sallet_2.scaffold.fasta.s82.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold71
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  407752

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 258 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32--75	21	2.1	21	95	0	79	20	13	65	0	1.26
1--54	15	3.6	15	97	0	99	16	16	62	3	1.46
497--544	18	2.6	19	83	9	64	25	45	29	0	1.53
514--545	9	3.6	9	91	0	55	28	46	25	0	1.53
794--833	19	2.1	19	95	0	71	15	20	55	10	1.68
837--867	12	2.6	12	94	0	53	25	25	38	9	1.86
824--887	32	2.0	31	90	3	101	28	23	39	9	1.86
857--896	19	2.1	19	95	0	71	27	20	42	10	1.83
2118--2170	21	2.5	22	90	3	81	3	33	11	50	1.56
2154--2196	16	2.7	16	100	0	86	0	37	11	51	1.39
2939--2976	9	4.2	9	100	0	76	21	0	57	21	1.40
2993--3055	12	5.3	12	75	7	58	17	1	50	30	1.55
3285--3330	22	2.1	21	88	4	65	17	47	10	23	1.79
4382--4424	14	3.1	14	93	0	68	41	34	11	11	1.78
6094--6153	18	3.2	18	77	13	66	21	33	23	21	1.97
6093--6217	39	3.1	39	76	7	126	20	31	24	24	1.98
6112--6242	21	6.5	21	79	7	121	21	32	23	22	1.98
6104--6165	18	3.3	19	80	12	74	19	33	25	20	1.96
6112--6242	39	3.3	40	73	12	126	21	32	23	22	1.98
7748--7801	20	2.8	19	89	10	83	12	0	55	31	1.38
8209--8246	12	3.2	12	88	7	60	10	26	42	21	1.85
9333--9397	12	5.8	12	83	10	75	36	15	47	0	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9359--9389	10	3.1	10	90	0	53	45	9	45	0	1.36
9347--9389	20	2.0	21	91	8	70	41	11	46	0	1.40
9521--9594	8	8.6	9	78	11	75	16	0	55	28	1.41
9544--9603	18	3.4	18	86	4	95	16	0	53	30	1.44
10057--10116	27	2.2	28	90	3	95	21	13	58	6	1.58
10070--10129	27	2.4	25	81	13	77	20	8	63	8	1.48
13333--13358	13	2.0	13	100	0	52	23	23	23	30	1.99
14907--14932	11	2.4	11	100	0	52	38	0	53	7	1.30
15219--15282	12	5.1	13	86	3	87	7	37	17	37	1.79
15219--15282	25	2.5	26	85	7	87	7	37	17	37	1.79
15234--15294	25	2.4	24	83	8	68	11	37	13	37	1.80
17884--17926	20	2.2	20	86	0	59	27	34	6	30	1.83
20936--20992	8	8.0	8	73	23	56	26	24	0	49	1.51
20936--20992	15	4.0	15	86	6	66	26	24	0	49	1.51
20919--20990	35	2.1	34	89	7	110	27	22	0	50	1.50
20919--20976	20	3.2	20	72	20	63	27	20	0	51	1.47
22016--22052	16	2.3	16	95	0	65	18	40	24	16	1.90
23166--23204	16	2.3	18	86	8	55	15	0	41	43	1.46
29215--29240	11	2.4	11	100	0	52	0	0	65	34	0.93
29573--29597	12	2.1	12	100	0	50	16	44	16	24	1.86
29710--29744	14	2.5	14	100	0	70	5	37	11	45	1.64
30328--30377	12	4.2	12	100	0	100	8	16	52	24	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33280--33318	16	2.4	17	91	4	62	20	0	64	15	1.30
37184--37250	21	3.0	21	71	21	55	34	0	64	1	1.03
37190--37276	15	5.9	15	77	10	81	36	0	60	2	1.09
39471--39547	30	2.4	33	78	10	88	46	9	42	1	1.43
39493--39546	15	3.6	15	82	0	63	48	9	40	1	1.46
39453--39546	30	3.0	30	80	9	82	44	9	44	1	1.43
43162--43203	9	4.7	9	96	0	75	2	21	30	45	1.65
43198--43234	9	4.1	9	100	0	74	0	21	32	45	1.52
43171--43230	18	3.3	18	90	0	84	0	21	33	45	1.52
43158--43234	27	2.9	27	82	0	91	1	22	31	45	1.60
46220--46294	33	2.4	32	80	6	82	8	42	32	17	1.78
46930--46991	22	2.8	22	100	0	124	20	29	17	32	1.96
48236--48351	10	11.6	10	71	10	94	29	11	44	14	1.80
48236--48368	20	6.7	20	87	11	193	28	11	45	15	1.80
48242--48368	60	2.1	60	92	5	213	28	11	44	14	1.81
51658--51682	12	2.1	12	100	0	50	28	24	16	32	1.96
74988--75033	24	2.0	23	83	12	58	26	6	41	26	1.80
84612--84706	42	2.2	42	84	1	127	33	23	22	21	1.97
85362--85638	78	3.6	78	90	0	428	23	22	29	24	1.99
87611--87646	12	2.6	15	75	25	51	44	30	25	0	1.54
95036--95152	11	10.6	11	85	7	87	12	52	0	34	1.39
95022--95148	33	3.8	32	78	6	119	13	52	0	33	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115540--115625	22	3.9	22	89	7	129	23	23	9	44	1.82
115776--115861	31	2.8	31	85	1	120	27	41	2	27	1.68
117176--117200	13	1.9	13	100	0	50	48	36	0	16	1.46
119845--119888	15	2.9	15	86	0	61	18	29	40	11	1.85
120439--120469	15	2.1	15	93	0	53	38	48	0	12	1.42
120762--120801	21	2.0	20	85	5	53	50	2	25	22	1.62
121679--121753	24	3.1	24	74	11	73	0	57	12	30	1.35
121833--121858	11	2.4	11	100	0	52	26	57	15	0	1.38
123423--123461	6	6.2	6	82	11	51	20	0	48	30	1.50
123421--123460	13	3.1	13	92	0	71	17	0	50	32	1.47
123791--123833	13	3.1	14	83	12	54	9	4	48	37	1.56
124145--124192	19	2.5	19	93	0	78	27	33	25	14	1.94
124556--124593	13	3.0	13	96	3	69	28	15	39	15	1.89
125965--126007	13	3.4	12	90	6	68	20	6	55	16	1.64
126525--126577	18	3.0	18	81	13	74	1	66	5	26	1.25
136650--136680	11	2.8	11	90	0	53	29	0	41	29	1.56
137094--137135	18	2.3	18	87	0	57	19	59	9	11	1.59
141784--141826	15	2.9	15	100	0	86	0	53	11	34	1.37
141784--141841	30	1.9	30	86	6	82	5	51	12	31	1.61
142701--142746	24	1.9	24	86	0	65	54	10	34	0	1.36
151278--151338	13	4.9	13	86	11	92	24	27	29	18	1.98
158642--158674	9	3.7	9	95	0	57	12	45	12	30	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158642--158680	18	2.2	18	85	0	51	12	46	10	30	1.75
161543--161589	10	4.7	10	100	0	94	29	0	51	19	1.47
161583--161638	7	8.0	7	100	0	112	28	0	57	14	1.38
161632--161670	20	2.0	20	94	0	69	30	0	43	25	1.55
161632--161671	11	3.9	10	84	15	55	30	0	42	27	1.56
161906--161996	18	4.6	22	91	8	103	31	40	24	3	1.71
161910--161988	9	8.3	9	97	2	122	31	40	25	2	1.69
164553--164611	23	2.6	23	91	0	100	18	27	18	35	1.94
164553--164609	10	4.9	12	76	20	59	19	28	19	33	1.96
166214--166377	12	14.0	12	78	4	111	28	45	8	17	1.78
166214--166377	24	7.0	24	78	6	149	28	45	8	17	1.78
166249--166376	36	3.6	36	77	4	127	29	45	7	17	1.76
166323--166364	22	1.9	22	95	0	75	26	50	9	14	1.73
167726--167794	18	4.0	18	87	11	108	7	34	30	27	1.84
167726--167794	33	2.0	35	88	8	106	7	34	30	27	1.84
168340--168379	21	1.9	21	94	0	71	10	15	45	30	1.78
168382--168477	30	3.5	30	72	24	111	11	26	30	32	1.91
168410--168450	21	2.0	21	90	0	64	12	29	31	26	1.92
168382--168495	51	2.2	51	93	0	192	12	27	29	30	1.93
168454--168495	21	2.0	21	100	0	84	14	28	28	28	1.95
168403--168555	72	2.1	72	87	0	216	12	28	28	30	1.93
168427--168493	30	2.2	30	82	12	84	11	29	31	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168382--168514	51	2.6	51	87	0	140	12	26	30	30	1.93
168506--168570	30	2.2	30	85	0	85	16	33	23	26	1.96
170759--170821	14	4.3	15	89	4	85	25	12	31	30	1.93
170759--170821	29	2.2	29	85	5	83	25	12	31	30	1.93
173705--173751	19	2.8	16	82	17	60	12	36	21	29	1.91
173718--173762	19	2.4	19	100	0	90	8	37	22	31	1.85
174446--174485	16	2.6	16	80	4	55	22	52	5	20	1.65
175617--175671	13	4.3	13	79	4	58	18	47	1	32	1.59
175991--176084	24	4.0	24	72	18	90	7	32	44	14	1.74
175991--176081	45	2.0	45	89	4	139	7	31	45	15	1.74

Tables:   1   2   3