sallet_3.scaffold.fasta.s30.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold16
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  224189

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 218 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--98	26	3.8	26	100	0	196	42	17	19	20	1.89
5382--5432	24	2.3	21	90	10	75	23	23	37	15	1.93
8162--8190	13	2.2	13	100	0	58	17	41	13	27	1.87
9724--9783	11	5.5	11	83	0	75	23	15	38	23	1.92
9724--9783	22	2.7	22	86	0	84	23	15	38	23	1.92
17328--17380	26	2.0	26	96	0	97	22	26	5	45	1.74
23265--23341	15	5.5	15	70	16	58	28	1	48	22	1.59
23272--23341	27	2.6	26	74	14	70	31	1	47	20	1.59
25263--25296	10	3.4	10	87	0	50	17	20	61	0	1.34
26072--26109	13	2.9	13	100	0	76	31	55	5	7	1.51
30907--30944	19	2.0	19	94	0	67	39	2	26	31	1.70
31768--31847	26	3.1	26	88	0	115	17	35	12	35	1.88
42435--42529	31	3.0	32	90	3	147	28	20	21	30	1.98
47111--47143	14	2.3	15	94	5	59	0	6	57	36	1.23
47235--47304	11	6.1	12	89	1	74	14	0	51	34	1.42
47267--47304	11	3.5	11	100	0	76	10	0	55	34	1.34
47239--47304	22	2.9	23	86	8	82	12	0	53	34	1.38
47416--47472	11	5.1	11	91	4	96	10	0	52	36	1.36
47413--47472	23	2.7	23	94	2	104	10	0	51	38	1.35
48079--48128	9	5.6	9	100	0	100	46	10	12	32	1.74
48143--48172	12	2.5	12	100	0	60	20	60	20	0	1.37
52640--52697	21	2.8	21	91	0	98	24	34	18	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56513--56618	33	3.2	33	85	6	142	33	18	11	36	1.87
61568--61672	9	12.3	9	75	8	60	32	27	15	24	1.95
61562--61618	17	3.3	18	80	7	64	31	29	12	26	1.92
70063--70115	27	2.0	27	92	0	88	13	33	26	26	1.93
71546--71683	66	2.1	66	84	6	174	31	14	28	24	1.95
73512--73558	2	23.5	2	86	0	67	51	2	42	4	1.33
76806--76884	16	5.1	16	70	6	54	15	17	20	46	1.83
76808--76907	15	6.6	16	77	5	57	16	22	20	42	1.89
76809--76909	31	3.3	30	73	5	96	15	21	18	43	1.88
77002--77051	23	2.1	24	78	14	59	18	34	34	14	1.90
77012--77058	23	2.0	23	87	0	67	19	29	29	21	1.97
77469--77543	19	3.9	19	77	13	73	37	26	10	25	1.89
77511--77553	19	2.3	19	84	8	52	37	30	11	20	1.89
77487--77628	22	6.8	22	75	8	93	36	32	11	19	1.87
77601--77660	29	2.0	30	87	3	86	36	35	15	13	1.86
77631--77704	18	3.8	19	78	7	78	39	33	10	16	1.83
77688--77739	22	2.4	22	90	3	79	38	28	9	23	1.86
79130--79192	12	5.2	12	92	0	99	1	1	60	36	1.16
79138--79196	4	14.8	4	78	0	64	0	1	59	38	1.08
79130--79211	24	3.4	24	86	0	101	4	1	59	34	1.26
79132--79214	36	2.3	36	85	0	112	4	1	59	34	1.27
80300--80350	17	3.1	18	76	21	58	7	21	52	17	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80374--80425	19	2.7	19	93	0	86	13	9	48	28	1.74
80772--80842	21	3.3	20	86	7	79	14	25	40	19	1.89
81352--81376	11	2.3	11	100	0	50	24	8	48	20	1.76
81631--81716	11	7.8	11	80	0	64	18	16	18	46	1.84
81621--81716	22	4.4	22	81	1	95	19	16	17	45	1.85
81641--81716	33	2.3	33	81	0	89	18	17	19	44	1.87
81690--81840	22	7.0	22	71	8	94	15	24	24	35	1.94
81712--81819	43	2.5	44	86	3	148	14	24	25	35	1.94
81750--81847	11	9.0	11	67	2	54	12	30	24	32	1.92
81712--81840	43	3.0	44	82	3	136	14	25	24	34	1.94
81938--82011	6	12.2	6	72	16	55	1	66	1	31	1.09
81945--82011	15	4.9	15	77	14	65	0	67	1	31	1.00
81945--82017	7	10.3	7	77	16	71	0	67	1	31	1.00
81933--82013	20	4.1	18	76	20	72	1	65	1	32	1.08
81976--82011	12	2.9	12	95	4	63	0	72	0	27	0.85
82407--82441	12	2.9	12	95	0	61	14	25	54	5	1.62
83493--83522	15	1.9	16	93	6	53	3	20	56	20	1.56
83826--83873	9	5.3	9	78	9	53	39	2	50	8	1.44
84876--84915	9	4.4	9	93	0	71	25	42	10	22	1.84
85304--85354	22	2.3	22	89	0	75	45	15	31	7	1.75
86481--86571	22	4.1	23	85	4	98	27	46	13	13	1.80
87290--87343	22	2.5	22	77	17	58	38	5	48	7	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87418--87449	12	2.7	12	100	0	64	9	12	28	50	1.71
87888--87934	10	4.8	10	81	5	60	51	29	10	8	1.66
87940--87979	14	2.7	15	80	7	55	52	27	20	0	1.46
93533--93567	18	1.9	18	88	0	52	40	8	25	25	1.84
93571--93691	27	4.6	27	88	3	138	35	9	26	28	1.87
93593--93691	27	3.7	27	89	2	139	38	9	25	27	1.86
93706--93739	17	2.0	17	100	0	68	29	23	17	29	1.97
94072--94124	15	3.5	15	89	0	79	9	35	28	26	1.87
94068--94124	30	1.9	30	92	0	96	8	33	29	28	1.87
94284--94339	19	2.9	19	83	0	76	37	17	35	8	1.82
94484--94525	10	4.2	10	87	0	57	33	21	23	21	1.97
95525--95549	9	2.8	9	100	0	50	24	28	36	12	1.91
95848--95884	9	3.9	9	92	7	56	13	8	64	13	1.48
95905--95939	18	1.9	18	88	0	52	11	25	37	25	1.90
95952--95994	21	2.2	19	88	12	61	16	25	27	30	1.97
96046--96082	18	2.1	18	100	0	74	0	40	37	21	1.54
97167--97192	11	2.4	11	100	0	52	23	15	50	11	1.76
97244--97290	21	2.3	21	85	3	60	0	36	21	42	1.53
97271--97299	9	3.2	9	100	0	58	0	41	13	44	1.44
98092--98119	11	2.5	11	100	0	56	17	7	57	17	1.62
98122--98172	15	3.5	15	91	5	86	9	7	54	27	1.60
98282--98339	6	9.2	6	81	10	62	15	0	48	36	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98277--98334	19	3.0	19	82	2	71	15	0	44	39	1.47
98386--98419	11	2.9	12	86	8	52	0	8	41	50	1.34
98901--98943	22	2.0	22	95	0	77	9	9	62	18	1.51
98901--98944	11	4.0	11	78	0	52	9	9	61	20	1.53
99884--99962	12	6.5	12	86	2	81	49	24	10	16	1.76
99883--99962	24	3.3	25	81	8	94	50	23	10	16	1.75
100290--100322	16	2.1	16	100	0	66	18	18	39	24	1.92
102542--102587	22	2.1	22	88	4	67	41	8	41	8	1.67
102542--102587	11	4.3	11	80	2	58	41	8	41	8	1.67
104853--104882	11	2.7	11	89	0	51	0	0	60	40	0.97
104848--104890	22	2.0	22	81	9	52	2	2	55	39	1.25
105976--106018	23	1.9	23	90	4	70	27	20	13	37	1.91
106315--106349	14	2.6	14	90	4	54	14	8	28	48	1.73
107017--107061	21	2.1	21	87	0	63	0	57	4	37	1.19
107359--107398	12	3.6	12	74	19	50	5	22	37	35	1.76
107357--107398	21	2.0	21	100	0	84	4	23	38	33	1.76
107955--108011	13	4.4	13	79	16	55	49	0	50	0	1.00
110460--110507	25	1.9	25	91	0	78	18	22	18	39	1.92
110951--111012	30	2.1	30	82	11	74	32	46	0	20	1.51
111008--111065	15	3.8	15	78	14	57	0	70	6	22	1.10
111011--111063	17	3.1	17	88	2	70	0	69	7	22	1.13
111011--111040	9	3.3	9	90	0	51	0	73	10	16	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111830--111898	9	7.7	9	87	4	95	33	0	42	24	1.55
111809--111885	18	4.3	18	85	9	95	38	0	37	23	1.55
112442--112473	13	2.5	13	95	5	57	18	28	9	43	1.81
112571--112604	17	2.0	17	88	0	50	44	11	29	14	1.81
112910--112938	10	2.9	10	100	0	58	20	48	0	31	1.50
112998--113031	14	2.4	14	90	0	50	17	67	0	14	1.23
113034--113078	20	2.2	20	92	0	72	2	53	2	42	1.25
113063--113101	12	3.2	12	89	7	53	0	64	0	35	0.94
113091--113129	17	2.4	16	83	8	51	10	69	0	20	1.17
115223--115270	21	2.3	21	85	0	69	22	6	41	29	1.78

Tables:   1   2