sallet_2.scaffold.fasta.s36.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold24
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  238143

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
436--475	16	2.8	14	88	11	55	25	0	37	37	1.56
432--486	16	3.7	15	76	13	51	23	1	36	38	1.66
1254--1288	10	3.5	10	92	0	61	51	0	48	0	1.00
2023--2079	17	3.4	17	92	0	87	29	19	33	17	1.95
2023--2088	34	1.9	34	84	0	87	31	19	31	16	1.94
2023--2097	17	4.4	17	85	6	71	34	20	29	16	1.94
2297--2338	15	2.8	15	100	0	84	4	54	11	28	1.57
2299--2385	15	6.0	14	80	14	79	9	58	6	25	1.54
2299--2385	29	3.0	29	74	17	81	9	58	6	25	1.54
2357--2409	14	3.9	13	81	13	54	9	64	5	20	1.44
4200--4251	21	2.5	21	72	12	52	9	1	48	40	1.47
4261--4303	11	3.9	11	75	0	50	6	0	44	48	1.29
4692--4759	8	8.1	8	85	12	84	10	38	1	50	1.46
4685--4759	24	2.9	26	84	13	93	10	38	1	49	1.46
6701--6738	20	1.9	20	88	0	58	7	26	31	34	1.85
6936--6982	14	3.4	14	96	0	85	27	38	25	8	1.85
6924--6982	28	2.3	26	82	11	68	27	37	28	6	1.82
8088--8129	10	4.4	10	79	11	52	38	45	2	14	1.58
8088--8127	18	2.2	18	95	0	71	37	45	2	15	1.59
13885--14000	3	39.7	3	75	5	112	56	43	0	0	0.99
13894--14048	14	11.2	14	88	6	201	53	45	0	0	1.09
13888--14043	6	25.0	6	82	13	129	53	44	0	0	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15263--15297	10	3.5	10	84	0	52	25	48	14	11	1.77
20610--20695	24	3.6	24	79	6	111	43	46	3	6	1.47
21524--21573	26	1.9	26	91	0	82	34	32	6	28	1.81
21643--21683	14	2.7	16	82	17	52	51	43	0	4	1.23
21654--21688	16	2.1	16	89	10	52	54	40	0	5	1.24
23480--23588	23	4.8	21	71	19	69	22	0	52	24	1.48
25521--25565	12	3.8	12	87	0	63	0	53	0	46	1.00
46199--46229	14	2.2	14	100	0	62	32	0	61	6	1.21
48707--48733	14	1.9	14	100	0	54	33	51	0	14	1.43
49731--49771	18	2.3	18	95	0	73	19	48	26	4	1.69
50415--50449	18	1.9	18	94	0	61	31	28	22	17	1.96
50470--50529	18	3.3	18	88	0	84	26	41	15	16	1.88
51697--51744	24	2.0	24	83	0	60	29	41	16	12	1.85
51738--51792	24	2.3	24	77	0	56	23	32	23	20	1.98
53348--53502	63	2.5	63	80	6	179	14	31	32	20	1.93
53620--53695	30	2.5	30	82	0	98	25	25	30	19	1.98
54299--54366	24	2.8	24	78	8	84	26	36	23	13	1.92
54464--54513	24	2.1	24	88	0	73	16	46	16	22	1.84
54521--54553	12	2.8	12	100	0	66	24	51	24	0	1.48
54913--54974	30	2.1	30	96	0	115	20	30	27	20	1.98
55271--55374	39	2.7	39	83	4	115	14	42	20	23	1.88
55287--55374	39	2.4	37	86	5	124	13	43	18	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55701--55773	21	3.5	21	80	0	83	0	41	21	36	1.54
57304--57388	13	7.0	12	72	11	66	21	0	58	18	1.38
57297--57366	35	2.0	34	97	2	131	18	0	60	20	1.36
57339--57388	25	2.0	25	88	0	73	24	0	58	18	1.40
57396--57443	15	3.2	15	96	0	87	8	0	52	39	1.32
57593--57646	11	4.9	11	86	0	72	20	20	25	33	1.97
57584--57646	22	2.9	22	80	0	72	22	20	25	31	1.98
57677--57817	11	12.8	11	84	3	153	28	26	23	21	1.99
59663--59697	12	2.9	12	100	0	70	25	34	31	8	1.86
59663--59714	24	2.2	24	86	6	70	25	30	32	11	1.91
59787--59821	18	1.9	18	94	0	61	2	25	54	17	1.57
59788--59828	18	2.3	18	86	0	55	7	21	56	14	1.63
59849--59905	24	2.3	24	82	8	71	28	12	49	10	1.73
60058--60086	12	2.4	12	100	0	58	17	41	20	20	1.90
60105--60248	18	8.0	18	87	6	98	19	44	20	15	1.87
60112--60248	54	2.5	54	89	0	220	19	44	18	16	1.87
60112--60233	36	3.4	36	90	2	174	18	45	18	17	1.85
60181--60296	33	3.4	33	77	3	88	20	43	14	21	1.88
60271--60309	15	2.6	15	91	0	69	25	41	12	20	1.88
63935--63970	13	2.7	13	86	4	54	30	33	5	30	1.81
65115--65148	16	2.1	16	94	0	59	26	26	14	32	1.95
71796--71820	12	2.1	12	100	0	50	44	24	24	8	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84055--84080	3	8.7	3	100	0	52	65	34	0	0	0.93
84055--84192	6	21.5	6	84	8	105	52	45	0	1	1.15
84058--84192	35	3.9	34	78	13	105	51	45	0	1	1.15
84082--84183	21	4.9	19	85	11	98	49	49	0	0	1.14
87647--87674	9	3.1	9	100	0	56	42	35	10	10	1.74
89779--89804	6	4.3	6	100	0	52	34	50	15	0	1.45
89780--89862	36	2.4	36	82	6	100	24	44	25	6	1.76
90362--90395	14	2.4	14	100	0	68	11	17	35	35	1.87
97908--97958	21	2.4	22	80	6	61	3	3	56	35	1.36
98346--98378	12	2.6	13	90	4	50	45	24	21	9	1.80
101841--101895	12	4.8	12	76	13	53	40	16	41	1	1.59
104780--104871	15	6.1	15	84	2	105	28	35	9	26	1.88
106761--106922	28	5.9	28	77	2	150	44	5	31	18	1.73
106961--107040	10	7.6	11	76	10	78	35	12	25	27	1.92
106961--107040	31	2.5	31	82	6	90	35	12	25	27	1.92
108266--108387	27	4.6	26	75	15	99	7	40	8	43	1.62
108365--108406	17	2.5	17	96	0	75	9	30	7	52	1.61
110906--110978	28	2.6	27	82	6	83	2	60	4	32	1.30
111940--111974	18	1.9	18	94	0	61	0	40	60	0	0.97
112605--112666	20	3.0	21	81	11	74	14	12	50	22	1.77
112614--112666	10	5.3	10	74	0	52	13	11	52	22	1.71
112729--112755	10	2.7	10	100	0	54	18	11	59	11	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112807--112845	15	2.5	15	91	4	60	38	12	33	15	1.85
112872--112917	17	2.7	17	86	0	65	41	17	21	19	1.90
114384--114419	8	4.5	8	89	0	54	33	0	52	13	1.41
114445--114524	21	3.8	21	85	6	108	18	2	47	31	1.62
114425--114524	13	7.8	13	71	20	77	19	2	48	31	1.60
114430--114512	34	2.4	35	80	6	98	18	2	46	32	1.61
114694--114718	13	1.9	13	100	0	50	16	24	32	28	1.96
116444--116479	15	2.4	15	95	0	63	19	61	13	5	1.52
116895--116927	12	2.8	12	90	0	57	33	36	18	12	1.88
116944--116975	12	2.7	12	100	0	64	31	15	46	6	1.71
117205--117239	12	2.9	12	95	0	61	2	34	31	31	1.73
117297--117346	21	2.4	21	96	0	91	28	52	20	0	1.47
117619--117662	15	2.9	15	93	0	79	20	29	27	22	1.99
117620--117671	15	3.5	15	86	5	61	19	30	28	21	1.97
117903--117958	24	2.3	24	84	0	76	7	44	33	14	1.72
118696--118774	18	4.4	18	80	6	70	13	32	30	22	1.93
118696--118774	36	2.2	36	83	0	104	13	32	30	22	1.93
118879--118903	6	4.2	6	100	0	50	32	36	32	0	1.58
118918--118976	12	4.9	12	85	6	75	10	47	23	18	1.79
119019--119064	24	1.9	24	91	8	76	15	43	21	19	1.87
121089--121118	9	3.3	9	95	0	51	10	40	36	13	1.78
121511--121592	36	2.3	36	93	0	137	10	41	25	21	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121511--121583	18	4.1	18	96	0	137	10	39	26	23	1.87
121862--121890	15	1.9	15	100	0	58	13	34	20	31	1.92
121862--121898	15	2.5	14	91	8	56	16	35	18	29	1.93
124819--124906	19	4.7	19	73	9	83	26	20	22	30	1.98
124845--124899	17	3.1	17	76	5	56	25	21	21	30	1.98
124910--124969	14	4.3	14	89	4	86	35	21	26	16	1.95
125731--125774	22	2.0	22	86	0	61	27	45	11	15	1.81
128224--128333	9	12.7	9	81	9	86	36	12	21	29	1.91
128224--128333	18	6.3	18	79	7	111	36	12	21	29	1.91
128224--128333	25	4.2	26	78	8	109	36	12	21	29	1.91

Tables:   1   2