sallet_3.scaffold.fasta.s18.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold18
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  109335

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6669--6697	15	1.9	15	100	0	58	0	24	48	27	1.51
6643--6709	9	8.1	9	72	24	67	0	25	46	28	1.53
6643--6716	24	3.1	24	79	11	80	0	27	44	28	1.55
6660--6699	15	2.7	15	84	7	55	0	20	50	30	1.49
8401--8435	13	2.7	13	95	0	61	34	31	0	34	1.58
10161--10186	11	2.4	11	100	0	52	19	26	38	15	1.91
10200--10232	10	3.3	10	95	0	57	18	6	39	36	1.75
12006--12040	7	4.9	7	96	3	61	42	0	45	11	1.40
12408--12482	13	6.0	13	90	9	129	30	32	21	16	1.95
12547--12606	26	2.2	27	88	5	86	23	16	31	28	1.96
12563--12621	15	4.1	15	80	8	68	25	16	28	28	1.97
12674--12722	12	4.1	12	91	0	80	38	20	32	8	1.82
12718--12751	12	2.9	12	86	4	52	44	17	38	0	1.49
12670--12734	24	2.7	25	85	7	89	40	20	33	6	1.77
15058--15094	9	4.1	9	96	0	65	13	10	64	10	1.49
15106--15158	15	3.6	16	82	12	60	35	3	49	11	1.57
15543--15593	8	6.1	9	88	11	74	21	29	25	23	1.99
15543--15593	17	3.1	17	88	8	70	21	29	25	23	1.99
15644--15682	15	2.7	15	92	4	62	7	2	64	25	1.33
15958--16009	15	3.3	16	84	13	72	50	5	17	26	1.69
17919--17986	11	6.2	11	78	13	52	19	11	66	2	1.36
17932--17989	11	5.4	11	81	4	64	17	8	70	3	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18105--18139	10	3.6	10	88	7	54	2	0	65	31	1.07
18141--18183	10	4.3	10	85	8	61	20	0	48	30	1.50
18636--18678	16	2.7	16	88	0	68	2	30	18	48	1.60
19112--19172	22	2.8	22	92	0	104	39	24	21	14	1.91
19478--19564	21	4.1	20	71	12	66	10	39	11	39	1.76
19718--19843	32	4.0	31	76	6	110	35	28	11	24	1.90
19745--19854	32	3.4	32	79	2	130	37	30	8	24	1.84
19913--19962	22	2.3	21	83	6	64	30	22	10	38	1.86
19919--19962	22	2.0	22	90	0	70	25	25	11	38	1.89
20169--20213	10	4.5	10	97	0	81	6	48	2	42	1.41
20640--20674	10	3.4	10	92	4	52	14	62	22	0	1.31
20742--20786	20	2.2	20	96	0	81	22	46	17	13	1.83
20788--20855	7	9.7	7	80	0	55	10	51	26	11	1.70
20917--20961	13	3.5	13	84	0	63	33	42	24	0	1.55
21116--21182	16	4.1	17	92	7	120	22	41	17	17	1.90
21116--21182	33	2.0	33	94	5	118	22	41	17	17	1.90
21180--21228	17	2.9	18	90	6	68	18	48	18	14	1.80
22187--22221	9	3.9	9	100	0	70	22	45	31	0	1.53
22316--22380	21	3.2	21	80	8	64	18	58	13	9	1.61
22344--22380	18	2.1	18	100	0	74	16	62	10	10	1.55
22865--22910	12	3.8	12	91	0	74	8	28	43	19	1.80
23088--23125	15	2.5	15	86	0	58	31	34	15	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24735--24765	10	3.0	10	95	4	53	19	0	61	19	1.35
32028--32167	14	10.1	14	85	6	171	52	45	1	0	1.14
32031--32163	20	6.6	20	82	7	162	51	45	1	0	1.15
32048--32166	40	3.0	40	97	0	220	49	47	1	0	1.17
32028--32163	6	21.0	6	79	14	110	52	45	1	0	1.15
32974--33016	16	2.7	16	89	7	61	6	4	48	39	1.51
33301--33443	47	3.0	48	84	4	193	30	28	9	30	1.89
33731--33757	9	3.0	9	100	0	54	0	33	33	33	1.58
34004--34028	12	2.1	12	100	0	50	0	28	32	40	1.57
34693--34786	18	4.7	19	75	14	75	5	34	31	28	1.80
34712--34750	12	3.2	12	100	0	78	0	33	33	33	1.58
34674--34793	63	1.9	63	92	0	204	5	35	31	26	1.80
34787--34819	9	3.7	9	91	0	57	0	42	42	15	1.46
36406--36470	9	7.3	9	79	10	64	1	46	0	52	1.10
36400--36473	33	2.1	37	87	9	111	1	48	1	48	1.18
36412--36471	8	7.0	8	81	11	66	1	48	0	50	1.11
36554--36634	33	2.5	31	78	7	90	51	40	3	3	1.37
39018--39048	12	2.6	12	94	0	53	9	12	38	38	1.77
39820--39879	11	5.4	11	81	2	75	16	60	5	18	1.54
39821--39892	11	6.7	11	76	6	67	16	56	4	22	1.57
40219--40248	14	2.1	14	100	0	60	20	60	20	0	1.37
41387--41417	15	2.1	15	100	0	62	25	48	19	6	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43952--43976	8	3.1	8	100	0	50	36	24	24	16	1.94
51499--51569	11	6.3	11	80	11	81	69	9	12	8	1.38
51499--51569	23	3.1	23	82	6	74	69	9	12	8	1.38
51577--51606	11	2.7	11	94	0	51	43	56	0	0	0.99
51649--51703	21	2.5	22	91	5	94	10	61	9	18	1.54
51649--51703	11	5.1	11	93	4	94	10	61	9	18	1.54
52622--52681	24	2.4	26	76	18	65	8	61	26	3	1.40
56215--56254	21	1.9	21	84	0	53	27	35	5	32	1.79
57031--57071	11	3.7	11	90	0	55	14	29	43	12	1.82
64181--64211	16	1.9	16	100	0	62	19	12	48	19	1.81
64381--64421	10	4.1	10	100	0	82	9	9	60	19	1.55
65030--65077	17	2.8	18	84	12	66	29	18	41	10	1.84
68336--68370	18	1.9	18	94	0	61	25	20	20	34	1.96
68723--68857	52	2.8	49	82	10	161	43	15	21	19	1.87
68821--68981	41	3.9	41	77	6	137	42	16	19	21	1.89
69841--69875	16	2.2	16	90	10	54	17	17	45	20	1.85
70145--70174	13	2.3	13	100	0	60	30	63	0	6	1.20
72220--72278	12	4.9	12	93	0	73	37	1	52	8	1.42
72228--72278	24	2.1	24	92	0	84	37	0	54	7	1.29
76451--76504	21	2.6	21	90	0	81	5	27	40	25	1.78
78201--78233	9	3.7	9	91	0	57	30	9	24	36	1.86
78357--78395	12	3.2	12	85	0	51	38	33	12	15	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83973--83999	12	2.2	12	100	0	54	22	7	51	18	1.70
88158--88205	10	4.8	10	81	0	60	6	12	39	41	1.68
88171--88212	20	2.1	20	86	0	57	7	14	38	40	1.73
91821--91899	33	2.4	33	84	0	113	20	34	31	13	1.92
91946--92189	39	6.3	39	84	0	317	23	29	37	10	1.88
91946--92173	78	2.9	78	96	0	420	22	29	36	10	1.88
92206--92257	21	2.5	21	70	0	59	7	34	23	34	1.83
104859--104899	18	2.3	18	91	0	64	60	39	0	0	0.96
104868--105059	14	13.8	14	96	2	352	51	48	0	0	1.00

Tables:   1

The End!