一:文件夹结构与内容解释: 7.physicochemical_analysis │ └── [分组方案]_[处理组].vs.[对照组] | ├── java_echart/ [html格式的散点图结果,主要请在微科盟官网在线打开结题报告,下载文件可能由于浏览器兼容问题导致不显示] | └── Physicochemical_properties.csv [富集分析p值(p.adjust)最小的条目的条形图] │ └── cog_bar.svg [前100条蛋白质序列cog富集分析柱状图] │ └── cog_target.fasta [参与cog注释的蛋白质序列] │ └── target.fasta [差异蛋白对应的蛋白质序列] │ └── test.emapper.annotations [emapper软件根据cog.target.fasta蛋白质序列进行功能注释,注释结果中包含了各个蛋白的cog分类,预测的编码该蛋白的基因名。由于在线数据库是实时更新的当发现预测名和下机结果名不一致时应以下机数据为准] │ └── test.emapper.seed_orthologs [emapper软件根据cog.target.fasta蛋白序列进行的预测,结果包含蛋白的Accession对应的ensembl数据库中的蛋白名,常用于ID转换。同样,由于软件更新速度较在线数据库的实时更新有差距,个别id和在线数据不一致时,应以ensembl在线数据库的蛋白ID为准] 二、分析参数默认值: 1、 p值阈值: 同差异分析结果。通常为p<0.05,|log2FC|>1 2、 p值校正方法:默认none,蛋白质组学分析一键化流程默认不采用矫正后p值进行筛选。如有需要请使用流程中的分步骤功能:挑选差异蛋白或多重比较挑选差异蛋白设置相关参数得到需要的结果。