sallet_2.scaffold.fasta.s70.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold76
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  170467

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 122 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52--96	22	2.0	22	87	8	65	46	53	0	0	1.00
52--88	11	3.4	11	96	0	65	48	51	0	0	1.00
98--129	13	2.5	13	94	0	55	18	68	0	12	1.20
129--187	22	2.8	20	79	10	64	16	57	3	22	1.54
1117--1153	15	2.5	15	95	0	65	21	5	48	24	1.71
1131--1182	24	2.2	24	82	6	61	17	11	50	21	1.77
1431--1483	12	4.4	12	97	0	97	35	16	33	13	1.88
1491--1672	12	15.2	12	94	0	310	25	32	24	14	1.94
1703--1739	18	2.1	18	100	0	74	21	51	21	5	1.68
2633--2673	16	2.6	16	88	0	64	48	0	29	21	1.50
3729--3774	23	2.0	23	91	8	76	13	13	43	30	1.81
3730--3777	11	4.3	11	84	12	62	10	12	47	29	1.74
4005--4044	18	2.2	18	95	0	71	32	20	32	15	1.93
4222--4331	56	2.0	56	87	3	159	10	47	6	36	1.63
4366--4431	22	3.0	22	86	0	78	1	51	0	46	1.10
4341--4404	11	5.6	11	88	3	92	0	45	3	51	1.17
4533--4588	16	3.4	17	76	11	55	41	58	0	0	0.98
4518--4574	28	2.0	28	82	0	69	40	59	0	0	0.97
4529--4588	11	5.5	11	78	11	61	43	56	0	0	0.99
8188--8238	15	3.4	15	83	0	57	60	15	19	3	1.50
8248--8296	9	5.4	9	87	0	62	18	22	36	22	1.95
13405--13462	26	2.2	27	87	3	82	43	48	0	8	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13405--13464	13	4.5	13	80	2	66	41	50	0	8	1.33
13699--13744	13	3.5	13	90	0	65	36	41	4	17	1.69
21650--21689	8	5.0	8	100	0	80	25	62	0	12	1.30
21712--21751	13	3.0	13	82	17	55	7	30	7	55	1.56
22891--22957	18	3.8	18	84	5	84	35	8	46	8	1.67
24526--24609	13	6.5	13	83	2	89	34	33	11	20	1.89
30258--30316	15	4.0	14	89	6	82	20	55	1	22	1.52
30258--30316	30	2.0	29	90	3	91	20	55	1	22	1.52
30850--30876	9	3.0	9	100	0	54	22	44	22	11	1.84
31975--31999	12	2.1	12	100	0	50	40	8	16	36	1.77
33596--33625	15	1.9	16	93	6	53	0	53	6	40	1.27
39879--39926	16	3.0	16	96	0	87	41	18	14	25	1.88
39913--39939	12	2.2	12	100	0	54	33	18	14	33	1.92
42396--42470	29	2.6	29	89	0	123	25	8	45	21	1.79
42454--42505	19	2.8	18	82	8	52	26	9	44	19	1.81
45069--45126	16	3.6	16	88	0	62	32	12	34	20	1.90
45060--45126	32	2.1	32	82	0	80	29	11	37	20	1.89
46432--46491	5	11.8	5	83	1	75	3	56	0	40	1.16
46446--46499	20	2.7	20	91	0	81	0	59	0	40	0.98
46454--46499	10	4.6	10	83	5	58	0	60	0	39	0.97
46561--46591	10	2.9	11	90	9	55	38	54	0	6	1.26
46605--46632	13	2.2	13	100	0	56	25	53	14	7	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56537--56599	33	1.9	33	84	12	85	14	50	30	4	1.63
57352--57397	14	3.0	16	81	12	60	23	0	67	8	1.18
59769--59805	18	2.1	18	94	0	65	35	21	18	24	1.96
61103--61134	16	2.0	16	93	0	55	40	21	6	31	1.78
64104--64148	22	2.1	21	88	8	65	15	6	44	33	1.73
64382--64407	13	2.0	13	100	0	52	30	23	30	15	1.95
64488--64530	10	4.3	10	87	0	68	11	11	25	51	1.72
74269--74301	17	1.9	17	93	0	57	39	21	24	15	1.91
74575--74605	12	2.6	12	89	0	53	0	38	0	61	0.96
90859--90886	10	2.8	10	100	0	56	21	17	60	0	1.36
91901--91941	13	3.2	13	80	13	57	19	48	7	24	1.74
91996--92038	13	3.3	13	87	6	52	18	69	2	9	1.26
92130--92261	6	21.8	6	77	9	117	31	49	4	14	1.63
92214--92260	3	15.7	3	81	0	58	34	57	0	8	1.29
94382--94424	20	2.2	19	91	4	68	18	4	46	30	1.69
94361--94402	13	3.3	13	90	3	68	11	7	47	33	1.68
95728--95784	12	4.8	11	79	12	60	59	12	24	3	1.48
95728--95784	24	2.4	24	83	13	73	59	12	24	3	1.48
95916--95992	13	5.9	13	89	6	111	49	33	9	7	1.63
96189--96228	16	2.4	17	87	4	55	10	70	2	17	1.27
97089--97120	9	3.4	9	95	4	55	9	50	37	3	1.51
97339--97420	42	2.0	42	87	4	121	13	39	30	17	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97348--97419	21	3.4	22	67	7	60	8	40	31	19	1.81
97361--97449	36	2.3	39	84	11	112	12	39	28	20	1.88
97970--98006	12	3.1	12	92	0	56	16	45	27	10	1.80
98013--98064	18	2.9	18	91	0	86	21	46	17	15	1.84
110906--110975	28	2.5	28	95	0	122	11	34	24	30	1.90
110906--110990	28	3.1	27	83	6	73	11	36	22	29	1.90
115233--115287	27	2.0	28	89	3	85	43	45	3	7	1.49
115232--115287	13	4.2	13	84	6	76	44	44	3	7	1.48
120591--120626	11	3.3	11	92	0	54	36	50	0	13	1.43
120820--120863	21	2.1	21	100	0	88	9	31	36	22	1.86
122353--122443	31	2.9	31	85	1	101	47	31	7	13	1.71
122358--122498	16	8.8	16	77	6	133	48	30	7	12	1.69
127294--127323	15	2.0	15	93	0	51	6	20	50	23	1.71
127519--127651	42	3.1	42	76	3	124	9	27	45	16	1.79
127784--127826	18	2.4	18	92	0	77	9	27	39	23	1.85
127882--127925	18	2.4	18	85	7	54	4	29	27	38	1.76
127990--128025	12	3.0	12	91	0	63	0	47	0	52	1.00
127984--128025	12	3.3	14	83	16	56	0	45	0	54	0.99
134059--134101	15	2.9	15	83	13	61	20	32	46	0	1.51
137931--137972	13	3.2	13	89	0	66	50	50	0	0	1.00
137938--137977	18	2.1	20	86	9	57	52	45	0	2	1.14
138001--138039	15	2.6	15	87	0	60	30	58	2	7	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139106--139167	19	3.3	19	86	0	79	6	19	30	43	1.76
143886--143940	21	2.6	21	100	0	110	3	29	27	40	1.73
143813--144025	114	1.9	114	82	3	268	11	30	24	32	1.91
143999--144102	21	5.0	21	85	9	97	11	33	19	35	1.88
144001--144115	42	2.7	42	82	5	126	11	34	17	36	1.86
144156--144226	21	3.4	21	80	3	81	11	33	18	36	1.86
143814--144361	270	2.0	270	81	2	636	12	33	21	32	1.90
143886--144214	156	2.1	155	79	5	365	12	33	20	33	1.91
144156--144494	135	2.5	135	78	0	383	12	35	19	32	1.90
144043--144340	114	2.6	114	85	0	380	12	35	19	32	1.90
144270--144364	21	4.5	21	83	0	100	6	36	20	36	1.78
144270--144364	42	2.3	42	86	0	127	6	36	20	36	1.78
144406--144548	21	6.8	21	76	0	106	10	39	18	31	1.85
144447--144589	42	3.4	42	74	1	108	8	41	18	32	1.80
144510--144580	21	3.4	21	78	7	72	4	46	16	32	1.67
144884--144956	21	3.5	21	73	14	78	8	43	20	27	1.80
144884--144969	42	2.0	42	82	8	104	8	43	22	26	1.81
145298--145388	42	2.2	42	85	0	119	10	27	36	25	1.89
149805--149862	17	3.6	17	71	17	52	20	27	18	32	1.97
149850--149876	14	1.9	14	100	0	54	22	33	22	22	1.97
149786--149879	32	3.0	31	80	10	86	22	28	17	31	1.96
166818--166978	15	10.7	15	82	0	178	8	38	28	24	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166818--166978	30	5.4	30	89	0	214	8	38	28	24	1.84
166812--166991	45	4.0	45	82	0	207	7	38	28	25	1.84
167776--167814	18	2.2	18	90	0	60	23	33	28	15	1.95
168113--168299	15	12.3	15	67	12	85	9	35	27	28	1.87
168110--168176	33	2.0	33	88	0	98	10	32	26	29	1.90
168190--168295	30	3.5	30	85	5	126	7	34	28	29	1.85
168109--168265	45	3.5	44	73	13	131	8	36	26	28	1.86
168190--168286	45	2.2	45	81	3	106	8	35	27	28	1.86
168303--168333	15	2.1	15	100	0	62	12	38	29	19	1.89
168297--168377	21	4.1	21	72	18	84	17	38	29	14	1.90

Tables:   1   2