sallet_2.scaffold.fasta.s134.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1066020

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 358 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--490	204	2.4	204	95	0	883	22	25	32	18	1.97
333--658	168	1.9	168	96	0	607	21	24	34	19	1.97
129--868	372	2.0	372	96	0	1372	22	25	33	18	1.97
1062--1096	15	2.3	15	100	0	70	22	11	42	22	1.85
12529--12644	39	2.9	40	75	20	118	27	44	6	20	1.77
12714--12754	21	2.0	21	95	0	73	26	39	17	17	1.91
12733--12784	27	2.0	27	88	3	79	23	42	15	19	1.89
16730--16771	12	3.5	12	100	0	84	23	33	33	9	1.87
20400--20426	13	2.1	13	100	0	54	22	48	14	14	1.81
30376--30441	33	2.0	33	87	0	96	15	45	28	10	1.79
31365--31436	13	5.6	13	81	3	83	34	37	6	20	1.80
31376--31436	25	2.4	26	77	5	70	34	39	6	19	1.78
33403--33480	11	6.9	12	80	17	80	24	47	17	10	1.79
33855--33931	39	2.0	39	86	0	109	33	36	6	23	1.81
33872--33931	13	4.6	13	91	0	93	36	38	3	21	1.70
33887--33970	30	2.9	30	79	10	79	32	35	5	26	1.81
33976--34043	13	5.5	13	75	16	65	35	47	0	17	1.48
33988--34043	24	2.3	24	90	0	85	35	48	0	16	1.46
34067--34104	13	2.9	13	92	0	67	31	52	5	10	1.58
36992--37035	14	3.1	14	90	0	70	27	38	25	9	1.86
37086--37121	16	2.2	16	95	0	63	5	52	13	27	1.63
37084--37141	19	3.2	18	77	20	59	6	50	10	32	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44263--44293	4	8.0	4	92	7	55	25	0	0	74	0.82
45883--45923	21	2.0	21	90	0	64	17	46	26	9	1.79
45905--45940	15	2.4	15	100	0	72	19	50	22	8	1.74
46170--46207	15	2.5	15	95	0	67	5	23	52	18	1.65
46208--46237	12	2.5	12	94	0	51	0	30	50	20	1.49
46593--46634	12	3.5	12	86	0	57	0	40	28	30	1.57
49964--50024	16	3.6	16	80	13	52	22	8	37	31	1.84
50057--50135	16	5.1	16	84	4	92	8	27	27	35	1.87
50069--50147	16	5.1	16	83	6	65	7	26	29	36	1.84
50057--50145	30	2.9	30	75	9	90	8	26	29	34	1.87
50057--50146	45	1.9	48	84	6	123	8	26	28	35	1.87
52797--52853	7	8.0	7	84	3	78	26	42	1	29	1.66
52792--52853	21	2.9	22	80	4	90	27	41	1	29	1.65
54978--55006	11	2.6	11	100	0	58	10	27	62	0	1.28
62175--62221	11	4.3	11	97	0	85	19	61	8	10	1.53
68237--68339	24	4.2	25	70	17	65	53	42	1	1	1.23
68293--68338	5	9.4	5	78	21	53	56	43	0	0	0.99
68272--68333	19	3.3	18	82	10	72	56	41	1	0	1.09
68275--68346	24	3.0	24	86	9	87	54	44	1	0	1.08
69362--69413	3	17.3	3	83	0	68	3	30	32	32	1.76
73119--73169	12	4.2	12	82	2	66	19	23	7	49	1.74
78076--78130	20	2.8	20	75	10	67	20	14	45	20	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78288--78325	19	2.0	20	84	5	51	34	52	2	10	1.50
84898--84953	22	2.6	21	78	13	51	14	1	62	21	1.40
84933--84971	14	2.8	14	100	0	78	15	5	51	28	1.64
85066--85101	12	3.0	12	100	0	72	25	16	50	8	1.73
85276--85306	16	1.9	16	93	0	53	45	38	9	6	1.63
85292--85329	11	3.5	11	85	7	60	44	28	21	5	1.73
85318--85351	16	2.1	16	100	0	68	50	32	11	5	1.63
87259--87297	9	4.1	9	87	12	60	53	0	46	0	1.00
87265--87326	11	5.7	11	80	12	67	51	0	48	0	1.00
87263--87335	22	3.4	22	77	11	71	52	0	47	0	1.00
87551--87608	25	2.4	25	97	2	109	17	56	6	18	1.62
97453--97516	15	4.3	15	86	7	94	10	43	14	31	1.79
100104--100146	9	4.8	9	97	0	77	32	13	53	0	1.41
100188--100280	30	3.2	30	84	6	120	22	15	43	19	1.88
100219--100298	30	2.7	30	88	0	106	18	23	38	18	1.93
100496--100531	18	2.0	18	88	0	54	30	13	22	33	1.93
103940--103964	9	2.8	9	100	0	50	0	12	60	28	1.32
104019--104051	12	2.8	12	100	0	66	0	9	57	33	1.30
104764--104811	19	2.6	19	80	3	62	20	6	29	43	1.76
104799--104844	22	2.1	22	95	0	83	21	15	21	41	1.90
104803--104851	22	2.2	22	88	0	71	22	14	22	40	1.90
104852--104896	20	2.2	20	88	0	72	26	8	22	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104883--104923	20	2.0	20	95	0	73	26	12	26	34	1.92
104885--104932	20	2.4	20	89	0	69	22	10	31	35	1.88
107967--108021	18	3.1	18	97	0	101	18	30	16	34	1.93
110990--111058	11	6.9	10	78	15	63	33	8	43	14	1.76
110990--111068	30	2.6	30	82	9	97	34	8	40	16	1.80
110989--111061	10	7.3	10	77	14	53	34	8	41	16	1.78
111129--111165	13	2.8	13	95	0	65	32	8	29	29	1.86
130651--130684	13	2.6	13	100	0	68	52	17	20	8	1.71
132494--132538	11	4.1	11	88	0	63	22	44	2	31	1.65
133159--133189	12	2.6	12	94	0	53	3	35	45	16	1.63
133196--133244	12	4.1	12	84	7	64	0	34	28	36	1.58
133246--133331	21	4.1	21	77	5	84	12	45	16	25	1.83
133317--133403	12	7.5	12	82	7	90	5	43	16	34	1.71
133356--133402	21	2.2	21	88	0	67	6	38	17	38	1.75
133363--133414	21	2.5	21	83	0	59	3	40	21	34	1.71
139532--139571	21	1.9	21	90	10	64	27	35	15	22	1.94
142099--142123	10	2.5	10	100	0	50	20	32	12	36	1.89
151908--152009	42	2.4	42	85	0	141	29	37	25	7	1.84
152140--152338	12	16.8	12	86	3	251	17	41	23	17	1.89
154559--154594	14	2.5	15	90	4	56	27	55	5	11	1.57
159985--160013	15	1.9	15	100	0	58	6	65	20	6	1.40
172331--172371	15	2.5	17	88	11	59	21	39	19	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172319--172367	18	2.7	18	93	0	80	16	42	20	20	1.89
172342--172380	15	2.6	15	83	0	60	15	41	23	20	1.90
172647--172674	12	2.3	12	100	0	56	21	32	28	17	1.96
173515--173544	15	2.0	15	93	0	51	13	16	43	26	1.85
173591--173630	18	2.2	18	86	0	53	2	40	7	50	1.44
173602--173654	12	4.4	12	78	0	52	3	45	1	49	1.31
173603--173654	24	2.2	24	89	0	77	3	46	1	48	1.31
173599--173642	18	2.4	18	84	0	52	4	43	4	47	1.44
179050--179089	10	4.1	10	83	3	55	15	0	60	25	1.35
179259--179292	11	3.2	11	91	4	52	14	17	50	17	1.79
179319--179359	13	3.2	13	92	0	64	19	19	41	19	1.91
182391--182511	21	5.6	22	92	4	178	40	23	12	23	1.88
182530--182616	20	4.3	20	81	8	97	10	24	24	41	1.86
198530--198555	9	2.9	9	100	0	52	11	19	57	11	1.63
215267--215323	18	3.2	18	76	0	60	0	36	26	36	1.57
215316--215371	24	2.3	25	81	6	62	3	32	21	42	1.70
216044--216079	8	4.5	8	89	0	54	11	2	33	52	1.51
219358--219420	24	2.7	24	82	4	85	20	52	14	12	1.74
220967--221016	14	3.6	14	81	10	66	26	18	14	42	1.87
220967--221028	28	2.2	28	97	0	115	24	20	14	40	1.90
220967--221028	14	4.4	14	78	11	65	24	20	14	40	1.90
221054--221105	15	3.5	15	83	0	77	28	19	13	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221316--221359	12	3.7	12	90	0	70	2	27	40	29	1.68
221316--221365	24	2.1	24	84	0	64	4	28	38	30	1.75
223232--223282	26	2.0	26	96	0	93	5	19	52	21	1.66
224267--224294	14	2.0	14	100	0	56	14	50	21	14	1.78
224821--224904	19	4.5	19	83	3	107	39	34	14	11	1.83
224821--224906	37	2.3	37	95	2	154	38	34	15	11	1.83
302958--303009	27	1.9	27	88	0	77	3	34	17	44	1.67
303094--303144	24	2.1	24	85	7	68	9	33	15	41	1.80
303161--303204	12	3.7	12	82	11	63	47	4	47	0	1.22
303309--303380	6	12.5	6	85	8	105	0	33	13	52	1.41

Tables:   1   2   3