一:文件夹结构与内容解释: 4.kegg_enrichment │ └── [分组方案]_[处理组].vs.[对照组] │ ├── *enrichlist.csv [PPI蛋白互作网络分析基因输入表格] │ ├── *string_ppi_reslut.txt [PPI蛋白互作网络分析结果] │ ├── *clusterslist.txt [PPI蛋白互作网络分析聚类结果] │ ├── *string_PPI_halo.png [PPI蛋白互作网络分析上下调蛋白网络图] │ ├── *string_PPI.png [PPI蛋白互作网络分析网络图] | ├── *string_PPI_iGraph_cluster_halo.png [PPI蛋白互作网络分析上下调蛋白聚类网络图] │ └── *string_PPI_iGraph_cluster.png [PPI蛋白互作网络分析聚类网络图] 二、分析参数默认值: 1、 p值阈值: 0.05 (输入的差异蛋白已经经过差异分析p<0.05&|Log2FoldChange|>1标准筛选,在展示网络图结果时默认不再进行筛选(注意这里的p值不同于富集分析(富集结果进行筛选),而是对差异蛋白的输入进行筛选)) 2、 adjustpvalue: 1 (默认不使用校正后p值对差异蛋白输入进行筛选) 3、 展示PPI分析结果的pvalue: 0.05 ,会根据p值筛选互作网络结果,并将上下调蛋白中结果显著的蛋白在图中标记。 4、 Log2FoldChange阈值: 1 ,会根据差异分析结果中log2FC值判断蛋白质是否是上调或下调蛋白,上下调且满足pvalue<0.05的显著结果会在图中标记