sallet_3.scaffold.fasta.s110.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold41
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  943458

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2325--2373	13	3.9	12	87	10	71	34	18	36	10	1.85
2325--2373	26	1.9	25	91	4	80	34	18	36	10	1.85
6342--6383	15	2.8	15	100	0	84	26	11	47	14	1.78
6376--6420	18	2.5	17	82	10	54	33	13	35	17	1.89
6659--6702	21	2.1	21	87	8	63	20	18	38	22	1.93
22426--22501	24	3.2	23	79	3	89	26	23	31	18	1.97
23312--23337	4	6.5	4	100	0	52	46	0	53	0	1.00
23367--23397	14	2.2	14	100	0	62	25	0	61	12	1.32
23432--23476	14	3.3	14	87	9	58	6	0	55	37	1.26
23964--23993	13	2.3	13	100	0	60	36	43	20	0	1.52
24066--24142	18	4.3	18	94	0	127	28	41	5	24	1.76
24252--24291	19	2.1	19	90	0	62	27	57	2	12	1.48
24348--24396	10	4.7	10	82	7	62	32	63	2	2	1.17
24566--24597	11	2.9	11	95	0	55	28	59	0	12	1.34
28342--28425	42	2.0	42	84	9	109	44	11	29	14	1.81
29090--29136	16	3.0	16	90	3	78	19	46	6	27	1.74
29160--29215	23	2.5	22	72	18	60	39	55	0	5	1.23
29178--29211	7	4.9	7	100	0	68	44	55	0	0	0.99
29171--29210	14	2.7	15	88	11	64	42	57	0	0	0.98
29843--29885	10	4.6	9	85	8	59	23	2	44	30	1.66
29843--29885	19	2.3	19	88	8	61	23	2	44	30	1.66
29899--30000	10	10.0	10	75	16	86	28	1	40	29	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29899--30000	41	2.5	41	85	4	134	28	1	40	29	1.67
29940--30011	32	2.2	32	90	0	108	27	2	38	30	1.71
29949--29993	22	2.0	23	91	4	74	26	4	40	28	1.75
29856--30007	73	2.1	75	88	2	227	28	2	40	28	1.70
31018--31050	10	3.4	10	83	8	50	3	18	45	33	1.65
33692--33748	27	2.1	27	86	0	78	7	15	52	24	1.67
35760--35804	16	2.9	16	86	3	65	4	53	2	40	1.33
36382--36412	12	2.6	12	94	0	53	51	19	25	3	1.62
37356--37396	15	2.8	15	85	3	57	17	41	0	41	1.49
38307--38345	12	3.2	12	100	0	78	0	51	23	25	1.49
38314--38354	15	3.0	14	86	10	50	2	53	19	24	1.57
42428--42470	18	2.4	18	84	7	61	46	30	23	0	1.52
43700--43865	22	7.7	22	74	9	137	19	21	19	39	1.93
43700--43865	44	3.9	42	80	8	165	19	21	19	39	1.93
43734--43851	63	1.9	62	89	1	182	21	22	18	38	1.94
43677--43891	22	10.4	20	71	16	113	19	20	21	38	1.93
44964--45005	18	2.3	18	87	0	57	16	45	7	30	1.74
46178--46253	16	4.9	16	85	7	86	31	7	43	17	1.77
46193--46252	30	1.9	31	90	6	95	35	8	41	15	1.77
46195--46272	26	2.7	29	78	11	81	33	5	43	17	1.72
49421--49472	19	2.7	19	93	0	95	5	32	25	36	1.80
50920--50968	7	6.9	7	92	2	62	0	36	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50920--50968	14	3.4	14	88	2	71	0	36	0	63	0.95
67710--67887	15	12.2	15	83	10	219	40	22	24	12	1.88
67750--67831	9	10.1	9	66	26	58	37	25	25	10	1.89
67722--67798	37	2.0	38	92	5	129	38	23	25	11	1.89
67743--67822	24	3.1	24	80	19	106	40	22	26	11	1.87
67710--67876	63	2.6	63	94	3	280	40	22	25	11	1.88
70260--70286	13	2.1	13	100	0	54	48	14	7	29	1.71
72832--72915	6	14.0	6	66	0	51	28	32	20	19	1.96
72836--72879	12	3.7	12	96	0	79	25	36	15	22	1.94
72833--72936	24	4.3	24	73	6	86	28	30	22	18	1.97
72849--72936	30	2.9	30	75	6	88	28	30	22	18	1.97
73008--73058	16	3.2	16	85	0	66	37	19	23	19	1.94
73035--73068	16	2.1	16	100	0	68	35	23	26	14	1.94
74669--74695	12	2.2	12	100	0	54	25	25	48	0	1.52
76255--76408	14	11.1	14	85	2	168	24	11	48	16	1.79
76552--76577	9	2.9	9	100	0	52	30	34	34	0	1.58
77867--77903	17	2.2	17	95	0	65	18	45	0	35	1.50
84103--84133	12	2.6	12	94	0	53	29	9	61	0	1.28
85200--85225	9	2.9	9	100	0	52	23	34	42	0	1.54
86059--86108	11	4.6	11	85	5	57	46	28	0	26	1.53
86055--86104	21	2.3	21	89	3	73	46	26	0	28	1.53
86129--86155	14	1.9	14	100	0	54	7	22	22	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86303--86336	12	2.6	13	86	13	52	8	47	23	20	1.78
87035--87078	8	5.9	8	89	7	58	6	0	56	36	1.26
88533--88626	14	6.8	14	78	10	95	26	26	21	25	1.99
88556--88624	26	2.6	26	86	4	84	26	27	20	26	1.99
89372--89432	3	19.3	3	77	15	61	0	60	0	39	0.97
89373--89431	16	3.5	17	84	13	77	0	59	0	40	0.97
89617--89740	51	2.5	48	78	7	149	25	38	20	15	1.91
89997--90025	12	2.4	12	100	0	58	17	41	41	0	1.49
90062--90086	12	2.1	12	100	0	50	32	60	8	0	1.26
90047--90088	21	2.0	21	90	0	66	38	54	7	0	1.28
91196--91251	24	2.4	24	90	3	87	3	3	50	42	1.37
97839--97867	14	2.1	14	100	0	58	24	27	41	6	1.80
98279--98313	9	3.9	9	100	0	70	42	45	0	11	1.40
98278--98319	18	2.6	15	82	17	57	40	47	0	11	1.40
101376--101428	19	2.8	18	82	2	61	30	26	13	30	1.94
101896--101944	10	5.0	10	82	5	64	30	24	36	8	1.85
101895--101945	19	2.6	20	81	6	68	29	27	35	7	1.85
102993--103079	14	6.4	14	86	6	108	32	13	43	10	1.78
103012--103079	26	2.5	26	90	4	100	33	14	41	10	1.80
103007--103082	40	1.9	40	91	0	125	34	14	40	10	1.80
103007--103082	26	2.8	26	84	11	84	34	14	40	10	1.80
103203--103257	20	2.8	20	88	5	85	34	0	45	20	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103538--103579	13	3.2	13	93	0	75	42	0	45	11	1.41
104517--104563	12	3.8	12	88	2	67	4	55	8	31	1.49
104531--104576	13	3.6	13	91	2	67	10	56	8	23	1.61
105312--105350	3	13.0	3	83	0	51	0	35	61	2	1.10
105319--105354	18	2.1	18	89	5	56	0	41	55	2	1.14
105404--105433	15	2.0	15	100	0	60	6	46	46	0	1.29
105405--105441	15	2.5	15	90	0	56	8	45	45	0	1.32
105665--105700	17	2.1	17	94	0	63	5	13	36	44	1.68
105722--105777	17	3.3	16	82	9	67	12	8	30	48	1.72
106069--106138	13	5.5	13	86	3	97	27	44	10	18	1.81
106069--106138	25	2.7	26	91	4	115	27	44	10	18	1.81
106188--106216	10	2.9	10	100	0	58	20	10	37	31	1.86
106216--106257	14	3.0	14	85	0	57	35	23	16	23	1.95
107359--107383	13	1.9	13	100	0	50	44	32	24	0	1.54
107505--107557	19	2.8	19	82	2	72	15	26	41	16	1.88
108533--108596	16	4.1	16	83	2	76	29	29	25	15	1.96
108968--109004	18	2.1	18	94	0	65	18	59	5	16	1.55
109852--109929	13	6.0	13	83	0	102	39	24	10	25	1.87
109852--109929	39	2.0	39	87	5	113	39	24	10	25	1.87
110055--110127	19	3.9	19	85	5	87	27	45	2	24	1.67
110055--110127	38	1.9	37	86	8	103	27	45	2	24	1.67
110234--110267	16	2.1	17	94	5	61	35	29	17	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111408--111452	19	2.4	19	88	7	65	26	11	42	20	1.85
112070--112095	12	2.2	12	100	0	52	15	61	7	15	1.55
112067--112120	11	4.6	12	86	9	60	16	61	7	14	1.55
113921--113957	16	2.3	16	90	0	56	16	43	18	21	1.88
121787--121857	18	4.2	17	77	13	58	22	49	0	28	1.50
121804--121866	17	3.8	16	83	8	72	20	50	1	26	1.57
123748--123797	10	5.0	10	87	0	73	10	0	68	22	1.19
123748--123792	5	9.0	5	80	0	54	6	0	71	22	1.09
123891--123934	20	2.2	20	80	4	54	50	0	45	4	1.22
124278--124315	18	2.1	18	95	0	67	31	5	34	28	1.80

Tables:   1   2   3   4   5