一:文件夹结构与内容解释: 8.Anova_analysis │ └── [分组方案] | ├── [分组方案]_[处理组].vs.[对照组] enrichlist.csv [富集分析基因输入表格] │ ├── Domain/ [ANOVA单因素方差分析结果分析对应的下游结构域分析文件夹] │ ├── GO_enrich/ [ANOVA单因素方差分析结果分析对应的下游GO富集分析文件夹] │ ├── KEGG_enrich/ [ANOVA单因素方差分析结果分析对应的下游KEGG富集分析文件夹] │ ├── PPI_network/ [ANOVA单因素方差分析结果分析对应的下游PPI网络分析文件夹] │ ├── Physicochemical/ [ANOVA单因素方差分析结果分析对应的下游理化性质分析文件夹] │ ├── heatmap/ [ANOVA单因素方差分析结果分析对应的下游分组聚类热图文件夹] │ * ├── ANOVA_bar_of_[蛋白AccessionID].svg [某蛋白ANOVA单因素方差分析结果柱状图] │ └── [分组方案]_all_feature_anova_results.xls [ANOVA单因素方差分析结果表格] │ └── [分组方案]_all_significant_feature_barplot_of* [ANOVA单因素方差分析结果柱状图](基于Duncan法进行两两比较标记,并显示P值<0.05的差异蛋白) │ └── [分组方案]_all_significant_feature_duncan_of* [ANOVA单因素方差分析结果使用duncan法进行两两比较](基于Duncan法进行两两比较标记,并显示P值<0.05的差异蛋白) │ * └── [分组方案]_anova_deg_result.xls [ANOVA单因素方差分析结果筛选](通常基于ANOVA分析结果p值<0.05筛选的差异蛋白数量很大,并不利于寻找关键蛋白,对应一些小样本的数据表现尤其突出。所以我们默认使用p.adj<0.05对结果进行筛选。如需扩大筛选范围可使用云流程分步骤) │ * └── [分组方案]_anova_deg_sig.xls [ANOVA单因素方差分析结果筛选duncan法两两比较标记] │ * └── final_data_for_anova.xls [标准化后的蛋白质表达量矩阵,是ANOVA单因素方差分析的输入] 二、分析参数默认值: 1、 数据标准化:ANOVA单因素方差分析要求数据服从正态分布,通常我们需要对蛋白质定量数据计算相对丰度然后取log10并标准化使数据近似正态分布。 2、 带有*的结果被认为是需要老师重点关注的结果,通常为经过阈值筛选的分析结果。