sallet_2.scaffold.fasta.s129.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold67
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  681576

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2492--2544	19	2.8	19	100	0	106	5	28	22	43	1.76
3967--4036	11	6.5	11	78	3	61	2	34	1	61	1.20
3980--4024	15	3.1	15	90	3	56	2	31	2	64	1.18
3990--4046	7	7.9	7	80	7	51	0	36	1	61	1.07
3989--4030	14	2.9	14	92	3	66	0	38	0	61	0.96
20715--20856	15	10.2	15	80	15	162	40	21	25	13	1.89
20728--20779	26	2.0	26	100	0	104	42	19	23	15	1.89
20715--20833	39	3.0	41	87	6	181	41	20	25	13	1.88
20767--20812	24	1.9	24	100	0	92	36	26	23	13	1.91
25800--25883	6	14.0	6	66	0	51	28	32	20	19	1.96
25804--25847	12	3.7	12	96	0	79	25	36	15	22	1.94
25801--25904	24	4.3	24	73	6	86	28	30	22	18	1.97
25817--25904	30	2.9	30	75	6	88	28	30	22	18	1.97
25984--26063	16	4.9	16	93	3	133	35	21	25	18	1.96
25987--26074	16	5.3	18	90	4	73	32	20	28	18	1.96
27441--27483	11	3.9	11	87	0	68	27	39	9	23	1.85
27699--27725	12	2.2	12	100	0	54	25	25	48	0	1.52
29112--29143	14	2.3	14	94	0	55	15	9	25	50	1.74
29285--29410	14	9.1	14	81	3	121	23	8	46	21	1.78
29555--29580	9	2.9	9	100	0	52	30	34	34	0	1.58
30876--30946	15	4.8	15	87	1	108	21	52	1	25	1.55
32661--32722	27	2.3	27	78	15	65	8	0	69	22	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32870--32921	9	5.2	10	84	11	63	55	0	44	0	0.99
37167--37209	12	3.6	12	100	0	86	32	13	53	0	1.41
37167--37246	24	3.3	24	82	6	90	37	12	50	0	1.41
37167--37246	12	6.7	12	87	5	81	37	12	50	0	1.41
38312--38337	9	2.9	9	100	0	52	23	34	42	0	1.54
38542--38610	20	3.5	20	91	0	111	23	0	33	43	1.54
38542--38621	20	4.0	20	86	0	61	27	0	31	41	1.56
38542--38621	40	2.0	40	82	0	97	27	0	31	41	1.56
39110--39148	12	3.2	12	92	0	60	43	15	7	33	1.75
39201--39234	11	3.1	11	91	0	50	44	23	0	32	1.54
39402--39470	13	5.1	13	91	3	84	21	44	20	13	1.85
40171--40251	8	10.4	7	82	13	65	3	0	54	41	1.18
40156--40202	15	3.1	16	85	11	55	4	0	61	34	1.15
40156--40239	38	2.2	38	85	12	109	4	0	57	38	1.20
40211--40252	8	5.1	8	94	5	75	0	0	47	52	1.00
40349--40399	9	5.7	9	90	0	84	37	9	52	0	1.34
40349--40399	18	2.8	18	96	0	93	37	9	52	0	1.34
41041--41096	16	3.6	15	84	13	69	25	17	14	42	1.87
41726--41778	26	2.0	26	85	0	70	32	22	22	22	1.98
41704--41782	14	5.8	14	83	5	90	32	22	20	24	1.97
42545--42576	16	1.9	17	93	6	57	0	62	0	37	0.95
42543--42604	28	2.3	26	86	8	81	0	61	1	37	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42544--42606	9	7.1	9	77	8	58	0	60	1	38	1.07
42792--42915	51	2.5	48	75	7	140	25	39	20	15	1.91
43172--43200	12	2.4	12	100	0	58	17	41	41	0	1.49
43237--43261	12	2.1	12	100	0	50	32	60	8	0	1.26
43222--43263	21	2.0	21	90	0	66	38	54	7	0	1.28
51031--51059	14	2.1	14	100	0	58	24	27	41	6	1.80
51457--51506	9	5.9	9	84	13	70	36	46	0	18	1.49
51460--51513	9	6.0	9	87	8	56	33	50	0	16	1.46
54530--54582	19	2.8	19	94	2	90	32	24	15	28	1.95
55051--55099	10	5.0	10	80	12	57	30	26	34	8	1.86
55049--55099	19	2.6	20	81	6	68	29	27	35	7	1.85
55399--55445	15	3.2	15	93	6	87	25	27	17	29	1.97
56168--56214	14	3.5	14	88	11	80	36	12	42	8	1.74
56173--56212	12	3.2	12	92	7	62	35	15	42	7	1.75
56317--56352	18	2.0	18	100	0	72	27	0	50	22	1.50
56338--56393	20	2.8	20	88	2	85	32	0	48	19	1.49
56674--56715	13	3.2	13	93	0	75	42	0	45	11	1.41
57140--57183	11	4.0	11	100	0	88	27	45	0	27	1.54
57744--57781	9	4.2	9	90	9	60	0	68	2	28	1.03
57690--57781	43	2.2	43	81	13	102	3	61	4	30	1.31
58466--58504	3	13.0	3	83	0	51	0	35	61	2	1.10
58473--58508	18	2.1	18	89	5	56	0	41	55	2	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58558--58587	15	2.0	15	100	0	60	6	46	46	0	1.29
58559--58595	15	2.5	15	90	0	56	8	45	45	0	1.32
58767--58871	25	4.5	25	75	18	118	7	1	52	38	1.41
58792--58880	42	2.1	41	89	2	133	7	1	52	38	1.38
58799--58894	42	2.3	43	84	10	128	7	3	52	37	1.45
59201--59288	12	6.9	13	82	8	83	26	45	9	19	1.80
59193--59287	13	7.5	12	79	11	59	26	43	9	21	1.83
59337--59365	10	2.9	10	100	0	58	20	10	37	31	1.86
59365--59406	14	3.0	14	85	0	57	35	23	16	23	1.95
60507--60531	13	1.9	13	100	0	50	44	32	24	0	1.54
60660--60705	19	2.4	19	96	0	83	13	21	43	21	1.86
60660--60717	19	3.0	18	87	12	80	12	22	44	20	1.84
61273--61312	11	3.5	11	96	3	71	7	7	37	47	1.60
61692--61755	16	4.1	16	89	2	94	31	28	26	14	1.95
62126--62161	17	2.1	17	94	0	63	16	58	5	19	1.58
63203--63277	19	4.1	18	73	8	55	25	45	4	25	1.71
63384--63417	16	2.1	17	94	5	61	35	29	17	17	1.93
64559--64603	19	2.4	19	81	7	56	24	11	42	22	1.86
67059--67095	16	2.3	16	90	0	56	16	43	18	21	1.88
74923--75003	18	4.7	17	72	14	58	22	48	1	28	1.58
74941--74994	16	3.2	16	82	10	63	20	50	0	29	1.49
76888--76937	10	5.0	10	82	0	64	10	0	66	24	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77024--77074	21	2.5	20	87	9	68	43	0	52	3	1.19
77044--77072	15	1.9	15	100	0	58	41	0	55	3	1.17
77370--77397	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
77428--77465	18	2.1	18	95	0	67	31	7	34	26	1.85
77751--77800	8	6.1	8	92	2	82	12	38	2	48	1.52
77749--77809	24	2.4	25	86	8	88	11	37	1	49	1.49
77809--77863	10	5.5	10	91	0	74	5	67	0	27	1.12
77807--77863	20	2.8	20	86	0	87	5	64	0	29	1.15
77807--77863	30	1.9	30	88	0	87	5	64	0	29	1.15
78973--79013	18	2.2	19	95	4	75	24	39	24	12	1.89
79008--79071	30	2.1	30	88	0	92	32	40	20	6	1.77
79023--79069	15	3.1	15	78	0	58	36	38	19	6	1.77
82361--82385	12	2.1	12	100	0	50	52	8	24	16	1.70
85692--85822	16	8.6	16	84	6	157	32	1	39	25	1.65
86187--86231	18	2.5	18	85	0	54	8	35	24	31	1.86
86205--86240	18	2.0	18	89	10	56	11	38	19	30	1.86
86465--86498	11	3.1	11	91	0	59	11	47	8	32	1.71
87100--87180	18	4.5	18	80	0	72	25	38	35	0	1.57
87100--87181	36	2.3	37	80	6	96	25	39	35	0	1.56
92814--92885	23	3.2	23	77	18	96	43	0	51	5	1.25
92814--92885	11	6.3	12	73	22	57	43	0	51	5	1.25
93290--93350	9	7.4	9	72	20	53	24	42	31	1	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94059--94117	16	3.6	16	93	2	100	20	47	13	18	1.82
96629--96687	15	4.0	15	77	2	66	8	0	57	33	1.29
96834--96895	12	5.4	11	90	3	70	1	1	50	46	1.20
96842--96887	11	4.1	11	94	5	83	0	0	52	47	1.00
96851--96904	23	2.3	23	81	6	65	0	3	50	46	1.19
100724--100758	2	17.5	2	93	0	61	0	48	0	51	1.00
101037--101066	8	3.6	8	91	8	51	26	50	0	23	1.50
104070--104159	27	3.4	26	86	10	121	32	40	3	24	1.72
104083--104159	27	3.0	26	90	7	122	31	40	3	24	1.73
104161--104219	31	1.9	31	86	6	84	22	44	8	25	1.81

Tables:   1   2   3   4