OTU系统发育树图工具

工具简介

OTU系统发育树图工具利用`metacoder`包（R语言工具包，专门用于处理生态系统的分类数据），该工具能够解析分类树，帮助研究者识别群落中的关键组分，并可视化不同分类单元间的关系。详见官方文档。

适用情况

主要适用于生态数据中复杂的分类关系分析。例如，在研究不同环境中的微生物群落组成时，可以用该工具分析不同处理组的差异。

输入文件要求

输入文件通常是制表符分隔的文本文件，应包含以下列：

• 第一列：样本名。
• 后续列：分类单元在各样本中的丰度值（数值型）。
• 最后一列：物种或分类单元名称。

布局介绍

布局决定了图中节点元素的位置。它们通过使用igraph包来实现。任何传递给heat_tree的额外参数都会传递给igraph函数。以下是可用的布局方式：

• "automatic": 使用默认布局，让igraph选择布局方式。
• "reingold-tilford": 使用as_tree，圆形树状布局。
• "davidson-harel": 使用with_dh，一种模拟退火布局。
• "gem": 使用with_gem，力导向布局。
• "graphopt": 使用with_graphopt，力导向布局。
• "mds": 使用with_mds，基于多维尺度分析的布局。
• "fruchterman-reingold": 使用with_fr，力导向布局。
• "kamada-kawai": 使用with_kk，基于物理弹簧模型的布局。
• "large-graph": 使用with_lgl，适用于较大的图。
• "drl": 使用with_drl，力导向布局。

网络图布局

以下展示了部分用于绘制网络的布局方式，可根据分析需求选择合适的布局：

网络展示与结果解读

metacoder的网络图展示通常包含以下元素：

• 节点：表示分类单元，如科、属、种等。
• 边：连接节点之间的相关性，表示分类单元之间的关系强度。
• 颜色：不同的颜色可以表示不同的群落或样本组。
• 大小：节点大小可根据分类单元丰度调节。