sallet_2.scaffold.fasta.s76.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold62
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  319057

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 112 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3111--3142	11	3.1	11	82	17	50	28	46	18	6	1.73
5626--5663	12	3.2	12	88	0	58	34	0	28	36	1.58
5894--5928	9	3.9	9	96	0	61	11	34	0	54	1.37
9095--9146	20	2.7	19	80	16	63	13	3	48	34	1.61
9217--9296	19	4.2	19	79	4	81	16	11	41	31	1.83
10073--10117	11	4.1	11	91	0	72	0	35	2	62	1.08
13321--13358	20	1.9	20	88	0	58	23	23	36	15	1.94
13562--13618	24	2.4	24	97	2	107	26	31	21	21	1.98
15414--15459	23	2.0	23	86	0	65	8	19	21	50	1.75
17330--17376	12	3.9	12	88	0	76	19	55	14	10	1.68
18011--18056	14	3.2	14	84	3	56	15	30	10	43	1.81
18787--18853	10	6.2	10	78	13	62	31	44	19	4	1.70
18775--18849	20	3.3	23	76	16	77	33	42	18	5	1.73
18888--18965	19	4.1	19	78	6	68	33	2	43	20	1.65
18976--19001	9	2.9	9	100	0	52	11	0	53	34	1.37
19029--19085	15	3.6	15	75	13	60	12	1	49	36	1.51
19046--19080	9	3.9	9	88	0	52	11	2	51	34	1.53
19335--19394	30	2.0	30	100	0	120	23	10	23	43	1.83
22961--23112	41	3.8	41	82	5	184	26	25	24	23	2.00
23166--23246	40	2.0	40	85	2	110	19	35	6	38	1.77
24022--24046	13	1.9	13	100	0	50	8	32	16	44	1.76
24018--24106	16	5.8	16	80	7	112	11	29	20	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24951--25029	40	2.0	40	100	0	158	34	30	7	27	1.85
27235--27437	32	6.1	33	77	12	211	34	30	3	31	1.74
27241--27422	66	2.8	66	85	7	237	36	30	3	29	1.74
27235--27391	34	4.9	30	81	10	138	36	30	3	29	1.73
31753--31947	31	6.5	31	81	5	152	26	27	23	22	2.00
31845--31947	30	3.5	30	84	6	129	26	28	21	24	1.99
31925--31974	26	1.9	26	87	0	73	18	30	26	26	1.98
34236--34319	19	4.4	19	80	7	98	11	33	2	52	1.51
34236--34337	38	2.6	38	78	9	98	12	33	1	51	1.51
34244--34339	19	4.8	22	76	18	68	12	33	2	52	1.51
34520--34550	15	2.1	15	100	0	62	29	12	6	51	1.65
34551--34601	22	2.3	23	80	10	61	9	31	1	56	1.43
37043--37103	8	7.9	8	72	5	54	36	3	22	37	1.71
37498--37555	17	3.4	17	97	2	107	13	51	5	29	1.63
37498--37563	34	1.9	35	90	9	109	13	48	7	30	1.70
38752--38841	33	2.7	33	87	0	108	23	24	27	24	2.00
38785--38857	15	4.7	15	77	9	83	26	24	23	26	2.00
38773--38823	15	3.0	18	72	16	63	27	25	23	23	2.00
40552--40597	13	3.6	13	88	2	67	2	4	65	28	1.23
40537--40568	10	3.2	10	100	0	64	0	9	62	28	1.26
40612--40640	11	2.6	11	100	0	58	6	17	20	55	1.65
41369--41437	23	2.9	24	81	12	81	40	26	15	17	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49245--49274	12	2.5	12	94	0	51	16	46	36	0	1.47
50314--50391	21	3.9	21	75	10	81	11	29	26	32	1.91
52302--52427	18	7.0	18	91	0	198	16	36	26	19	1.93
54420--54470	11	4.6	11	100	0	102	37	45	7	9	1.67
54642--54704	11	5.7	11	92	0	81	42	36	4	15	1.69
54785--54831	20	2.4	20	96	3	87	0	34	0	65	0.93
56759--56805	9	5.1	9	82	12	51	27	0	61	10	1.29
56759--56796	17	2.2	18	90	4	60	31	0	57	10	1.32
57217--57252	11	3.4	11	88	7	56	33	25	19	22	1.97
57742--57774	15	2.4	14	85	14	50	24	33	12	30	1.91
57746--57775	15	2.0	15	100	0	60	26	33	13	26	1.93
59277--59313	12	3.1	12	100	0	74	24	43	8	24	1.81
59404--59441	13	2.9	13	96	0	67	39	57	0	2	1.12
59521--59575	22	2.5	21	85	11	67	9	49	0	41	1.34
59521--59560	11	3.5	11	89	3	62	10	47	0	42	1.37
64377--64421	14	3.2	14	83	0	54	26	28	15	28	1.96
72057--72104	9	5.8	9	72	18	50	0	14	47	37	1.44
72061--72104	16	2.8	16	100	0	88	0	13	50	36	1.42
74842--74905	18	3.6	18	72	18	62	10	25	26	37	1.89
74848--74912	34	2.0	32	90	6	103	12	23	29	35	1.91
84572--84633	21	3.0	21	88	6	92	41	0	37	20	1.53
84573--84641	21	3.3	19	80	13	66	44	1	34	18	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88154--88196	12	3.6	12	83	0	59	55	2	27	13	1.51
92955--93082	9	14.4	9	85	3	170	51	25	0	23	1.48
92949--93082	44	3.0	44	84	2	171	50	25	0	23	1.54
92955--93082	53	2.4	53	86	2	186	51	25	0	23	1.48
93076--93136	8	7.2	8	83	10	50	32	34	0	32	1.58
93099--93152	8	6.8	8	93	0	81	29	42	0	27	1.56
93091--93152	16	3.9	16	85	8	81	30	40	0	29	1.57
93147--93178	16	2.0	16	100	0	64	12	31	12	43	1.80
96181--96225	16	2.8	16	89	0	63	42	40	2	15	1.59
96324--96384	8	7.9	8	85	14	58	34	47	0	18	1.49
96321--96378	14	4.5	14	71	18	54	34	48	0	17	1.47
96341--96384	22	2.0	22	90	0	70	34	45	0	20	1.51
96436--96478	15	2.9	15	89	0	59	34	30	0	34	1.58
96482--96542	16	3.6	16	83	12	68	40	45	0	13	1.43
96486--96554	19	3.7	19	79	13	63	40	47	0	11	1.40
96484--96553	35	2.0	36	85	2	97	41	45	0	12	1.42
100226--100273	11	4.5	11	89	5	62	33	31	27	8	1.86
103589--103648	20	3.0	20	95	0	111	35	21	15	28	1.93
107321--107407	14	6.2	14	100	0	174	36	0	42	20	1.53
109797--109836	20	2.0	20	85	0	53	17	15	27	40	1.89
109947--109985	20	2.0	20	85	10	53	43	56	0	0	0.99
112158--112417	130	2.0	130	100	0	520	25	28	30	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114869--114958	11	8.5	11	73	10	80	20	37	10	32	1.85
114859--114955	20	4.8	20	81	5	113	19	39	10	30	1.85
120496--120611	26	4.2	28	89	9	186	50	50	0	0	1.00
120489--120611	40	3.0	40	96	1	219	51	48	0	0	1.00
120460--120606	6	24.0	6	82	16	142	51	46	2	0	1.15
163726--163858	59	2.3	59	89	2	196	33	9	26	30	1.89
164349--164377	14	2.0	15	93	6	51	37	27	34	0	1.57
170052--170081	9	3.3	9	95	0	51	13	56	20	10	1.65
187918--188277	60	6.0	60	97	0	639	15	21	35	26	1.94
188492--188536	15	3.1	15	96	3	83	22	24	40	13	1.90
188525--188570	18	2.6	18	85	0	56	32	23	30	13	1.93
192741--192824	24	3.6	24	85	4	111	11	13	23	51	1.74
250550--250608	24	2.5	24	91	0	100	1	22	35	40	1.64
266089--266122	12	2.8	12	95	0	59	20	17	44	17	1.87
273669--274072	21	19.2	21	72	18	147	11	46	20	22	1.81
273677--273964	42	6.9	42	77	12	211	11	46	19	22	1.82
273789--274058	63	4.3	64	73	16	194	11	46	20	21	1.82
273669--274100	105	4.1	106	76	12	328	11	46	19	22	1.82
273978--274109	42	3.1	42	73	18	130	11	46	21	19	1.81
273852--274136	84	3.4	82	79	9	260	11	46	22	20	1.81
274044--274135	21	4.4	21	77	13	91	11	45	23	18	1.83
274013--274136	42	3.0	40	77	13	142	11	45	25	18	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274013--274142	21	6.2	20	73	16	79	12	44	24	18	1.84
275257--275282	12	2.2	12	100	0	52	7	26	65	0	1.20

Tables:   1

The End!