sallet_2.scaffold.fasta.s68.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold31
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  309198

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10432--10456	9	2.8	9	100	0	50	8	12	44	36	1.71
69474--69513	21	1.9	21	84	0	53	2	55	20	22	1.56
85857--85891	12	3.0	12	91	4	54	45	34	11	8	1.71
87178--87217	14	2.9	14	92	0	71	17	37	20	25	1.94
92535--92598	11	5.6	11	85	3	74	26	56	0	17	1.41
98507--98559	9	5.7	9	86	8	52	47	0	52	0	1.00
98507--98569	18	3.4	19	83	16	80	47	0	52	0	1.00
98569--98606	19	2.0	19	89	0	58	23	7	44	23	1.79
99081--99124	23	2.0	23	90	4	72	20	36	18	25	1.95
99226--99271	14	3.4	14	84	6	67	28	47	10	13	1.76
99226--99277	27	1.9	27	84	0	68	26	51	9	11	1.68
104867--104891	12	2.1	12	100	0	50	48	16	28	8	1.74
108156--108254	8	13.5	8	79	17	85	33	37	15	14	1.87
108159--108248	6	13.7	6	75	25	76	33	36	16	13	1.88
108159--108254	20	4.8	20	92	6	135	33	37	15	13	1.87
108159--108224	14	4.7	14	83	14	91	33	36	16	13	1.88
117304--117350	24	2.0	24	91	0	76	19	10	48	21	1.78
117305--117352	12	4.0	12	80	0	60	20	12	45	20	1.83
122605--122631	9	3.0	9	100	0	54	22	44	33	0	1.53
123264--123309	24	1.9	24	86	8	67	19	34	39	6	1.78
123519--123612	30	3.1	30	83	7	102	22	36	29	11	1.90
123565--123633	30	2.3	30	85	5	95	20	42	28	8	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125055--125105	21	2.4	21	86	0	66	15	31	33	19	1.93
125064--125127	12	5.6	12	76	10	62	17	32	34	15	1.91
125391--125433	15	2.8	15	92	3	68	27	32	30	9	1.88
125372--125441	21	3.6	21	72	21	71	25	37	28	8	1.85
125465--125517	12	4.4	12	90	0	70	16	45	16	20	1.86
125465--125520	6	9.3	6	78	0	58	17	44	16	21	1.86
125465--125527	18	3.5	17	84	4	63	19	44	15	20	1.87
125465--125532	30	2.3	30	86	0	91	19	44	16	20	1.87
125465--125505	12	3.4	12	96	0	73	17	43	17	21	1.87
125810--125854	18	2.5	18	100	0	90	33	42	20	4	1.72
126248--126280	6	5.5	6	96	0	57	18	45	21	15	1.85
126245--126293	18	2.8	17	84	9	62	16	44	24	14	1.84
126443--126505	24	2.6	24	84	0	81	6	38	31	23	1.80
126794--126898	27	3.9	27	77	7	81	7	42	34	15	1.75
133201--133294	42	2.2	41	81	9	118	15	27	32	23	1.95
133281--133565	51	5.6	51	82	3	261	27	21	36	14	1.92
133278--133564	150	1.9	152	81	3	355	27	21	36	14	1.92
133310--133565	99	2.5	98	78	7	235	28	23	35	12	1.91
134320--134469	20	7.9	20	76	15	140	22	0	54	22	1.45
134320--134430	11	10.6	11	64	24	53	22	0	55	21	1.43
134399--134431	14	2.4	14	94	0	57	15	0	60	24	1.35
134421--134457	9	4.1	9	89	0	56	16	0	59	24	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141355--141470	9	13.2	9	80	5	112	25	11	24	39	1.88
141398--141427	15	2.0	15	93	0	51	26	16	26	30	1.97
141355--141470	60	1.9	60	84	3	153	25	11	24	39	1.88
142305--142339	11	3.2	11	91	0	61	2	37	17	42	1.64
150632--150667	17	2.1	17	100	0	72	36	30	0	33	1.58
158157--158201	15	2.9	15	90	3	63	46	22	31	0	1.52
158163--158207	15	3.0	15	90	0	63	48	24	26	0	1.51
158259--158314	12	4.7	12	97	0	103	17	42	25	14	1.87
158259--158324	24	2.7	23	84	9	78	19	40	22	16	1.91
159704--159754	16	3.2	16	97	0	93	17	31	7	43	1.78
160364--160417	12	4.8	12	86	13	78	0	29	42	27	1.56
160376--160417	21	2.0	21	95	0	75	0	30	42	26	1.55
160615--160642	3	9.3	3	100	0	56	0	35	32	32	1.58
160627--160714	24	3.7	24	73	14	65	6	38	30	23	1.81
160685--160716	12	2.7	12	100	0	64	0	34	40	25	1.56
161879--161980	20	5.1	20	88	3	127	27	14	35	22	1.93
161867--161991	21	6.1	21	81	12	122	26	13	36	23	1.92
163399--163434	15	2.5	14	91	8	63	11	50	8	30	1.67
163407--163440	15	2.3	15	89	0	50	8	50	5	35	1.58
170131--170155	9	2.8	9	100	0	50	12	32	36	20	1.89
171157--171181	12	2.1	12	100	0	50	8	44	32	16	1.76
185256--185289	12	2.9	12	95	4	61	14	8	41	35	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191102--191142	14	3.0	14	82	3	57	17	14	2	65	1.37
191102--191142	13	3.1	13	79	6	55	17	14	2	65	1.37
191119--191188	23	3.0	23	85	0	95	18	20	4	57	1.57
192453--192489	15	2.5	15	95	0	65	8	24	51	16	1.71
192497--192559	21	3.0	21	90	0	90	17	31	12	38	1.87
193064--193162	39	2.6	38	87	4	130	8	31	38	22	1.83
193904--193942	15	2.5	16	95	4	71	43	7	43	5	1.55
193950--193992	10	4.6	9	88	11	68	41	2	55	0	1.12
193909--193969	26	2.3	26	72	10	63	44	4	47	3	1.41
193953--193990	19	2.0	20	94	5	69	42	2	55	0	1.14
193975--194037	14	4.7	14	76	5	60	38	1	57	3	1.24
194305--194330	10	2.6	10	100	0	52	0	23	46	30	1.53
194963--195024	9	7.4	9	74	17	62	12	8	32	46	1.71
194972--195017	16	2.9	16	87	3	67	10	8	30	50	1.68
196462--196523	11	5.5	11	88	9	81	8	58	0	33	1.28
196469--196539	22	3.3	22	84	5	92	9	57	0	32	1.31
196469--196539	33	2.2	32	80	14	83	9	57	0	32	1.31
197771--197827	18	3.2	18	89	0	87	24	15	43	15	1.86
198135--198185	9	5.7	9	79	6	59	31	62	0	5	1.19
198135--198186	27	1.9	27	88	7	79	30	61	0	7	1.24
199384--199412	10	2.9	10	100	0	58	27	0	51	20	1.47
199912--199981	14	5.1	14	85	3	97	52	11	27	8	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200115--200206	5	19.0	5	76	10	75	0	52	1	46	1.07
200118--200187	33	2.1	33	89	0	104	0	47	1	51	1.09
200866--200897	10	3.2	10	90	0	55	37	0	43	18	1.51
200895--200944	14	3.6	14	81	10	66	50	12	20	18	1.78
201190--201232	15	2.9	15	85	0	68	46	34	6	11	1.67
201347--201384	17	2.3	17	86	4	51	10	60	2	26	1.43
201374--201415	11	4.0	11	81	9	52	16	57	0	26	1.40
201586--201620	11	3.2	11	91	0	52	11	37	20	31	1.88
201645--201687	22	2.0	22	91	8	72	9	44	20	25	1.81
201647--201689	11	4.1	11	85	5	54	9	41	20	27	1.83
202629--202665	19	1.9	19	94	0	65	10	16	51	21	1.74
202685--202727	20	2.2	20	91	0	68	18	16	34	30	1.93
202713--202779	21	3.2	21	81	8	73	22	17	28	31	1.97
203409--203442	18	1.9	18	94	5	61	35	11	47	5	1.65
204315--204367	18	2.8	19	88	5	90	37	30	9	22	1.86
204313--204403	37	2.5	37	83	7	114	39	27	13	19	1.89
204387--204411	8	3.1	8	100	0	50	40	36	12	12	1.79
204436--204466	11	2.8	11	95	0	53	0	32	32	35	1.58
205289--205313	11	2.3	11	100	0	50	24	8	40	28	1.83
205616--205649	17	1.9	18	94	5	61	44	17	17	20	1.87
205735--205810	24	3.2	23	80	12	73	26	48	9	15	1.75
206125--206205	3	26.0	3	74	16	67	6	66	0	27	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206125--206203	10	7.7	10	87	5	113	6	67	0	26	1.15
206125--206208	21	4.0	21	95	1	143	5	66	0	27	1.14
207929--207967	9	4.0	9	81	18	51	33	41	23	2	1.68
207926--207979	21	2.6	21	100	0	108	33	37	24	5	1.79
207926--207981	12	5.2	12	76	24	70	33	35	25	5	1.79
208027--208075	12	4.1	12	86	0	53	26	59	10	4	1.48
208851--208875	6	4.2	6	100	0	50	52	32	16	0	1.44
209573--209615	15	2.9	15	96	0	77	39	11	48	0	1.40
209654--209694	18	2.3	18	95	0	73	31	24	34	9	1.88
210719--210750	12	2.7	12	100	0	64	21	40	37	0	1.54

Tables:   1   2