sallet_3.scaffold.fasta.s31.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold50
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  186867

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
986--1017	12	2.7	12	95	0	55	3	43	31	21	1.68
1275--1322	12	4.0	12	86	0	60	37	14	37	10	1.81
1396--1424	9	3.2	9	100	0	58	0	79	10	10	0.94
1427--1454	12	2.3	12	100	0	56	14	71	14	0	1.15
2065--2135	21	3.2	21	73	21	56	9	15	29	45	1.78
2078--2126	12	4.1	12	83	0	62	10	14	30	44	1.78
2066--2135	24	3.0	24	78	13	76	10	14	30	45	1.77
2114--2138	9	2.8	9	100	0	50	8	20	24	48	1.76
2131--2156	6	4.3	6	100	0	52	0	19	30	50	1.48
2642--2679	19	2.0	19	94	0	67	28	5	39	26	1.78
4082--4137	23	2.4	23	84	0	67	14	48	0	37	1.44
5747--5823	22	3.5	22	94	0	127	37	1	40	20	1.61
6649--6702	14	3.9	14	92	0	81	42	35	5	16	1.72
7405--7482	12	6.8	12	82	8	99	11	24	38	25	1.89
7409--7450	21	2.0	21	95	0	75	9	21	42	26	1.83
7405--7482	33	2.3	34	84	6	104	11	24	38	25	1.89
7780--8181	126	3.2	126	84	1	522	20	27	26	25	1.99
7780--8266	126	3.9	125	82	2	462	20	28	25	25	1.99
7782--8244	252	1.8	248	83	4	606	20	29	25	24	1.99
9149--9552	141	2.8	141	84	4	402	19	26	26	27	1.99
9266--9552	141	2.0	141	95	0	511	20	26	25	27	1.99
11008--11061	14	3.9	14	92	0	81	22	20	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11116--11147	8	4.0	8	91	0	55	25	34	25	15	1.95
11337--11394	23	2.7	22	86	7	75	27	32	13	25	1.94
11361--11426	25	2.7	24	80	17	82	21	36	15	27	1.93
11428--11504	29	2.7	29	91	2	129	19	35	10	35	1.86
11489--11555	21	3.2	21	83	14	93	16	40	11	31	1.85
14157--14181	10	2.5	10	100	0	50	8	8	44	40	1.63
19876--19917	4	10.8	4	79	5	50	0	30	2	66	1.04
21118--21183	14	4.2	17	80	18	72	10	0	57	31	1.33
21376--21403	10	2.8	10	100	0	56	28	21	28	21	1.99
21717--21741	13	1.9	13	100	0	50	8	56	0	36	1.29
21668--21736	26	2.7	25	73	13	68	11	56	0	31	1.35
23763--23799	18	2.1	18	89	0	56	16	35	13	35	1.88
26684--26762	19	4.0	20	85	5	97	35	40	1	22	1.62
26715--26762	9	5.0	9	80	19	53	33	43	0	22	1.54
26658--26762	11	10.1	11	74	16	75	35	40	3	20	1.71
26885--26942	27	2.1	27	87	0	80	13	48	1	36	1.53
26937--26982	14	3.6	14	80	19	64	6	58	0	34	1.24
39431--39466	17	2.1	17	94	0	63	2	16	38	41	1.63
39667--39739	7	10.0	7	92	4	110	27	54	1	16	1.50
39667--39739	36	2.0	37	94	2	130	27	54	1	16	1.50
39667--39739	29	2.5	28	91	6	110	27	54	1	16	1.50
39667--39738	22	3.3	22	90	5	119	27	54	1	16	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43857--43944	12	7.1	12	77	10	79	29	13	29	27	1.94
43866--43914	13	3.8	13	83	2	55	30	10	28	30	1.90
43858--43944	26	3.5	26	77	10	76	29	13	29	26	1.94
44028--44072	7	6.6	7	92	5	74	0	28	15	55	1.41
44027--44094	27	2.6	25	82	17	93	0	29	14	55	1.40
44793--44822	9	3.3	9	95	0	51	16	13	50	20	1.78
45661--45705	15	2.9	16	93	3	74	28	11	46	13	1.77
47877--47918	11	3.8	11	96	0	75	16	9	54	19	1.69
48152--48277	18	7.1	18	93	1	218	22	16	21	39	1.92
48326--48406	27	3.1	27	89	7	114	25	39	7	27	1.82
48329--48417	27	3.3	28	84	9	96	25	41	6	25	1.80
52829--52872	19	2.2	20	88	4	63	25	13	38	22	1.91
54609--54652	15	3.1	15	80	9	56	15	43	6	34	1.74
56907--56954	12	3.9	12	91	2	78	39	43	0	16	1.48
72469--72505	11	3.4	11	96	0	65	8	29	43	18	1.79
73047--73086	12	3.3	12	92	0	62	15	42	42	0	1.46
73157--73187	9	3.4	9	90	0	53	9	29	45	16	1.79
74885--74947	33	1.9	33	87	6	92	34	30	33	1	1.67
75693--75726	12	2.8	12	90	4	50	50	23	11	14	1.76
76414--76454	21	2.0	21	95	0	73	29	43	26	0	1.55
76399--76441	15	2.9	15	82	0	50	25	44	27	2	1.66
76420--76459	21	1.9	21	89	0	62	32	40	27	0	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76865--76956	6	15.3	6	82	13	100	36	46	14	2	1.56
76845--76897	18	2.9	18	85	0	61	26	43	26	3	1.72
78191--78243	25	2.1	25	86	6	72	49	20	22	7	1.74
78531--78556	13	2.0	13	100	0	52	23	38	23	15	1.92
80544--80579	12	3.0	12	87	0	54	8	36	36	19	1.82
80943--81095	27	5.4	27	68	9	117	37	30	26	5	1.78
80962--81137	21	9.0	21	67	14	124	37	29	27	5	1.78
80899--81108	57	3.7	57	97	0	384	36	30	28	4	1.78
84464--84510	23	2.0	23	87	0	67	38	48	8	4	1.53
84457--84522	13	5.3	13	80	10	75	39	48	9	3	1.50
84577--84629	26	2.0	26	89	7	81	16	52	0	30	1.44
84776--84816	21	2.0	20	85	4	55	0	53	34	12	1.38
86232--86269	18	2.1	18	90	0	58	23	15	50	10	1.75
86308--86401	45	2.1	44	96	2	170	36	17	26	20	1.94
86424--86462	12	3.2	12	92	0	60	33	10	28	28	1.90
86424--86485	24	2.5	25	81	5	63	30	9	29	30	1.89
86453--86485	13	2.5	13	100	0	66	27	9	30	33	1.88
86564--86670	32	3.3	32	92	2	169	25	19	12	42	1.86
86563--86664	16	6.2	17	67	8	68	26	19	10	43	1.84
87802--87828	13	2.1	13	100	0	54	29	14	40	14	1.86
88697--88773	21	3.8	21	80	11	79	15	53	2	28	1.56
89193--89222	12	2.5	12	94	0	51	20	76	3	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92638--92811	19	9.1	20	78	9	177	38	4	36	20	1.74
92646--92811	59	2.9	58	82	5	205	38	4	36	21	1.73
92638--92811	39	4.6	38	77	11	169	38	4	36	20	1.74
93142--93236	31	2.9	32	79	9	102	17	37	9	34	1.83
93353--93402	21	2.3	20	83	16	64	6	60	0	34	1.21
93368--93412	21	2.0	23	91	8	76	4	62	0	33	1.15
93863--93903	15	2.7	15	96	0	73	14	7	58	19	1.59
94518--94563	9	5.1	9	89	0	65	34	23	41	0	1.55
94629--94653	12	2.1	12	100	0	50	0	28	40	32	1.57
95415--95445	12	2.6	12	100	0	62	12	16	61	9	1.56
95459--95538	21	3.6	22	86	5	92	32	5	57	5	1.42
95495--95548	18	2.8	18	76	15	54	31	5	55	7	1.51
95560--95586	12	2.2	12	100	0	54	14	0	51	33	1.43
96345--96377	15	2.1	16	94	5	59	24	30	15	30	1.95
97519--97570	17	3.2	17	81	10	63	21	23	13	42	1.88
97519--97558	15	2.5	16	88	8	55	25	25	10	40	1.86
98507--98532	7	3.7	7	100	0	52	57	0	42	0	0.98
98511--98561	26	2.0	25	85	11	68	58	3	35	1	1.28
98674--98715	11	3.9	11	87	6	59	33	2	47	16	1.60
98888--99074	30	6.3	30	73	9	114	41	4	35	18	1.72
98947--99044	15	6.5	15	78	9	92	40	5	35	18	1.73
98888--99076	15	12.8	14	74	11	87	41	4	34	19	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99339--99415	16	4.8	16	91	0	118	32	12	27	27	1.93
99555--99671	8	14.4	8	82	1	135	33	25	11	29	1.92
99712--99749	13	2.9	13	84	0	58	0	31	23	44	1.54
100477--100526	24	2.1	24	88	7	75	36	28	30	6	1.81
100477--100545	24	2.9	24	79	16	72	33	33	26	7	1.84
100615--100656	12	3.5	12	96	0	75	0	45	9	45	1.36
102018--102068	22	2.3	22	86	0	66	19	11	31	37	1.88
102074--102100	11	2.5	11	100	0	54	22	11	44	22	1.84
102137--102215	16	5.0	16	90	9	135	18	11	39	30	1.86
102137--102233	49	2.0	47	86	9	133	19	11	37	31	1.87

Tables:   1   2