sallet_2.scaffold.fasta.s69.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold88
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  125553

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1878--1940	20	3.1	20	86	4	81	28	11	26	33	1.91
1888--1940	21	2.6	20	93	3	88	26	11	28	33	1.91
2069--2120	24	2.2	24	89	0	77	34	17	23	25	1.96
2100--2178	40	2.0	40	82	9	99	22	21	27	27	1.99
2149--2221	19	3.4	22	83	11	71	27	19	26	27	1.99
2149--2245	23	4.4	21	80	13	81	28	20	24	25	1.99
2322--2382	25	2.4	25	88	0	86	14	24	36	24	1.93
2523--2572	11	4.5	11	82	5	64	28	42	28	2	1.67
4571--4624	21	2.6	20	80	16	65	9	0	68	22	1.17
4575--4626	10	5.0	10	88	9	61	9	0	67	23	1.20
4597--4649	11	4.9	11	86	2	63	13	0	58	28	1.35
4571--4609	20	2.0	20	90	10	62	7	0	71	20	1.10
4678--4805	21	6.2	20	81	7	114	25	35	10	28	1.88
4699--4831	40	3.3	40	79	8	126	25	36	9	27	1.88
4762--4831	20	3.5	20	77	13	81	25	38	8	27	1.85
6549--6584	6	6.0	6	93	0	54	5	66	27	0	1.13
6549--6583	18	1.9	18	94	0	61	5	68	25	0	1.11
7490--7517	11	2.5	11	100	0	56	21	0	42	35	1.53
7568--7613	17	2.7	17	86	0	65	21	4	41	32	1.73
9571--9605	18	1.9	18	94	0	61	5	42	0	51	1.25
9592--9650	13	4.3	13	84	6	64	0	49	5	45	1.24
9623--9655	16	2.1	16	88	11	50	3	48	6	42	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11038--11080	15	2.9	15	89	0	68	25	32	25	16	1.96
11172--11297	13	9.9	13	74	11	118	22	26	8	42	1.82
11172--11291	24	4.7	27	77	6	92	20	25	9	44	1.81
11172--11277	40	2.7	39	87	8	146	19	25	9	45	1.80
11248--11291	11	3.8	11	80	11	52	25	29	6	38	1.81
11244--11297	24	2.2	24	90	0	81	27	29	7	35	1.84
12676--12723	21	2.3	21	75	10	53	45	39	12	2	1.54
14058--14134	15	5.3	15	78	9	79	20	19	23	36	1.95
14202--14244	21	2.0	21	86	0	59	23	30	41	4	1.74
14261--14299	12	3.2	12	85	0	60	38	17	38	5	1.72
14258--14309	24	2.2	24	89	0	77	40	21	34	3	1.71
14972--15027	12	4.9	12	78	10	55	26	21	32	19	1.97
14975--15016	22	1.9	22	85	0	57	26	21	33	19	1.97
15212--15307	14	6.9	14	91	0	156	34	7	35	22	1.82
15407--15464	15	3.8	15	78	13	55	34	8	29	27	1.87
15407--15464	30	1.9	31	85	3	82	34	8	29	27	1.87
16259--16315	5	11.8	5	81	7	73	0	57	0	42	0.98
16257--16316	19	3.2	19	86	9	86	0	60	0	40	0.97
16259--16308	14	3.5	14	88	2	73	0	58	0	42	0.98
18020--18073	12	4.6	12	93	2	92	29	16	16	37	1.91
18329--18377	18	2.7	18	96	0	89	10	14	22	53	1.71
18469--18572	21	5.0	21	81	5	131	17	15	22	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18668--18737	29	2.5	28	88	9	99	12	22	15	48	1.79
23065--23112	10	4.8	10	92	0	78	22	18	45	12	1.83
23508--23545	17	2.2	17	100	0	76	36	28	5	28	1.79
25965--26000	12	3.2	12	84	15	58	33	41	25	0	1.55
26039--26084	14	3.2	14	90	3	65	8	6	41	43	1.61
26214--26241	11	2.5	11	100	0	56	25	25	32	17	1.97
26529--26574	13	3.4	14	91	8	78	6	43	21	28	1.77
26611--26653	20	2.2	20	91	0	68	16	53	11	18	1.72
29159--29208	12	3.9	12	78	14	55	8	34	46	12	1.70
29204--29266	30	2.1	30	81	0	72	0	38	41	20	1.53
29812--29870	16	3.7	16	97	0	109	5	52	8	33	1.54
41712--41770	9	5.9	9	78	21	64	49	3	44	3	1.36
41673--41782	21	5.2	21	84	8	127	46	1	47	4	1.33
44204--44261	20	2.9	20	87	10	91	32	6	53	6	1.54
47186--47223	14	2.7	14	95	0	67	28	5	50	15	1.66
47232--47337	44	2.6	42	81	12	114	27	8	46	17	1.77
47232--47333	21	5.0	21	75	14	79	28	8	45	17	1.78
47254--47355	44	2.3	43	79	11	118	30	9	43	16	1.80
48344--48369	11	2.4	11	100	0	52	57	26	7	7	1.54
51142--51184	8	5.4	8	85	0	50	48	39	2	9	1.48
52004--52038	12	2.9	12	91	0	61	5	31	42	20	1.75
52201--52247	18	2.4	20	79	17	62	0	21	53	25	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52211--52249	18	2.2	18	95	0	69	0	17	51	30	1.46
54176--54218	18	2.4	18	84	0	50	37	51	0	11	1.39
54177--54217	15	2.7	15	84	0	55	39	48	0	12	1.41
54557--54590	12	2.7	13	81	9	52	32	58	8	0	1.29
54557--54597	11	3.4	12	81	18	50	34	56	9	0	1.32
55365--55404	3	13.3	3	89	0	62	30	30	40	0	1.57
61970--62007	19	2.0	19	94	0	67	26	34	21	18	1.96
62016--62077	10	6.0	10	82	17	74	35	29	19	16	1.93
62001--62053	21	2.5	21	96	3	97	33	30	18	16	1.94
62016--62077	31	2.0	31	100	0	124	35	29	19	16	1.93
64084--64240	22	7.2	22	86	5	160	12	10	29	47	1.75
64084--64240	42	3.6	43	78	10	160	12	10	29	47	1.75
64115--64255	22	6.4	24	86	6	117	11	13	27	47	1.77
66353--66418	21	3.3	21	91	8	111	34	34	13	16	1.88
66361--66427	18	3.6	18	91	6	98	35	34	16	13	1.88
66691--66721	15	2.1	15	100	0	62	12	48	25	12	1.77
67873--68010	12	11.3	12	87	7	142	34	6	50	8	1.59
67873--68011	24	5.7	24	88	8	160	34	6	50	8	1.59
67906--68011	12	8.7	12	88	12	146	33	6	51	8	1.58
68078--68102	13	1.9	13	100	0	50	16	0	52	32	1.44
68310--68358	16	3.1	16	78	0	53	12	28	28	30	1.93
70485--70552	27	2.5	24	76	21	64	27	60	1	10	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70505--70546	9	4.7	9	80	8	50	26	59	0	14	1.35
70505--70552	19	2.8	17	78	12	53	27	60	0	12	1.32
71750--71831	14	6.0	14	84	1	96	32	4	43	18	1.71
71928--71958	15	2.1	15	93	0	53	12	12	25	48	1.77
72988--73063	15	5.0	15	98	1	143	19	40	0	39	1.52
76027--76107	33	2.2	38	81	16	100	19	0	62	17	1.32
76097--76131	15	2.3	15	90	0	52	11	0	60	28	1.32
76127--76165	21	2.0	20	90	10	62	33	2	56	7	1.41
76485--76529	17	2.6	18	92	3	74	17	20	51	11	1.75
76844--76895	20	2.6	20	84	0	77	28	34	17	19	1.94
79277--79309	15	2.2	15	100	0	66	33	33	21	12	1.90
97447--97483	18	2.1	18	89	0	56	24	5	45	24	1.74
104494--104542	16	3.1	16	91	2	73	18	14	36	30	1.90
109893--109938	19	2.3	20	96	3	85	41	34	8	15	1.78
112907--112962	12	4.7	12	86	0	67	1	57	25	16	1.49
117397--117487	30	3.1	28	76	7	85	47	7	29	15	1.73
117450--117487	13	2.8	14	88	8	60	50	7	31	10	1.66
117419--117487	30	2.4	28	85	7	86	46	8	28	15	1.76
120696--120745	17	2.9	17	96	0	91	52	24	10	14	1.71
125030--125060	12	2.6	12	94	0	53	54	22	16	6	1.64
125226--125287	18	3.4	18	93	0	106	12	48	20	17	1.80

Tables:   1

The End!