一:文件夹结构与内容解释: 3.go_enrichment │ └── [分组方案]_[处理组].vs.[对照组] | ├── [分组方案]_[处理组].vs.[对照组] enrichlist.csv [富集分析基因输入表格] | └── [分组方案]_[处理组].vs.[对照组] │ ├── *ALL_barplot.svg [富集分析p值(p.adjust)最小的条目的条形图] │ ├── *ALL_cnetplot.svg [富集分析p值(p.adjust)最小的条目的基因概念网络] │ ├── *ALL_dotplot.svg [富集分析p值(p.adjust)最小的条目的气泡图] │ ├── *dagplot.png [富集分析p值(p.adjust)最小的条目三大功能分类有向无环图] │ ├── *go_result.txt [富集分析结果表格] │ ├── *idagplot.png [富集分析p值(p.adjust)最小的条目三大功能分类有向无环图,idagplot风格] │ ├── GO气泡图.pdf [富集分析p值(p.adjust)最小的条目的gseaplot] │ └── *go_symbolid.csv [带有symbol ID信息的富集分析结果表格] 二、分析参数默认值: 1、 p值阈值: 1 (输入的差异蛋白已经经过差异分析p<0.05&|Log2FoldChange|>1标准筛选,在蛋白质组学分析中通常不对富集结果进行进一步筛选以防止富集结果为空) 2、 p值校正方法:默认none,即不对富集结果进行校正 3、 绘制条目数:10,选择富集分析结果中p值最小的前10个差异蛋白进行结果展示 4、 GO条目网路图绘制条目数: 5,选择富集分析结果中p值最小的前5个差异蛋白进行结果展示