sallet_2.scaffold.fasta.s75.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold91
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  81576

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1078--1116	18	2.2	18	90	0	60	41	28	25	5	1.77
1568--1614	17	2.8	17	90	0	67	14	23	40	21	1.90
2436--2489	15	3.6	15	84	0	72	24	38	1	35	1.66
5959--6010	11	4.8	11	81	13	72	63	15	21	0	1.31
5959--6010	20	2.4	21	87	9	70	63	15	21	0	1.31
6295--6337	11	3.9	11	100	0	86	46	44	9	0	1.35
6292--6344	22	2.4	22	90	0	88	45	41	9	3	1.54
6267--6430	11	16.0	11	74	17	63	45	43	3	7	1.49
6341--6406	20	3.3	19	73	23	64	45	43	0	10	1.38
6341--6417	40	1.9	39	89	7	120	46	44	0	9	1.35
7479--7520	12	3.5	12	87	6	59	14	33	30	21	1.93
7535--7581	21	2.2	21	96	0	85	8	29	40	21	1.83
8107--8165	15	3.9	15	93	0	100	5	8	49	37	1.55
8097--8162	30	2.2	30	86	0	87	7	6	50	36	1.56
8158--8196	9	4.3	9	86	0	60	2	20	48	28	1.62
8511--8550	18	2.2	18	95	0	71	10	35	30	25	1.88
8597--8677	15	5.4	15	95	0	126	7	24	24	43	1.80
8582--8677	30	3.2	30	84	0	93	7	26	26	40	1.81
11086--11135	20	2.5	20	93	0	82	30	16	14	40	1.87
15882--15935	21	2.6	21	87	0	72	29	27	20	22	1.98
15979--16029	16	3.5	16	75	25	67	9	31	15	43	1.80
16056--16089	16	2.1	16	88	0	50	17	35	11	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16116--16176	25	2.4	25	86	10	81	9	49	6	34	1.62
16633--16673	12	3.4	13	86	10	52	46	0	53	0	1.00
16632--16673	18	2.4	17	84	11	57	45	0	54	0	0.99
17055--17100	12	3.8	12	97	2	83	23	26	19	30	1.98
17295--17353	15	4.0	15	86	4	84	35	22	16	25	1.95
17297--17353	29	1.9	30	89	3	89	36	21	17	24	1.94
17700--17737	9	4.2	9	86	10	51	21	52	5	21	1.66
18566--18614	12	4.1	12	83	0	71	18	46	22	12	1.82
25328--25376	10	5.0	10	80	5	64	22	20	28	28	1.98
27674--27810	16	8.6	16	82	4	170	31	29	10	28	1.90
27907--28025	9	12.6	9	87	7	139	10	42	0	47	1.39
27907--28019	49	2.3	48	87	4	156	10	42	0	46	1.38
28890--28932	18	2.4	18	88	0	59	30	0	46	23	1.52
29077--29127	21	2.4	22	80	12	61	43	15	37	3	1.66
29080--29127	11	4.5	11	77	15	55	43	16	35	4	1.67
32421--32482	15	4.1	15	82	0	70	12	33	17	35	1.88
32672--32750	27	2.9	27	86	0	104	20	31	18	29	1.97
32686--32750	27	2.4	27	94	0	112	20	32	21	26	1.97
36249--36282	13	2.6	13	100	0	68	23	61	0	14	1.33
36249--36282	7	5.1	7	86	13	54	23	61	0	14	1.33
37325--37351	13	2.1	13	100	0	54	22	7	33	37	1.82
37388--37428	17	2.4	17	91	0	64	9	0	51	39	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39046--39071	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
40799--40825	12	2.2	12	100	0	54	14	55	0	29	1.40
44702--44752	26	2.0	26	96	0	93	17	23	43	15	1.88
44902--44936	15	2.3	15	100	0	70	48	17	20	14	1.81
46201--46238	19	2.0	19	94	0	67	23	36	18	21	1.95
47040--47119	21	3.5	22	83	8	90	36	42	0	21	1.53
47045--47119	12	6.7	12	79	14	97	37	41	0	21	1.53
47187--47223	13	3.1	13	77	22	53	32	43	0	24	1.55
47195--47219	10	2.5	10	100	0	50	32	44	0	24	1.54
47187--47232	23	2.1	21	92	8	74	32	43	0	23	1.54
49742--49782	21	2.0	21	90	0	64	2	31	43	21	1.66
50091--50303	37	6.1	36	83	9	239	31	21	13	32	1.92
50110--50279	32	5.0	33	82	11	193	33	21	14	31	1.93
50289--50388	27	3.7	26	81	7	110	29	21	15	35	1.93
50458--50501	11	4.1	11	88	5	63	27	15	36	20	1.93
50510--50543	9	3.7	9	88	4	50	20	8	38	32	1.84
50568--50620	15	3.6	15	84	2	72	18	9	33	37	1.83
50681--50772	12	7.5	12	77	8	87	29	8	20	41	1.82
50680--50774	48	1.9	48	83	8	120	29	9	21	40	1.84
50822--50860	13	3.0	13	88	0	60	7	2	28	61	1.37
51807--51844	17	2.2	17	95	0	67	31	39	0	28	1.57
51874--51904	13	2.4	13	94	0	53	22	35	6	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51886--51967	39	2.1	39	84	4	103	26	34	7	31	1.84
51965--52008	23	2.0	23	90	4	72	25	45	0	29	1.54
52246--52281	14	2.6	14	90	0	63	27	63	0	8	1.23
52388--52416	11	2.6	11	100	0	58	10	68	0	20	1.18
52357--52406	23	2.2	23	85	3	66	14	66	2	18	1.35
53168--53192	9	2.8	9	100	0	50	8	68	12	12	1.40
54376--54405	12	2.5	12	100	0	60	33	16	20	30	1.94
54391--54471	16	4.9	18	77	18	79	28	17	18	35	1.93
54407--54471	16	4.1	16	84	7	96	29	16	18	35	1.93
54447--54497	26	2.0	25	88	3	75	33	17	15	33	1.92
54518--54544	14	1.9	14	100	0	54	22	29	3	44	1.70
54687--54727	9	4.7	9	96	3	75	34	0	53	12	1.38
54898--54935	12	3.2	12	100	0	76	0	0	60	39	0.97
54888--54935	24	2.0	24	83	0	60	6	2	56	35	1.36
55415--55464	10	5.1	10	81	18	61	40	38	0	22	1.54
55431--55464	17	2.0	17	100	0	68	35	41	0	23	1.55
56065--56134	15	4.6	15	82	8	88	14	17	34	34	1.90
56170--56241	15	4.7	15	76	8	65	25	23	27	23	2.00
56261--56340	30	2.8	29	81	10	85	25	30	17	27	1.97
56335--56361	14	1.9	14	100	0	54	33	37	14	14	1.88
58018--58101	22	3.8	22	87	0	114	25	27	36	10	1.89
58017--58100	44	1.9	44	90	0	132	26	26	36	10	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58492--58541	15	3.5	13	84	10	55	22	12	48	18	1.80
58494--58537	15	2.9	15	96	0	79	22	11	47	18	1.80
58921--59029	37	3.0	37	86	8	152	35	33	7	23	1.83
59005--59031	12	2.2	12	100	0	54	33	44	7	14	1.73
59014--59045	15	2.1	15	94	0	55	31	50	6	12	1.65
59005--59063	12	4.9	12	71	22	52	30	47	8	13	1.73
59079--59131	16	3.3	16	94	0	88	26	43	18	11	1.84
63453--63512	14	4.1	16	85	14	85	13	6	58	21	1.58
63605--63713	8	12.6	9	72	13	52	47	1	35	14	1.55
63604--63656	8	6.5	8	82	4	61	45	0	37	16	1.48
63604--63662	16	3.6	16	82	11	66	44	1	37	16	1.59
63604--63656	24	2.2	25	89	3	81	45	0	37	16	1.48
63730--63759	11	2.7	11	94	0	51	50	3	30	16	1.62
63819--63856	11	3.5	11	88	0	58	44	7	26	21	1.79
64031--64076	15	2.9	16	83	6	67	17	60	21	0	1.35
64500--64542	20	2.2	20	86	0	59	16	13	53	16	1.73
65159--65183	11	2.3	11	100	0	50	20	64	0	16	1.30
66428--66464	12	3.1	12	92	0	56	18	45	35	0	1.50
68099--68178	14	5.3	15	76	11	74	47	1	51	0	1.08
68101--68156	23	2.6	23	86	8	82	44	0	55	0	0.99
68126--68370	12	21.6	12	71	17	132	61	2	35	1	1.18
68160--68296	8	17.5	8	77	15	128	63	1	34	0	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69479--69530	10	5.2	10	95	0	95	11	0	48	40	1.40
69479--69540	20	3.1	20	90	0	79	9	0	50	40	1.35
70448--70484	12	3.1	12	100	0	74	8	51	8	32	1.61
73921--74015	33	2.8	35	78	12	101	4	37	27	30	1.76
73959--74021	33	1.9	33	100	0	126	1	33	28	36	1.67
75097--75153	17	3.4	17	87	0	87	14	15	42	28	1.86
75758--75813	18	3.1	18	84	0	76	1	30	53	14	1.51
75758--75813	9	6.2	9	89	0	67	1	30	53	14	1.51
76594--76632	16	2.4	16	82	0	51	15	2	41	41	1.61
76986--77032	21	2.2	22	88	3	69	19	40	10	29	1.85

Tables:   1   2