基因和单倍型的Nx统计

组装得到的转录本可以从多方面进行评估。首先需要对序列长度和片段化程度进行评估，组装结果包含多个短序列时会过于碎片化，这可能是测序质量差或组装不当导致的。

组装得到的基因、转录本数量和CG碱基比例如下表所示：

N50统计量（组装序列长度的中位数）常用来评估组装质量。然而简单使用N50统计量评估转录组的组装质量是不合适的，因为转录组组装的目的是恢复许多相对较短的contig，而不是少数非常长的contig，因此使用N50统计量会得到严重偏斜的组装结果统计。ExN50统计量是对传统N50统计量的修改，它避开了短的低表达转录本或长的高表达转录本的影响，使其适用于评估转录组组装。

我们可以依据Nx统计量对转录本进行组装质量评估，根据所有组装的contig计算得出N10 到 N50 值。

其中，contig长度的中位数是：531均值是：939.76，共包含132814101个碱基。

组装生成过多转录本同源异构体（isoform）时，contig N50值通常会被夸大。为了减轻这种影响，我们还将根据每个组装得到的gene的最长同源异构体来计算 Nx 值。

在只考虑每个gene的最长同源异构体的情况下，contig长度的中位数是：454均值是：783.84，共包含75851472个碱基。