sallet_2.scaffold.fasta.s83.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold94
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  232530

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 259 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4037--4246	11	18.6	11	85	4	215	33	24	23	18	1.96
4240--4422	61	3.0	61	93	0	294	18	38	22	20	1.94
5387--5432	9	5.1	9	89	0	74	13	47	19	19	1.81
6316--6374	6	9.8	6	77	0	55	5	22	54	18	1.63
6316--6374	12	4.9	12	89	8	84	5	22	54	18	1.63
6583--6634	18	2.8	18	81	18	54	38	0	59	1	1.08
7534--7585	21	2.5	22	81	9	63	46	19	28	5	1.73
7534--7585	10	4.9	11	81	9	63	46	19	28	5	1.73
8052--8076	12	2.1	12	100	0	50	0	40	0	60	0.97
8052--8106	11	4.9	11	72	18	51	3	41	0	54	1.18
9106--9140	15	2.3	15	100	0	70	8	71	20	0	1.11
9613--9662	15	3.1	15	75	25	57	14	58	26	2	1.47
10733--10786	13	4.2	13	97	0	99	9	7	35	48	1.63
10724--10799	26	2.8	26	88	4	107	9	6	36	47	1.62
12238--12267	12	2.5	12	94	0	51	56	30	10	3	1.48
12456--12490	13	2.7	13	95	0	61	22	40	8	28	1.84
12438--12538	16	6.5	16	79	19	92	18	38	6	35	1.78
12438--12538	33	3.3	31	75	23	97	18	38	6	35	1.78
12575--12644	21	3.3	21	95	0	122	34	18	14	32	1.91
14133--14157	9	2.8	9	100	0	50	32	8	60	0	1.26
14160--14195	12	3.0	12	83	0	54	22	38	27	11	1.88
14899--14939	8	4.7	9	85	11	50	31	24	7	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15832--15867	11	3.2	11	96	4	63	16	16	33	33	1.92
16352--16387	10	3.6	10	96	0	63	22	66	0	11	1.22
16928--16985	9	6.4	9	89	0	89	32	29	22	15	1.95
16923--17034	30	3.8	31	84	10	137	33	30	20	16	1.94
17213--17258	12	3.8	12	100	0	92	8	26	17	47	1.76
23011--23051	16	2.6	16	81	14	57	9	43	19	26	1.82
24268--24379	21	5.4	21	76	6	120	45	1	35	16	1.59
24274--24405	62	2.1	61	91	1	210	40	2	37	18	1.64
24495--24539	15	3.0	15	90	0	72	33	35	17	13	1.89
32923--32952	12	2.5	12	100	0	60	33	40	16	10	1.82
33104--33147	18	2.4	18	84	0	61	40	36	2	20	1.65
36333--36434	51	2.0	49	88	7	152	39	4	42	13	1.66
37403--37437	18	1.9	18	88	0	52	34	17	17	31	1.93
42533--42620	31	2.8	31	91	1	140	22	25	18	34	1.96
44223--44267	12	3.8	12	87	0	63	4	28	37	28	1.77
44906--44937	9	3.6	9	95	0	55	9	21	50	18	1.75
46495--46530	8	4.8	8	86	13	58	22	63	0	13	1.29
46500--46528	14	2.1	14	100	0	58	20	65	0	13	1.26
47441--47465	12	2.1	12	100	0	50	16	0	56	28	1.41
47451--47482	9	3.6	9	100	0	64	18	0	59	21	1.38
47729--47760	15	2.2	15	94	5	57	12	25	40	21	1.88
49760--49791	12	2.7	12	90	0	55	43	12	25	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51637--51740	42	2.5	44	80	13	121	18	11	40	29	1.86
51676--51774	21	4.7	21	69	12	78	19	15	39	26	1.91
51662--51774	42	2.7	41	86	5	138	18	14	41	25	1.88
51716--51774	21	2.8	20	89	5	91	20	15	40	23	1.90
51888--51965	21	3.7	21	83	10	88	17	38	10	33	1.84
52791--52820	15	2.0	15	93	0	51	36	0	63	0	0.95
53280--53308	15	1.9	15	100	0	58	27	0	72	0	0.85
53334--53369	12	3.0	12	100	0	72	16	58	0	25	1.38
53334--53384	24	2.1	24	82	7	59	19	60	0	19	1.36
56333--56359	14	1.9	14	100	0	54	22	25	37	14	1.93
56698--56741	18	2.6	17	86	13	65	31	20	38	9	1.84
56707--56752	18	2.6	18	92	0	74	36	23	30	8	1.85
57806--57849	11	4.0	11	87	0	70	27	27	18	27	1.98
58213--58265	11	4.6	12	92	4	83	37	39	0	22	1.54
58579--58618	12	3.4	12	86	6	64	22	37	0	40	1.54
58582--58615	11	2.9	12	86	8	52	26	38	0	35	1.57
58610--58825	19	11.6	19	94	3	368	16	37	0	44	1.52
58610--58825	56	3.9	56	93	2	371	16	37	0	44	1.52
58610--58825	74	2.9	75	94	2	373	16	37	0	44	1.52
59663--59695	12	2.6	13	95	4	59	33	0	51	15	1.43
59809--59842	10	3.3	10	91	4	50	5	8	52	32	1.56
60228--60295	10	6.8	10	77	0	64	45	25	20	8	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60590--60620	12	2.6	12	100	0	62	25	16	25	32	1.96
60964--61008	12	3.8	12	87	0	72	22	11	66	0	1.22
61111--61168	27	2.1	27	90	0	89	17	6	50	25	1.71
61114--61171	12	4.5	12	77	14	62	15	6	51	25	1.68
61111--61159	15	3.5	15	86	13	77	16	6	51	26	1.68
61197--61252	15	4.1	13	72	19	51	16	8	46	28	1.77
61196--61251	27	2.1	27	83	6	69	14	8	46	30	1.75
61224--61286	15	4.2	15	87	0	72	20	12	36	30	1.90
61953--61988	6	5.8	6	93	6	63	0	0	63	36	0.94
61953--61998	18	2.5	19	85	7	67	2	0	60	36	1.09
61953--61996	12	3.6	12	90	3	52	2	0	61	36	1.09
62013--62046	14	2.3	15	90	5	52	26	5	55	11	1.58
62051--62127	18	4.4	17	80	12	84	54	1	44	0	1.08
62059--62176	12	10.2	12	83	8	140	50	0	49	0	1.06
62085--62178	7	15.1	7	68	27	70	51	1	47	0	1.07
62902--63040	8	17.6	8	68	5	59	35	37	2	25	1.68
62898--63063	16	10.5	16	76	7	142	34	37	1	25	1.67
62901--63005	24	4.5	23	68	12	79	34	39	1	24	1.67
63178--63236	8	7.4	8	78	0	64	32	50	0	16	1.46
63182--63236	16	3.4	16	100	0	110	32	49	0	18	1.48
65706--65771	34	1.9	35	84	9	91	50	0	48	1	1.10
66795--66845	15	3.4	16	89	5	72	15	47	5	31	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66901--66943	14	3.2	14	93	6	72	16	51	0	32	1.45
66906--66945	12	3.2	12	92	7	62	15	55	0	30	1.41
67901--67996	20	4.8	20	87	5	122	39	9	38	12	1.75
67894--67996	40	2.6	40	89	3	145	39	8	38	12	1.74
68714--68760	12	3.9	12	88	0	67	36	25	8	29	1.86
68835--68894	19	3.2	19	90	0	93	31	38	1	28	1.67
69074--69111	9	4.2	9	93	0	58	2	52	0	44	1.14
70555--70650	41	2.4	41	85	5	124	35	13	33	17	1.89
70878--70952	39	1.9	39	88	0	114	38	17	26	17	1.92
71331--71379	21	2.3	21	96	0	89	8	55	16	20	1.66
71460--71486	14	1.9	14	100	0	54	29	44	14	11	1.80
71724--71756	10	3.3	10	95	0	57	27	69	0	3	1.03
72457--72501	23	2.0	23	82	8	56	2	13	64	20	1.38
72600--72690	12	8.2	12	83	11	115	63	34	2	0	1.06
72599--72691	21	4.3	22	77	14	104	64	33	2	0	1.06
72605--72684	10	7.5	10	85	5	88	65	32	2	0	1.06
72607--72690	43	1.9	44	88	7	118	63	34	2	0	1.08
75235--75262	14	2.0	14	100	0	56	42	35	14	7	1.73
76406--76453	21	2.3	21	88	0	69	27	4	43	25	1.72
78133--78184	15	3.5	15	91	0	86	34	11	46	7	1.69
78237--78263	11	2.5	11	100	0	54	7	0	55	37	1.28
78446--78476	12	2.7	12	95	5	55	67	25	6	0	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79599--79702	28	3.8	28	83	2	111	44	16	21	18	1.87
79696--79750	19	3.0	19	86	5	78	32	9	40	18	1.82
80836--80903	15	4.5	15	87	7	102	35	20	42	1	1.61
82265--82289	11	2.3	11	100	0	50	24	44	12	20	1.85
85607--85685	12	6.2	13	79	8	74	49	7	41	1	1.39
85733--85770	18	2.1	19	85	5	51	23	31	28	15	1.96
86016--86054	14	2.8	14	92	0	60	35	38	12	12	1.82
86057--86086	9	3.3	9	95	0	51	23	46	0	30	1.52
86160--86233	25	3.0	25	94	6	132	16	47	5	31	1.69
86469--86502	15	2.2	16	89	5	52	17	67	2	11	1.34

Tables:   1   2   3