功能注释结果统计

使用Eggnog数据库对Trinity组装得到的转录本进行功能注释。注释到的数据库包含以下类型：

• query: trinity组装得到的基因ID
• seed_ortholog: 预测到的正交群（ortholog）的标识符
• evalue: 正交群与序列的比对期望值（E-value），用于评估比对结果的显著性
• score: 正交群与序列的比对得分，表示它们之间的相似程度
• eggNOG_OGs: Orthologous Group (OG) 号码，用于标识正交群
• max_annot_lvl: 与正交群关联的分类学信息，例如物种或分类单元
• COG: Clusters of Orthologous Groups (COG) 号码，用于描述基因和蛋白质的进化关系
• description: 序列的描述信息或注释概述
• Preferred_name: 既gene symbol
• GOs: Gene Ontology (GO) 注释，用于描述基因功能、细胞组分和生物过程的术语
• EC: Enzyme Commission (EC) 号码，用于标识酶的催化功能
• KEGG_ko: KEGG Orthology (KO) 标识符，用于标记与KEGG数据库中代谢通路和功能相关的基因
• KEGG_Pathway: 代谢通路的注释信息
• KEGG_Module: 代谢模块的注释信息
• KEGG_Reaction: 参与的生物反应的注释信息
• KEGG_rclass: 反应类别的注释信息
• BRITE: BRITE 层次结构的注释信息，用于描述生物实体的层次分类
• KEGG_TC: Transporter Classification (TC) 号码，用于标识膜转运蛋白的分类
• CAZy: 碳水化合物活性酶库（Carbohydrate-Active enZYmes）的注释信息,包括能催化碳水化合物降解、修饰、以及生物合成的相关酶系家族
• BiGG_Reaction: Biochemical, Genetic, and Genomic (BiGG) 数据库的注释信息
• PFAM是一个用于识别和注释蛋白质家族的数据库。它将具有相似结构和功能的蛋白质归类到相同的家族中

对常用的数据库COG_category,GOs,EC,KEGG_ko,CAZy,BiGG_Reaction,PFAMs注释信息进行统计，结果如下UpSet图所示。