sallet_2.scaffold.fasta.s84.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold54
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  431282

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 205 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70174--70224	24	2.1	24	85	0	66	54	9	35	0	1.33
70363--70407	18	2.5	18	88	0	63	40	22	37	0	1.54
85924--85954	10	2.9	11	95	4	55	0	12	19	67	1.22
91113--91190	19	4.1	19	94	0	138	11	17	46	24	1.82
101921--101950	15	2.0	15	93	0	51	23	26	16	33	1.96
142909--143016	17	6.4	17	89	2	164	13	46	11	28	1.78
143796--143858	14	4.8	13	81	16	69	31	14	49	4	1.64
143853--143900	17	2.8	17	93	0	78	31	14	45	8	1.74
146721--146783	33	1.9	33	90	0	99	9	34	34	20	1.85
146722--146796	33	2.4	31	82	10	82	9	32	37	21	1.85
148149--148198	12	3.8	13	85	15	68	6	26	30	38	1.80
148149--148197	27	1.9	24	88	12	71	4	26	30	38	1.75
148149--148206	12	4.3	14	81	14	61	5	24	32	37	1.77
148336--148393	18	3.2	18	92	0	98	10	44	15	29	1.79
151175--151204	9	3.3	9	100	0	60	13	10	53	23	1.69
152400--152463	12	5.3	12	88	0	101	29	34	29	6	1.82
156917--157071	51	3.0	52	74	6	152	21	37	21	19	1.94
157024--157215	60	3.2	60	78	3	181	19	38	21	20	1.94
157052--157365	60	5.2	60	74	3	204	17	37	24	20	1.93
157211--157425	60	3.6	59	75	2	196	16	39	26	17	1.91
157169--157465	120	2.5	119	85	2	362	17	38	25	19	1.93
157169--157517	120	2.9	118	82	4	360	17	38	25	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157514--157586	21	3.2	21	64	32	51	23	42	28	5	1.76
157508--157682	27	7.1	27	71	21	136	21	43	30	4	1.73
157508--157714	48	4.4	48	90	5	327	22	43	29	4	1.72
157647--157676	15	2.0	15	93	0	51	20	50	30	0	1.49
157535--157743	21	9.4	21	73	12	150	23	42	29	4	1.73
158274--158305	16	2.0	16	100	0	64	31	12	18	37	1.88
166497--166571	30	2.5	30	97	0	141	14	22	42	20	1.88
171105--171179	6	12.5	6	82	0	96	50	6	42	0	1.28
171109--171183	12	6.2	12	98	0	141	52	8	40	0	1.31
176149--176181	12	2.8	12	95	0	57	0	30	42	27	1.56
227409--227437	13	2.2	13	100	0	58	31	0	51	17	1.45
236605--236636	12	2.7	12	95	0	55	0	12	53	34	1.39
243731--243800	17	4.1	17	100	0	140	45	24	0	30	1.53
245055--245098	21	2.1	21	83	8	54	22	43	27	6	1.78
245639--245673	14	2.5	14	100	0	70	5	20	68	5	1.31
246173--246216	13	3.5	13	84	6	63	27	50	6	15	1.70
246190--246223	12	2.8	12	90	0	50	26	52	5	14	1.64
246259--246288	12	2.6	12	94	5	53	10	43	0	46	1.37
246864--246889	9	2.9	9	100	0	52	11	46	19	23	1.82
246851--246907	21	2.7	21	77	0	60	8	49	15	26	1.74
246878--246904	12	2.2	12	100	0	54	7	51	14	25	1.68
246887--246935	15	3.5	15	72	16	59	6	55	12	26	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246899--246946	12	3.8	12	74	15	51	6	56	10	27	1.57
246899--246949	15	3.6	15	74	15	63	5	56	9	27	1.54
246887--246967	27	3.0	27	94	0	135	7	51	13	27	1.67
247230--247286	30	1.9	30	85	7	80	3	42	31	22	1.71
247230--247286	15	3.8	15	76	4	53	3	42	31	22	1.71
247358--247398	9	4.6	9	100	0	82	9	43	34	12	1.75
247403--247449	24	2.0	24	86	0	67	14	42	21	21	1.88
247433--247471	12	3.2	12	85	0	51	12	41	23	23	1.88
248316--248484	30	5.4	30	79	10	171	17	19	41	21	1.90
248316--248484	63	2.7	64	83	11	208	17	19	41	21	1.90
248340--248509	33	5.3	33	79	7	129	18	18	39	23	1.92
250905--250965	14	4.5	14	89	8	99	22	6	37	32	1.80
262066--262118	26	2.0	26	85	0	70	11	7	43	37	1.69
262285--262324	21	1.9	21	94	0	71	27	27	20	25	1.99
262322--262358	19	2.0	19	94	5	67	27	37	24	10	1.88
268223--268283	16	3.8	16	97	0	113	49	32	0	18	1.48
268381--268413	11	3.0	11	100	0	66	18	63	0	18	1.31
268381--268413	6	5.8	6	86	13	52	18	63	0	18	1.31
273014--273057	21	2.1	21	82	0	52	22	6	43	27	1.78
273323--273432	39	2.8	39	87	2	159	29	18	29	23	1.98
273424--273460	14	2.6	14	91	0	56	16	29	27	27	1.97
273530--273564	13	2.7	13	90	0	61	11	2	71	14	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273580--273632	21	2.6	21	84	3	81	58	5	28	7	1.48
273890--273927	11	3.5	11	96	0	67	5	28	36	28	1.79
273911--273947	19	1.9	19	88	0	56	8	32	32	27	1.86
277479--277589	16	7.1	16	85	4	136	27	25	22	25	2.00
277479--277589	48	2.4	46	86	3	159	27	25	22	25	2.00
279123--279179	13	4.7	12	82	10	71	21	40	0	38	1.53
279123--279179	23	2.3	23	85	8	69	21	40	0	38	1.53
279256--279305	12	4.2	12	82	10	66	46	44	0	10	1.37
279256--279322	24	2.8	24	84	10	77	47	43	0	8	1.34
279290--279346	8	7.1	8	79	15	55	43	50	0	5	1.24
279313--279368	25	2.1	27	87	9	80	39	53	1	5	1.34
279313--279350	13	3.0	13	84	3	51	39	57	0	2	1.12
281726--281805	14	5.7	14	81	0	106	33	7	38	20	1.80
281726--281799	28	2.6	28	100	0	148	35	6	40	17	1.76
282120--282184	32	2.1	32	88	2	96	38	24	24	12	1.90
283818--283921	30	3.5	30	86	0	136	30	46	19	3	1.68
283899--283994	21	4.6	21	77	0	93	35	37	18	8	1.81
294121--294176	16	3.5	16	83	9	62	14	53	0	32	1.41
295279--295327	10	4.7	10	84	5	62	16	2	51	30	1.56
296077--296114	12	3.2	12	92	0	58	28	34	36	0	1.58
296166--296195	6	5.0	6	95	0	51	20	46	33	0	1.51
296486--296534	21	2.3	21	89	0	71	30	30	38	0	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
296794--296825	9	3.6	9	100	0	64	18	12	46	21	1.82
296770--296831	18	3.4	18	81	0	70	19	17	45	17	1.86
296893--296960	18	3.8	18	92	0	118	36	17	32	13	1.89
296893--296959	9	7.4	9	73	6	64	37	16	32	13	1.88
296893--296963	36	2.0	36	97	0	133	36	16	32	14	1.89
297075--297131	30	1.9	30	92	0	96	29	21	36	12	1.90
297180--297222	18	2.4	18	96	0	77	34	6	34	23	1.82
297180--297229	18	2.8	17	87	6	64	34	10	36	20	1.86
297470--297593	18	7.1	18	73	5	83	32	20	38	8	1.83
297735--297810	21	3.6	21	96	0	134	31	47	10	10	1.72
299614--299684	9	7.9	9	95	0	115	49	16	22	11	1.78
311869--311903	16	2.2	16	100	0	70	25	17	40	17	1.90
318748--318790	17	2.5	17	88	3	59	23	9	39	27	1.85
318782--318819	17	2.2	17	100	0	76	23	10	28	36	1.88
318782--318826	17	2.6	17	92	0	63	22	13	24	40	1.90
320607--320651	22	2.0	22	91	0	72	51	11	33	4	1.58
323438--323526	33	2.7	32	82	3	115	0	29	15	55	1.41
323419--323526	16	6.6	16	77	4	99	0	27	15	55	1.47
326361--326389	12	2.4	12	100	0	58	27	10	34	27	1.89
326443--326467	12	2.1	12	100	0	50	40	32	8	20	1.81
326839--326881	18	2.4	18	88	0	59	41	20	16	20	1.90
326904--326948	16	2.8	16	100	0	90	24	33	20	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
327486--327525	12	3.3	12	92	0	62	20	37	25	17	1.94
327565--327660	36	2.7	35	79	12	97	20	30	19	29	1.97
327602--327662	18	3.4	18	97	0	113	19	27	22	29	1.98
328135--328160	3	8.7	3	100	0	52	0	34	34	30	1.58
329017--329090	22	3.5	22	88	7	125	41	18	21	17	1.90
330320--330348	11	2.6	11	100	0	58	17	34	27	20	1.95
330427--330451	12	2.1	12	100	0	50	24	0	52	24	1.48
330678--330720	21	2.1	20	87	12	61	18	0	62	18	1.32
330682--330735	15	3.7	15	78	12	58	18	0	62	18	1.32
331258--331313	21	2.8	19	76	7	58	16	60	3	19	1.49

Tables:   1   2