sallet_2.scaffold.fasta.s41.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold33
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  188308

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1103--1538	154	2.8	153	83	3	493	31	18	31	18	1.95
1851--1916	23	2.9	23	81	0	87	22	31	33	12	1.91
2592--2640	18	2.7	18	83	0	62	20	24	32	22	1.98
3063--3108	9	5.1	9	97	0	83	2	32	21	43	1.65
3028--3135	12	10.0	12	84	6	78	9	29	22	38	1.85
3214--3260	21	2.2	21	88	0	67	14	38	12	34	1.85
3989--4022	12	2.8	12	90	0	50	8	14	58	17	1.61
4276--4333	21	2.8	21	91	0	98	20	53	5	20	1.64
4274--4343	21	3.4	19	74	18	68	20	48	5	25	1.71
5753--5787	18	1.9	18	94	0	61	14	0	57	28	1.38
8973--9020	22	2.2	22	88	0	69	12	14	45	27	1.81
8973--9011	11	3.5	11	96	0	69	12	12	46	28	1.79
11202--11235	12	2.8	12	95	0	59	5	26	17	50	1.69
11906--11953	21	2.3	21	96	0	87	10	29	43	16	1.81
11968--12021	18	3.0	18	80	0	54	12	29	27	29	1.94
12018--12063	18	2.6	18	96	0	83	17	39	21	21	1.93
12836--12882	18	2.6	18	96	0	85	14	27	38	19	1.91
12965--13019	15	3.7	15	90	7	85	0	54	5	40	1.23
12955--13050	30	3.2	29	76	14	88	0	53	5	41	1.23
12997--13037	10	4.1	10	81	12	57	0	56	0	43	0.99
12965--13051	30	2.9	31	83	10	101	0	55	5	39	1.24
13045--13116	21	3.4	21	83	7	76	2	55	15	26	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13066--13161	21	4.2	24	70	22	82	2	50	14	33	1.55
13952--14005	9	6.0	9	82	0	63	7	11	40	40	1.69
13951--14004	18	3.0	18	86	0	81	5	11	42	40	1.64
13953--14009	27	2.1	27	93	0	96	8	10	42	38	1.71
14051--14145	18	5.3	18	76	9	104	17	36	26	18	1.94
14045--14109	12	5.4	12	69	7	51	16	40	27	15	1.89
14063--14145	24	3.2	24	69	18	67	18	37	25	19	1.94
14093--14172	30	2.7	30	71	11	74	17	35	25	22	1.95
14051--14161	36	3.1	34	76	7	105	17	36	26	19	1.94
14854--14883	15	2.0	15	100	0	60	0	26	46	26	1.53
15425--15487	23	2.7	25	81	16	73	14	3	61	20	1.46
18556--18646	14	6.4	14	89	2	137	34	24	13	28	1.93
18670--18765	20	4.8	20	90	2	149	11	28	12	47	1.76
21151--21190	20	2.0	20	100	0	80	35	10	25	30	1.88
21681--21767	18	4.9	18	90	4	133	14	27	25	32	1.95
22967--23003	10	3.7	10	100	0	74	51	37	0	10	1.37
23057--23103	25	1.9	24	83	12	60	10	46	0	42	1.38
23186--23224	11	3.5	11	82	0	51	30	46	10	12	1.75
23296--23335	14	2.9	13	85	10	53	17	50	0	32	1.47
23976--24035	11	5.4	11	86	7	61	28	50	13	8	1.70
23994--24053	22	2.7	22	80	10	77	28	48	11	11	1.75
24005--24040	11	3.3	11	100	0	72	27	55	8	8	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24058--24099	16	2.6	16	100	0	84	19	30	26	23	1.98
26399--26447	19	2.6	19	90	0	71	24	28	28	18	1.98
26539--26582	14	3.1	14	83	0	61	25	29	29	15	1.96
26753--26787	11	3.2	11	87	0	52	8	14	17	60	1.58
27848--27939	33	2.7	35	82	14	122	36	20	23	18	1.94
30416--30485	23	3.1	23	89	2	106	35	40	0	24	1.56
30416--30499	22	3.7	22	87	1	96	35	41	0	22	1.54
31464--31489	12	2.2	12	100	0	52	7	26	50	15	1.71
32572--32602	16	1.9	16	100	0	62	22	25	12	38	1.90
40036--40087	12	4.3	12	85	4	52	25	38	21	15	1.92
40057--40093	12	3.1	12	96	0	65	27	37	24	10	1.88
40287--40342	27	2.1	27	86	0	76	21	35	25	17	1.95
40570--40646	39	2.0	39	82	10	95	25	35	20	18	1.95
66193--66245	13	4.1	13	92	0	88	20	33	24	20	1.97
70616--70701	33	2.5	35	75	5	86	11	26	46	15	1.80
77542--77573	13	2.5	13	89	0	55	28	9	31	31	1.88
80568--80593	13	2.0	13	100	0	52	15	38	23	23	1.92
85011--85059	13	3.8	13	94	0	80	42	46	0	10	1.37
85011--85067	26	2.2	25	87	3	78	40	49	0	10	1.37
85009--85090	13	6.6	12	82	9	58	37	50	1	10	1.46
85009--85090	26	3.3	24	82	3	74	37	50	1	10	1.46
89955--89994	9	4.4	9	100	0	80	22	35	20	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90063--90116	28	1.9	28	96	0	99	16	25	27	29	1.97
90059--90126	28	2.4	28	85	4	84	19	27	26	26	1.99
90290--90345	22	2.7	21	78	8	69	48	19	14	17	1.81
91508--91550	21	2.0	21	90	0	68	9	23	41	25	1.84
91546--91608	30	2.1	29	85	2	81	7	31	28	31	1.86
91562--91633	30	2.4	30	86	4	92	6	29	30	33	1.84
91643--91677	18	1.9	18	94	0	61	2	51	25	20	1.61
92440--92525	7	11.9	7	70	23	54	20	1	50	27	1.56
92472--92511	16	2.5	16	95	0	71	25	0	47	27	1.52
92582--92636	21	2.8	19	75	20	67	27	1	40	30	1.67
93645--93719	24	3.1	24	77	9	80	37	8	42	12	1.71
94203--94253	21	2.6	19	77	14	59	15	45	13	25	1.83
94738--94762	11	2.3	11	100	0	50	20	72	0	8	1.10
95343--95476	9	15.9	9	69	16	81	44	29	17	8	1.80
95344--95471	18	7.7	16	85	11	136	44	28	18	8	1.79
97961--98003	22	1.9	23	85	4	61	46	0	41	11	1.40
97993--98027	17	2.1	17	94	0	61	54	0	31	14	1.40
99005--99045	15	2.7	15	96	0	73	14	24	24	36	1.93
104596--104630	11	3.0	12	83	8	54	20	17	54	8	1.68
113934--113990	17	3.6	16	86	6	80	5	29	43	21	1.74
121478--121543	16	4.1	16	82	0	69	16	25	21	36	1.94
121450--121543	32	2.9	32	82	0	98	19	24	21	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121548--121690	32	4.5	32	83	5	146	28	20	13	37	1.91
121725--121790	19	3.5	19	87	4	98	19	42	4	33	1.72
124186--124233	19	2.5	19	89	0	69	43	37	2	16	1.60
125373--125408	15	2.4	15	90	0	54	13	8	50	27	1.71
128979--129427	120	3.7	120	91	1	650	20	25	31	22	1.98
134051--134082	17	1.9	17	93	6	57	0	0	53	46	1.00
134397--134427	9	3.4	9	95	0	53	45	12	19	22	1.84
134397--134447	18	2.8	18	84	0	57	39	13	15	31	1.87
136906--136947	11	3.8	11	90	0	66	16	42	30	9	1.80
136906--136947	22	1.9	22	95	0	75	16	42	30	9	1.80
137191--137221	13	2.4	13	100	0	62	29	58	6	6	1.48
138120--138167	19	2.9	15	78	21	60	6	0	60	33	1.22
138097--138162	19	3.5	19	85	4	80	6	1	59	33	1.31
138280--138359	13	6.0	13	82	4	88	2	26	13	57	1.49
138314--138352	18	2.2	18	90	9	62	0	25	15	58	1.37
139964--140006	19	2.5	16	80	20	59	18	46	4	30	1.69
139969--140005	19	1.9	19	100	0	74	18	43	5	32	1.73
140140--140167	14	2.0	14	100	0	56	21	64	0	14	1.29
143962--144018	24	2.3	25	84	3	71	33	42	1	22	1.64
146783--146854	36	2.0	36	86	0	99	27	26	13	31	1.94
146915--146951	14	2.6	14	91	4	56	43	16	10	29	1.82
148752--148787	12	3.1	12	88	8	56	44	0	47	8	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148748--148787	11	3.6	11	87	9	55	45	0	45	10	1.37
149003--149045	13	3.2	13	90	6	59	23	37	23	16	1.94
151436--151516	16	5.1	16	90	1	101	33	9	46	9	1.70
151451--151516	16	4.1	16	96	0	114	34	7	46	10	1.67
151705--151819	16	7.2	16	84	2	133	13	12	30	43	1.81
151812--151858	15	3.0	16	87	6	69	25	12	31	29	1.93
151821--151873	16	3.5	15	80	12	54	30	13	26	30	1.94
151851--151932	15	5.3	16	85	5	80	29	12	28	30	1.93
151831--151932	31	3.3	31	80	4	107	29	12	28	29	1.93
152408--152486	17	4.7	17	76	1	79	30	29	21	18	1.97

Tables:   1   2