sallet_2.scaffold.fasta.s65.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold15
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  331204

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4593--4624	16	1.9	17	93	6	57	6	53	31	9	1.58
8385--8427	18	2.4	18	77	14	52	16	44	37	2	1.60
19311--19550	123	2.0	123	95	1	437	21	30	29	19	1.97
23964--24006	15	2.9	15	100	0	86	20	34	32	11	1.89
27174--27304	69	1.9	69	90	0	208	10	27	31	30	1.90
27186--27318	69	1.9	69	87	0	194	12	24	31	31	1.92
27182--27470	63	4.4	69	78	7	271	12	29	26	31	1.93
28344--28375	16	2.0	16	100	0	64	18	18	31	31	1.95
28374--28420	16	2.9	16	83	0	67	17	21	21	40	1.91
40443--40477	17	2.1	17	88	0	52	31	22	14	31	1.94
44084--44128	18	2.5	18	92	0	72	13	24	37	24	1.91
45727--45760	14	2.4	14	100	0	68	29	35	14	20	1.93
45727--45766	14	3.0	13	92	7	55	27	37	15	20	1.92
45771--45927	25	6.3	24	82	10	113	28	41	5	25	1.76
45760--45860	13	7.7	13	81	6	107	29	43	5	20	1.76
45849--45927	25	3.3	24	91	5	117	25	40	5	29	1.77
74992--75018	12	2.2	12	100	0	54	14	55	11	18	1.68
77003--77042	18	2.2	18	86	0	53	22	27	17	32	1.96
79490--79535	15	2.9	16	93	6	85	32	47	6	13	1.68
79581--79627	12	4.0	12	86	13	71	8	55	8	27	1.59
79581--79627	23	2.0	23	88	12	69	8	55	8	27	1.59
84003--84077	12	6.0	12	75	9	69	1	42	2	53	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84007--84078	9	8.3	9	75	9	69	1	43	2	52	1.24
84512--84546	9	3.9	9	84	0	52	5	48	11	34	1.63
84620--84648	9	3.2	9	100	0	58	0	44	20	34	1.52
97473--97505	9	3.7	9	100	0	66	33	54	0	12	1.37
129236--129273	12	3.2	12	92	0	67	47	34	18	0	1.49
132183--132221	12	3.2	12	85	0	60	7	23	43	25	1.80
132168--132233	24	2.8	24	80	0	87	4	28	43	22	1.73
146043--146087	15	3.2	15	72	18	51	40	0	48	11	1.39
146031--146107	27	2.9	27	84	0	100	36	3	50	9	1.52
152686--152717	2	16.0	2	93	0	55	53	0	46	0	1.00
153140--153176	12	3.1	12	96	0	65	5	35	27	32	1.79
153166--153253	36	2.4	36	88	0	131	14	26	34	25	1.94
153445--153469	9	2.8	9	100	0	50	12	48	28	12	1.76
160243--160302	30	2.0	30	93	6	104	10	33	40	16	1.82
171516--171727	9	24.2	9	80	9	197	61	2	34	1	1.18
171627--171672	24	1.9	24	90	0	74	67	2	30	0	1.03
174633--174689	18	3.2	18	97	0	105	24	43	26	5	1.75
174736--174777	21	2.0	21	85	0	57	14	42	30	11	1.81
184912--184941	12	2.5	12	94	0	51	40	13	23	23	1.90
186099--186167	14	4.7	15	80	7	88	23	10	34	31	1.88
186060--186167	12	8.0	14	74	15	79	21	9	35	34	1.85
186111--186165	29	1.9	28	88	3	83	25	10	34	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186744--186786	21	2.0	22	86	13	63	9	23	37	30	1.86
187184--187257	26	2.8	26	89	8	114	39	14	20	25	1.91
187184--187248	13	5.0	13	94	5	114	36	15	23	24	1.93
187297--187386	22	4.1	22	78	5	92	44	13	23	18	1.85
187395--187442	23	2.0	23	88	4	69	35	14	31	18	1.91
187450--187508	22	2.5	24	81	13	77	32	18	18	30	1.95
187463--187510	22	2.2	22	92	0	78	31	18	20	29	1.97
187463--187526	11	5.6	11	76	7	65	31	21	20	26	1.98
193885--193912	14	2.0	14	100	0	56	28	0	57	14	1.38
194087--194176	28	2.8	32	77	19	107	16	0	54	28	1.43
194107--194165	28	2.1	28	96	0	109	13	0	55	30	1.38
194134--194181	22	2.2	22	85	3	71	16	0	56	27	1.41
194296--194346	16	3.3	15	86	8	66	23	1	47	27	1.63
194458--194486	15	1.9	15	100	0	58	20	0	48	31	1.50
195322--195388	31	2.2	31	91	2	109	31	38	14	14	1.87
199705--199742	13	2.9	13	81	14	51	42	0	36	21	1.53
200849--200929	21	3.8	21	95	1	144	24	37	12	25	1.91
206223--206266	12	3.6	12	87	3	61	13	2	47	36	1.56
219225--219304	40	2.0	40	85	4	108	25	47	10	17	1.78
222526--222564	15	2.6	15	87	0	51	5	2	53	38	1.37
222637--222694	28	2.1	28	93	0	98	3	13	29	53	1.56
225110--225149	16	2.5	16	91	0	62	20	35	12	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225087--225156	16	4.4	16	78	3	61	22	31	8	37	1.85
225076--225172	48	2.0	48	84	4	124	23	36	8	31	1.85
226744--226795	24	2.2	23	82	3	59	7	1	51	38	1.42
226760--226822	12	5.3	12	88	3	83	3	3	53	39	1.33
228837--228968	6	20.0	6	81	17	147	48	50	0	0	1.11
228837--228968	26	5.0	26	84	12	180	48	50	0	0	1.11
228837--228968	20	6.6	20	84	10	189	48	50	0	0	1.11
228834--228962	14	9.4	14	85	9	169	48	49	0	0	1.12
232936--232999	12	5.3	12	84	0	56	48	31	15	4	1.66
239093--239125	17	1.9	17	93	0	57	57	30	3	9	1.45
240411--240524	40	2.9	40	76	6	117	30	6	36	26	1.81
240597--240660	31	2.1	30	85	2	83	20	18	26	34	1.96
242255--242315	21	2.9	21	82	0	68	22	47	19	9	1.79
246985--247029	8	5.5	8	82	15	56	28	0	51	20	1.48
247033--247077	21	2.1	22	80	19	60	22	0	44	33	1.53
247089--247116	10	2.8	10	100	0	56	21	0	46	32	1.52
247065--247106	21	2.0	21	86	13	59	26	0	38	35	1.57
251541--251622	35	2.3	35	85	6	112	19	32	29	18	1.95
251541--251622	17	4.7	18	89	3	114	19	32	29	18	1.95
251705--251771	32	2.0	34	88	5	102	29	41	16	11	1.84
255423--255471	14	3.6	14	88	5	73	34	40	4	20	1.71
258277--258357	13	6.2	13	89	0	117	30	39	0	29	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258480--258523	18	2.5	18	85	3	63	18	34	18	29	1.94
260381--260408	11	2.5	11	100	0	56	0	39	46	14	1.44
262942--262979	12	3.0	13	92	7	69	31	7	28	31	1.86
266369--266409	20	2.0	20	85	0	55	19	60	4	14	1.51
273045--273116	18	4.1	18	75	7	67	25	19	26	29	1.99
273941--273982	9	4.4	9	91	8	66	21	0	57	21	1.41
274079--274113	13	2.7	13	95	0	61	17	14	42	25	1.86
275251--275283	11	3.0	11	95	0	57	30	9	42	18	1.81
279358--279382	12	2.1	12	100	0	50	20	32	16	32	1.94
279387--279495	9	12.2	9	96	0	193	10	33	11	45	1.73
281866--281896	11	2.8	11	100	0	62	16	9	45	29	1.79
282438--282473	12	3.1	12	96	4	65	16	58	0	25	1.38
282512--282542	12	2.6	12	100	0	62	32	54	12	0	1.38
283336--283360	11	2.3	11	100	0	50	16	0	64	20	1.30
283676--283705	9	3.4	9	95	4	53	16	10	60	13	1.59
283923--283954	11	2.9	11	100	0	64	28	37	0	34	1.57
283923--283966	22	2.0	22	86	0	61	31	36	0	31	1.58
285721--285796	21	3.6	21	96	0	143	32	21	28	17	1.95
289294--289319	12	2.2	12	100	0	52	34	46	19	0	1.50
289626--289677	19	2.7	19	80	14	61	34	17	23	25	1.96
290637--290686	17	2.9	17	84	0	73	50	6	42	2	1.38
290959--291004	12	3.8	12	88	8	67	19	30	6	43	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291137--291167	12	2.6	12	100	0	62	48	41	0	9	1.36
291184--291219	18	2.1	16	90	10	54	0	55	0	44	0.99
292950--293059	18	6.3	18	78	10	111	27	23	40	8	1.83
293169--293201	13	2.6	13	90	4	50	15	3	60	21	1.48
294008--294033	12	2.2	12	100	0	52	23	76	0	0	0.78
294971--295028	10	6.0	10	80	8	75	44	22	32	0	1.53
300077--300171	34	2.7	35	85	8	129	22	31	12	33	1.91
301886--301928	10	4.3	9	86	13	50	48	0	30	20	1.50
301894--301939	23	2.1	23	92	8	78	54	0	28	17	1.43
301894--301939	11	4.2	11	94	5	76	54	0	28	17	1.43

Tables:   1   2