sallet_3.scaffold.fasta.s33.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold25
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  256610

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 269 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1617--1647	15	2.0	16	93	6	55	38	45	6	9	1.63
4132--4338	36	5.9	36	80	6	174	31	15	22	29	1.95
4164--4338	72	2.4	72	81	5	201	30	16	22	29	1.96
4307--4361	24	2.3	24	84	6	67	36	12	27	23	1.91
6721--6771	23	2.2	23	89	0	75	19	23	41	15	1.90
6721--6782	23	2.7	23	78	9	72	19	25	40	14	1.90
7466--7514	18	2.7	18	83	0	62	20	24	32	22	1.98
7902--7979	12	7.0	12	81	8	69	8	28	25	37	1.86
8070--8114	21	2.1	21	91	0	72	13	37	13	35	1.84
8948--8999	15	3.5	15	100	0	104	0	32	40	26	1.57
9142--9252	21	5.3	21	74	16	104	24	45	6	23	1.75
9142--9252	42	2.6	43	80	7	129	24	45	6	23	1.75
10064--10120	30	1.9	30	92	0	96	24	12	36	26	1.91
10086--10135	21	2.4	21	86	0	73	24	12	32	32	1.91
10652--10702	16	2.9	18	82	11	70	29	11	52	5	1.61
10652--10702	17	3.0	17	85	8	68	29	11	52	5	1.61
10836--10862	11	2.5	11	100	0	54	25	18	48	7	1.74
13069--13116	18	2.7	18	90	0	78	10	16	22	50	1.76
13968--14026	11	5.4	11	95	0	91	11	15	45	27	1.81
15155--15197	20	2.2	20	95	0	77	20	30	13	34	1.92
16207--16266	12	5.0	12	97	0	111	1	25	23	50	1.59
16440--16487	19	2.5	19	72	0	51	10	45	10	33	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16939--16985	18	2.6	18	100	0	94	21	23	38	17	1.93
17026--17136	18	6.2	18	82	4	82	15	33	23	27	1.95
17017--17136	36	3.3	37	73	13	106	16	35	21	26	1.95
17899--17961	18	3.5	18	74	8	65	19	26	38	15	1.92
18030--18110	15	5.4	15	80	5	83	0	51	3	44	1.19
18040--18117	30	2.6	30	81	2	95	0	55	2	42	1.13
18025--18115	45	2.0	45	84	0	119	0	50	4	45	1.21
18108--18179	21	3.4	21	83	7	76	2	55	15	26	1.54
18129--18224	21	4.2	24	70	22	82	2	50	14	33	1.55
19011--19061	9	5.7	9	80	0	66	5	9	43	41	1.62
19011--19061	18	2.8	18	84	0	75	5	9	43	41	1.62
19013--19069	27	2.1	27	96	0	105	8	10	43	36	1.70
19111--19193	18	4.6	18	77	5	96	15	40	27	15	1.88
19111--19205	36	2.6	36	75	6	102	14	40	27	17	1.89
19141--19219	24	3.5	24	70	19	71	15	39	26	18	1.91
19902--19934	15	2.2	15	100	0	66	0	24	48	27	1.51
20473--20535	23	2.7	25	81	16	73	14	3	61	20	1.46
21973--22026	21	2.7	20	88	2	81	7	35	0	57	1.27
23610--23664	14	3.9	14	90	4	83	34	23	12	29	1.92
23595--23664	29	2.4	29	85	0	95	35	24	14	25	1.93
23703--23800	20	4.9	20	94	2	162	9	28	9	53	1.63
25902--25938	11	3.4	11	96	0	65	45	0	54	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26696--26807	18	6.2	18	92	3	163	16	28	24	31	1.96
28009--28045	10	3.7	10	100	0	74	51	37	0	10	1.37
28229--28267	11	3.5	11	82	0	51	30	46	10	12	1.75
29039--29074	11	3.3	11	100	0	72	27	55	8	8	1.58
29028--29087	22	2.7	22	80	10	77	28	48	11	11	1.75
29092--29133	16	2.6	16	92	0	75	19	30	23	26	1.98
29645--29688	15	2.9	15	96	0	79	20	56	20	2	1.52
31458--31506	19	2.6	19	100	0	98	22	26	30	20	1.98
32787--32971	36	5.3	36	79	3	173	34	20	23	22	1.97
35421--35523	23	4.3	23	74	14	66	33	43	0	21	1.59
35441--35508	23	3.0	23	80	4	75	35	42	0	22	1.54
36485--36510	12	2.2	12	100	0	52	7	26	50	15	1.71
37593--37652	16	3.8	16	88	0	84	20	30	13	36	1.90
37958--38012	27	2.0	27	86	6	76	25	45	14	14	1.83
45078--45106	12	2.4	12	100	0	58	27	37	27	6	1.82
45300--45355	27	2.1	27	86	0	76	21	35	25	17	1.95
45583--45659	39	2.0	39	82	10	95	25	35	20	18	1.95
71198--71251	13	4.2	13	83	4	65	20	29	22	27	1.98
77258--77291	17	2.0	17	88	0	50	11	52	5	29	1.61
82584--82722	13	10.7	13	77	10	115	29	10	29	30	1.90
85695--85720	13	2.0	13	100	0	52	15	38	23	23	1.92
90167--90221	12	4.6	12	95	4	94	32	54	5	7	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90264--90321	20	2.8	20	86	2	80	22	51	5	20	1.67
95092--95171	9	8.8	9	90	6	126	22	28	23	25	1.99
95092--95180	27	3.2	27	90	7	126	21	29	24	24	1.99
95180--95239	31	1.9	32	90	6	97	25	28	26	20	1.99
95243--95303	28	2.2	28	87	0	86	18	26	29	26	1.98
95463--95515	22	2.5	21	73	8	54	47	20	13	18	1.82
96685--96729	21	2.1	21	91	0	72	8	20	46	24	1.78
96743--96810	30	2.3	30	84	5	84	10	32	27	29	1.90
97566--97624	28	2.1	28	84	6	75	22	0	57	20	1.41
97630--97705	7	10.3	7	69	25	50	21	0	51	27	1.48
97652--97691	16	2.5	16	95	0	71	25	0	47	27	1.52
97762--97816	21	2.8	19	75	20	67	27	1	40	30	1.67
98806--98899	23	4.0	23	80	4	98	36	8	43	11	1.72
99361--99423	19	3.2	19	82	6	81	20	42	14	22	1.88
99365--99433	21	3.5	19	80	11	68	20	46	14	18	1.84
99905--99935	16	2.0	16	93	6	55	16	77	0	6	0.97
100520--100618	18	5.7	18	89	7	125	43	27	19	10	1.82
100520--100638	9	13.9	9	72	13	99	44	29	16	9	1.79
100522--100633	33	3.3	33	88	3	143	45	28	16	8	1.78
100576--100637	15	3.9	15	86	12	88	48	32	12	6	1.67
103155--103189	17	2.1	17	94	0	61	54	0	31	14	1.40
107529--107555	6	4.5	6	100	0	54	0	51	14	33	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109725--109760	12	3.0	12	83	0	54	19	16	55	8	1.66
119059--119114	16	3.6	16	92	2	87	5	26	46	21	1.73
126595--126654	16	3.8	16	84	0	66	15	26	23	35	1.94
126567--126646	32	2.5	32	83	0	97	17	22	23	36	1.95
126678--126775	32	3.1	32	86	2	135	25	20	13	40	1.88
126700--126757	16	3.6	16	77	9	64	27	18	15	37	1.92
126685--126789	32	3.3	31	79	12	99	24	18	15	41	1.88
126810--126876	18	3.6	19	84	6	75	19	41	5	32	1.76
130468--130519	15	3.5	15	91	0	86	13	3	46	36	1.62
134059--134523	120	3.9	120	92	0	734	20	25	32	21	1.98
138061--138099	11	3.5	11	92	0	69	25	51	0	23	1.49
139186--139220	16	2.1	17	89	5	54	0	0	51	48	1.00
139536--139602	9	7.4	9	86	0	98	35	11	20	31	1.89
139536--139610	18	4.2	18	87	0	96	36	12	20	32	1.89
139538--139610	9	8.0	10	79	14	79	35	10	20	32	1.88
139536--139601	27	2.4	27	100	0	132	34	12	21	31	1.90
142268--142294	10	2.7	10	100	0	54	33	0	44	22	1.53
143268--143323	19	3.0	19	84	10	80	12	1	57	28	1.46
143434--143512	14	5.8	14	80	5	63	1	26	13	58	1.44
143434--143514	22	3.9	22	73	11	71	1	25	13	59	1.42
143434--143514	8	10.6	8	68	24	50	1	25	13	59	1.42
145265--145314	13	4.0	12	80	15	57	20	64	0	16	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145265--145304	11	3.5	11	89	6	53	20	65	0	15	1.28
145265--145314	25	2.0	24	88	3	73	20	64	0	16	1.30
145621--145655	18	1.9	18	88	0	52	8	48	31	11	1.69
151870--151941	36	2.0	36	83	5	92	30	22	15	31	1.94
152012--152056	14	3.2	14	83	0	54	42	15	6	35	1.73
152215--152248	16	2.2	16	89	5	52	35	23	8	32	1.86
153851--153886	11	3.1	12	88	8	56	36	0	55	8	1.30
154103--154156	12	4.2	13	86	13	76	24	38	22	14	1.91
154103--154156	25	2.1	27	86	13	78	24	38	22	14	1.91
156563--156640	16	5.1	16	86	7	108	38	6	42	12	1.69

Tables:   1   2   3