24	82	4	70	22	52	2	21	1.60
175238--175279	13	3.3	13	83	6	50	21	50	2	26	1.61
175602--175695	24	4.0	23	69	20	70	8	30	44	15	1.77
175602--175690	45	2.0	45	86	4	126	8	29	44	16	1.78
176495--176538	18	2.4	18	84	0	61	4	25	63	6	1.38
176621--176657	9	4.1	9	92	0	65	0	43	35	21	1.53
177229--177258	14	2.1	14	93	0	51	10	13	56	20	1.65
179403--179449	21	2.2	21	96	0	85	10	14	51	23	1.74
181335--181369	17	2.1	17	94	0	61	28	34	22	14	1.93
184781--184827	15	3.1	15	84	0	58	38	2	57	2	1.23
184947--185020	15	4.9	15	72	11	62	39	25	24	10	1.88
188513--188559	8	5.9	8	84	0	67	25	34	14	25	1.94
198329--198357	13	2.2	13	100	0	58	41	13	37	6	1.72
203040--203066	14	1.9	14	100	0	54	40	59	0	0	0.98
205762--205819	9	6.4	9	87	0	80	48	3	41	6	1.47
206090--206151	23	2.7	23	90	2	90	16	20	25	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206090--206151	22	2.8	20	83	11	61	16	20	25	37	1.93
206628--206761	67	2.0	67	88	0	196	26	39	11	23	1.88
206815--206845	11	2.8	11	100	0	62	19	58	16	6	1.59
208200--208229	13	2.4	12	94	5	51	36	56	6	0	1.26
209114--209161	22	2.3	23	82	17	68	6	31	20	41	1.77
209290--209344	17	3.2	17	81	0	74	12	38	20	29	1.89
209936--210019	24	3.4	24	74	8	78	16	39	27	16	1.90
209992--210039	18	2.7	18	83	0	51	14	43	27	14	1.84
211302--211352	14	3.6	14	97	0	93	39	21	39	0	1.54
211828--211884	21	2.7	21	94	5	98	22	31	22	22	1.98

Tables:   1   2