sallet_2.scaffold.fasta.s74.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold27
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  286625

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 173 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--269	128	2.1	128	97	0	511	19	28	34	17	1.94
20715--20754	21	1.9	21	90	10	64	2	42	7	47	1.45
20738--20773	12	3.1	12	88	4	56	0	47	5	47	1.25
20729--20773	24	1.9	23	86	4	63	2	44	4	48	1.35
29363--29405	9	4.8	9	91	0	68	0	20	34	44	1.52
82815--82963	45	3.4	45	82	3	169	18	40	25	16	1.90
83069--83096	12	2.3	12	100	0	56	0	32	35	32	1.58
98971--99038	27	2.5	27	80	0	73	17	17	13	51	1.76
99212--99252	21	1.9	22	90	5	66	9	43	0	46	1.36
99212--99252	11	3.8	11	87	6	66	9	43	0	46	1.36
100170--100221	24	2.2	24	96	0	95	26	38	19	15	1.91
100174--100229	24	2.5	22	85	8	69	26	41	16	16	1.88
100695--100841	45	3.3	45	79	13	155	24	29	28	17	1.97
100737--100964	123	1.8	125	83	4	309	23	28	30	17	1.97
100772--101010	123	1.9	122	79	8	261	23	30	30	15	1.96
100964--101202	135	1.8	131	80	8	288	20	39	28	10	1.87
103134--103232	6	16.5	6	81	8	76	26	43	30	0	1.55
103134--103244	18	6.2	18	81	2	84	27	43	29	0	1.55
103224--103263	12	3.3	12	96	0	71	27	40	32	0	1.57
104284--104361	24	3.4	24	73	20	76	26	46	23	3	1.69
104284--104361	21	3.6	21	76	11	68	26	46	23	3	1.69
104701--104782	12	7.0	12	81	10	98	18	9	23	48	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104701--104782	36	2.4	34	87	8	112	18	9	23	48	1.77
104898--104956	22	2.7	22	89	0	91	18	8	23	49	1.75
104912--104962	12	4.4	12	82	9	70	19	7	21	50	1.72
105349--105421	24	3.0	25	91	4	121	36	31	10	20	1.87
105347--105425	25	3.2	25	90	3	133	36	30	12	20	1.90
105460--105541	18	4.7	18	85	8	116	29	26	14	29	1.95
105481--105533	15	3.3	15	82	14	70	28	24	15	32	1.95
105463--105533	33	2.2	33	94	0	124	28	26	15	29	1.96
105525--105579	23	2.4	23	96	0	101	34	23	14	27	1.94
105528--105587	23	2.8	22	90	7	88	33	25	15	26	1.95
107591--107644	24	2.2	24	90	0	90	35	35	18	11	1.86
107628--107681	25	2.2	25	86	0	72	38	48	11	1	1.50
107697--107767	16	4.4	16	90	0	106	36	38	11	14	1.81
107762--107826	20	3.2	20	91	0	103	26	56	1	15	1.48
107774--107843	20	3.5	20	75	11	63	24	57	1	17	1.48
107762--107843	40	2.0	40	83	4	103	25	56	1	17	1.48
107834--107894	25	2.4	26	84	15	83	19	54	0	26	1.45
107873--107951	23	3.6	22	74	14	74	16	63	0	20	1.31
107888--107939	17	3.0	17	85	2	68	15	63	0	21	1.31
107958--107982	13	1.9	13	100	0	50	0	68	0	32	0.90
109037--109062	12	2.2	12	100	0	52	15	23	46	15	1.83
114593--114635	13	3.4	13	83	3	61	20	0	41	37	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115017--115046	7	4.3	7	91	0	51	0	33	13	53	1.40
125314--125351	20	2.0	20	89	5	60	28	7	34	28	1.85
126147--126274	12	10.9	12	80	8	75	14	14	39	31	1.86
126167--126240	24	3.1	24	80	3	87	14	9	43	32	1.78
128145--128198	12	4.5	12	83	0	72	16	35	18	29	1.93
129039--129078	10	4.0	10	86	0	53	15	0	50	35	1.44
129035--129077	20	2.2	20	91	0	68	11	0	53	34	1.37
129283--129327	17	2.6	17	96	3	81	13	13	44	28	1.81
129297--129338	17	2.5	17	88	0	57	14	9	47	28	1.75
129671--129712	18	2.3	18	87	0	57	33	14	14	38	1.86
132444--132477	9	3.7	9	92	4	50	0	38	35	26	1.57
133062--133136	12	5.9	12	75	10	60	16	41	8	34	1.77
133069--133118	13	3.8	13	79	7	57	18	38	8	36	1.80
134460--134523	28	2.5	26	80	14	78	29	10	37	21	1.88
134470--134525	28	2.0	28	92	0	94	30	10	35	23	1.89
134733--134801	13	5.2	13	87	3	93	27	49	5	17	1.69
134827--134857	14	2.2	14	100	0	62	12	67	0	19	1.22
134855--134909	13	4.2	13	72	21	51	29	63	1	5	1.27
139671--139695	9	2.8	9	100	0	50	12	12	40	36	1.79
145547--145576	15	2.0	15	100	0	60	20	53	0	26	1.46
177887--177915	11	2.6	11	100	0	58	27	34	10	27	1.89
179163--179205	18	2.4	18	84	0	59	27	23	32	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180697--180728	12	2.7	12	95	0	55	0	40	15	43	1.47
181819--181883	16	4.1	16	91	0	112	16	7	26	49	1.73
184017--184059	21	2.0	21	86	0	59	13	30	41	13	1.84
186418--186458	9	4.6	9	85	11	57	36	17	21	24	1.94
186456--186558	9	11.7	9	78	8	61	32	13	33	20	1.91
186499--186558	18	3.4	18	79	9	70	36	13	33	16	1.88
189622--189648	13	2.1	13	100	0	54	29	7	14	48	1.71
189633--189695	16	4.1	16	77	6	58	25	12	23	38	1.90
189660--189717	16	3.7	16	77	11	57	27	17	24	31	1.97
195384--195425	12	3.5	12	77	9	50	28	0	54	16	1.42
195390--195535	52	2.8	52	77	4	150	21	0	50	27	1.54
195431--195551	64	1.9	64	91	0	197	19	0	49	30	1.54
195564--195667	21	5.0	21	90	2	147	18	5	48	27	1.71
197874--198003	11	12.6	11	70	23	88	30	40	10	20	1.85
197897--197973	20	3.8	20	96	3	138	27	38	10	23	1.87
197894--197992	20	4.9	20	84	13	116	28	40	10	21	1.85
203453--203508	16	3.5	16	82	0	67	10	7	39	42	1.67
203465--203532	16	4.2	16	86	0	91	13	8	39	38	1.75
203452--203532	32	2.5	32	83	0	99	14	8	38	38	1.77
206413--206485	24	3.1	24	84	2	94	5	28	42	23	1.76
208194--208288	15	6.3	15	82	2	111	37	26	17	17	1.93
208266--208331	36	1.9	33	81	9	78	27	37	10	24	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212285--212320	13	2.8	13	91	0	54	33	36	8	22	1.84
213889--213978	27	3.3	27	93	1	144	36	23	3	36	1.71
214023--214055	15	2.1	16	94	5	59	21	45	3	30	1.67
214064--214092	14	2.0	15	93	6	51	10	55	0	34	1.34
215123--215266	24	6.2	24	89	7	210	14	50	12	22	1.76
215123--215266	45	3.1	45	91	3	216	14	50	12	22	1.76
217352--217407	12	4.7	12	80	8	60	19	0	50	30	1.48
217352--217402	24	2.1	24	88	0	75	19	0	49	31	1.49
218707--218758	15	3.5	15	89	2	79	7	38	21	32	1.82
219668--219711	14	3.1	14	86	0	61	18	9	38	34	1.82
220087--220201	33	3.5	33	67	21	105	33	27	29	8	1.87
220320--220360	21	2.0	21	85	0	55	31	29	34	4	1.79
220399--220432	15	2.3	15	94	0	59	35	35	29	0	1.58
220406--220446	21	2.0	21	85	0	55	34	34	31	0	1.58
220161--220432	93	2.9	93	92	0	454	27	30	30	10	1.90
220544--220578	18	1.9	18	94	0	61	2	37	14	45	1.59
238042--238086	18	2.5	18	96	0	81	35	31	33	0	1.58
238067--238157	42	2.2	42	93	0	155	24	28	28	18	1.98
238217--238267	12	4.5	12	78	14	54	31	31	33	3	1.76
238698--238752	12	4.6	12	86	0	56	29	43	27	0	1.55
239184--239275	42	2.2	42	86	0	121	25	26	35	13	1.92
239194--239289	42	2.3	42	81	0	111	21	25	33	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239326--239378	9	5.9	9	90	0	79	15	45	26	13	1.82
239968--240003	18	2.0	18	100	0	72	27	22	33	16	1.95
241767--241807	13	3.2	13	96	0	73	14	41	7	36	1.74
241800--241836	18	2.1	18	94	0	65	13	43	10	32	1.79
242214--242274	14	4.4	14	73	19	56	27	59	0	13	1.35
242228--242293	27	2.4	28	84	5	89	27	60	0	12	1.32
242260--242310	22	2.4	21	87	6	68	25	60	1	11	1.41
242269--242310	22	1.9	22	95	0	75	23	61	2	11	1.42
243533--243698	42	3.8	43	80	5	192	17	37	38	6	1.74
244997--245043	23	2.0	24	83	8	60	14	29	34	21	1.93

Tables:   1   2