sallet_2.scaffold.fasta.s132.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold45
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  627231

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 315 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3675--3742	19	3.6	19	82	6	93	7	4	54	33	1.48
4970--4994	12	2.1	12	100	0	50	8	16	36	40	1.77
5233--5299	12	5.7	12	75	3	55	23	19	29	26	1.98
8101--8132	12	2.8	11	90	9	55	6	0	56	37	1.25
8534--8599	13	5.2	13	80	3	73	24	51	0	24	1.48
10890--10930	9	4.6	9	84	0	55	4	51	26	17	1.65
10886--10930	18	2.5	18	85	0	63	4	48	31	15	1.65
14158--14185	10	2.8	10	100	0	56	32	7	32	28	1.84
15201--15231	15	2.1	15	93	0	53	25	38	25	9	1.86
20749--20778	10	3.0	10	100	0	60	20	30	20	30	1.97
35058--35129	24	3.1	23	75	9	67	19	52	20	6	1.68
41332--41356	3	8.3	3	100	0	50	32	36	32	0	1.58
41375--41401	9	3.0	9	100	0	54	22	55	22	0	1.44
41394--41439	15	3.5	15	67	32	50	30	39	21	8	1.84
41385--41439	24	2.3	24	100	0	110	29	41	21	7	1.80
41618--41682	11	5.9	11	79	0	67	20	18	38	23	1.93
41618--41682	33	2.0	33	84	0	85	20	18	38	23	1.93
41641--41723	22	3.8	22	70	3	69	22	19	33	24	1.97
51358--51383	10	2.6	10	100	0	52	26	0	61	11	1.30
59582--59643	27	2.3	27	82	0	79	30	40	14	14	1.86
67466--67534	9	7.7	9	93	0	93	27	13	40	18	1.88
71379--71415	15	2.5	15	95	0	65	16	24	40	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71686--71730	17	2.5	19	82	13	60	22	53	22	2	1.57
72419--72443	10	2.5	10	100	0	50	40	52	8	0	1.31
72563--72608	24	1.9	24	86	0	65	17	52	17	13	1.75
72629--72708	10	8.2	10	88	12	114	32	57	10	0	1.32
72630--72707	19	4.1	20	90	9	119	30	58	10	0	1.31
72629--72707	29	2.7	30	85	14	121	31	58	10	0	1.31
72807--72856	8	6.2	8	90	0	82	28	48	0	24	1.52
72801--72859	24	2.4	25	86	8	86	30	47	0	22	1.51
72811--72856	16	2.9	16	100	0	92	28	45	0	26	1.54
73487--73539	12	4.4	12	82	0	70	15	39	35	9	1.79
78874--78983	38	3.0	37	79	12	118	34	20	9	35	1.85
79008--79059	22	2.3	22	86	3	68	23	25	5	46	1.74
79080--79127	17	2.8	17	93	6	80	16	39	12	31	1.86
80523--80561	13	3.0	13	84	0	51	12	20	35	30	1.90
84951--85011	23	2.7	23	87	5	90	16	1	49	32	1.56
93389--93426	12	3.2	12	96	3	69	13	44	23	18	1.85
106273--106317	18	2.5	18	100	0	90	44	22	15	17	1.86
106273--106359	18	4.8	18	90	2	88	42	27	16	13	1.86
106391--106440	15	3.2	15	83	10	73	48	28	12	12	1.76
106356--106457	50	2.0	50	90	3	161	50	24	11	12	1.73
106373--106440	32	2.1	33	91	2	111	50	26	11	11	1.73
106352--106457	18	6.2	18	82	11	134	51	24	11	12	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106476--106529	18	3.0	18	91	0	90	50	29	5	14	1.66
106459--106529	36	2.1	33	86	7	97	47	29	7	15	1.71
107807--107891	42	2.0	42	83	0	107	16	28	42	12	1.85
108060--108129	27	2.4	30	79	13	101	17	37	28	17	1.92
108076--108138	27	2.3	27	94	0	108	19	41	25	14	1.89
108954--109011	18	3.2	18	82	0	71	13	25	31	29	1.94
109097--109151	15	3.9	15	74	13	62	12	29	29	29	1.93
109077--109144	27	2.5	27	95	0	118	14	32	26	26	1.95
109125--109158	15	2.3	15	94	0	59	11	20	35	32	1.89
109159--109193	12	2.9	12	100	0	70	8	34	34	22	1.85
110565--110633	18	3.8	18	96	0	120	13	1	42	43	1.52
110566--110655	18	5.0	18	93	0	117	14	4	37	43	1.66
111368--111400	15	2.2	15	94	0	57	27	12	45	15	1.81
112068--112116	16	3.0	16	85	5	71	20	0	53	26	1.46
112068--112138	9	8.1	9	80	13	60	21	0	52	26	1.47
112100--112133	10	3.5	10	92	8	61	20	0	50	29	1.49
142805--142842	20	1.9	20	94	0	67	21	7	31	39	1.82
146360--146479	12	9.5	12	79	13	89	0	15	43	40	1.53
146352--146479	24	5.1	24	76	10	112	1	16	42	39	1.58
146360--146479	36	3.2	36	73	13	105	0	15	43	40	1.53
147293--147356	21	3.3	21	63	24	59	9	29	32	28	1.88
147295--147371	36	2.1	36	92	0	127	9	25	35	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147340--147380	15	2.7	15	92	0	64	4	14	39	41	1.67
147304--147407	51	2.0	51	84	0	136	7	24	35	32	1.84
147759--147824	15	4.4	15	77	21	66	10	25	30	33	1.90
147784--147845	21	3.2	21	72	25	73	9	24	33	32	1.88
147784--147860	36	2.1	36	95	0	136	9	22	35	33	1.85
147829--147875	15	3.1	15	93	0	85	6	12	38	42	1.69
147793--147896	51	2.0	51	85	3	138	9	20	35	34	1.85
148363--148433	18	3.9	18	81	0	88	21	32	23	22	1.98
148393--148449	9	6.3	9	86	11	64	21	31	24	22	1.98
148402--148456	18	3.1	18	86	5	67	20	36	23	20	1.95
148402--148456	9	6.1	9	79	8	58	20	36	23	20	1.95
148566--148614	15	3.3	15	82	0	62	6	26	34	32	1.81
148752--148788	12	3.2	12	88	3	58	16	40	18	24	1.90
148867--149021	15	9.9	15	90	8	238	7	22	33	36	1.81
148967--149049	21	4.2	21	72	19	79	9	31	31	27	1.89
149187--149280	21	4.8	21	72	15	74	9	28	35	26	1.88
149008--149426	231	1.8	231	90	2	671	15	29	32	22	1.95
149423--149500	30	2.6	30	85	0	102	12	29	32	25	1.93
149578--149651	18	4.1	18	85	3	87	21	29	22	25	1.99
172016--172222	99	2.1	99	88	1	317	31	16	36	14	1.89
172016--172248	99	2.4	99	85	2	290	32	16	36	15	1.89
172310--172374	3	21.7	3	93	0	103	35	27	35	1	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190050--190093	18	2.5	17	81	7	52	15	34	40	9	1.79
235940--235974	12	2.9	12	91	0	52	8	31	60	0	1.27
257653--257696	9	4.9	9	77	0	52	0	22	40	36	1.54
257712--257745	9	3.8	9	84	0	50	2	44	32	20	1.67
259433--259458	11	2.4	11	100	0	52	38	46	0	15	1.46
263040--263108	20	3.5	20	83	0	84	28	24	18	27	1.98
263030--263105	40	1.9	40	86	0	107	27	26	19	26	1.99
263139--263205	20	3.3	20	82	0	98	31	34	17	16	1.93
267148--267199	18	2.9	18	94	0	86	26	5	55	11	1.58
268861--268894	10	3.4	10	91	0	50	32	35	8	23	1.86
268852--268894	20	2.2	20	82	0	50	32	34	9	23	1.87
269832--269873	15	2.9	15	86	10	52	16	7	50	26	1.71
270177--270205	12	2.4	12	100	0	58	13	24	20	41	1.89
270659--270693	11	3.2	11	95	0	61	11	37	22	28	1.89
270720--270844	15	8.1	15	92	2	160	16	56	5	22	1.61
270720--270844	47	2.7	46	87	2	171	16	56	5	22	1.61
272490--272540	21	2.4	21	100	0	102	13	35	39	11	1.82
273162--273206	9	5.0	9	94	0	81	22	24	33	20	1.97
274655--274694	15	2.6	15	88	4	53	5	17	55	22	1.61
274789--274851	18	3.5	18	80	8	83	20	22	36	20	1.95
274837--274893	21	2.7	21	86	0	78	10	26	40	22	1.86
274944--274979	9	4.0	9	85	0	54	33	22	25	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274944--274997	27	2.0	27	88	0	81	33	24	25	16	1.96
274975--275043	36	1.9	36	87	0	102	28	33	23	14	1.94
274993--275049	18	3.2	18	89	0	87	26	35	21	17	1.95
275964--276139	12	15.2	12	75	12	111	30	1	49	18	1.55
275968--276049	36	2.3	36	91	2	130	32	1	48	17	1.55
275968--276196	24	9.9	24	71	12	133	29	1	49	20	1.57
276088--276152	11	6.0	10	84	10	67	29	0	50	20	1.48
276087--276153	22	3.0	23	81	16	88	28	0	52	19	1.46
276090--276161	22	3.2	22	83	14	69	27	0	52	19	1.46
277283--277321	18	2.2	18	86	9	53	28	28	12	30	1.93

Tables:   1   2   3