Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: C10591
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 500
Length: 5649
ACGTcount: A:0.26, C:0.23, G:0.26, T:0.25
Found at i:65 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 50--216 Score: 129
Period size: 12 Copynumber: 13.9 Consensus size: 12
40 AGTGCAAACA
*
50 TCAGTGGGCTCC
1 TCAGTAGGCTCC
* *
62 TCAGTGGGCTCA
1 TCAGTAGGCTCC
*
74 ACAGTAGGCTCC
1 TCAGTAGGCTCC
* *
86 TCAGTGGGCTCA
1 TCAGTAGGCTCC
*
98 ACAGTAGGCTCC
1 TCAGTAGGCTCC
*
110 TCAGTAGGCTCA
1 TCAGTAGGCTCC
* * *
122 ACGGTAGGTTCC
1 TCAGTAGGCTCC
*
134 TCAGTAGGCTCA
1 TCAGTAGGCTCC
*
146 AC-GATAGGCTCC
1 TCAG-TAGGCTCC
* *
158 TCGGTAGGCTCA
1 TCAGTAGGCTCC
* *
170 ACGGTAGGCTCC
1 TCAGTAGGCTCC
*
182 TCAGTAGGCTCA
1 TCAGTAGGCTCC
* *
194 ACGGTAGGCTCC
1 TCAGTAGGCTCC
*
206 TCAGTGGGCTC
1 TCAGTAGGCTC
217 AACAGGAATC
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 35, Indels: 4
0.75 0.22 0.03
Matches are distributed among these distances:
11 1 0.01
12 116 0.98
13 1 0.01
ACGTcount: A:0.19, C:0.29, G:0.30, T:0.22
Consensus pattern (12 bp):
TCAGTAGGCTCC
Left flanking sequence: Indices 1 -- 49
ATCAGTGGTGGTCCAAGTGGTTGTGTACTCGGTGCAAGCAGTGCAAACA
Right flanking sequence: Indices 217 -- 716
AACAGGAATCTCGGAGGTAACCGTCACCAAAGACCCGTCTTCGCCAGTCATGACGGCAACGATGC
CGCTGACGGTGGTGGGCTTACCGTCCGCGTCAGTGGTGGTCCAGGTGGTGGTGTACTCTGTGCAA
GCAGTGCAAACGTCTGTAGGCTCCTCGGTAGGCTCCTCGGTGGGCTCAGGCTCCTCGGTGGGCTC
AGGCTCCTCGGTAGGCTCAGGCTCCTCGGTGGGCTCAGGCTCCTCGGTGGGCTCAGGCTCCTCGG
TAGGCTCAGGCTCCTCGGTGGGCTCAGGCTCCTCAGTAGGCTCAGGCTCCTCGGTAGGCTCAGGC
TCCTCAGTAGGCTCAGGCTCCTCGGTAGGCTCAGGCTCCTCGGTGGGCTCAGGCTCCTCGGTAGG
CTCAGGCTCCTCGGTGGGCTCAGGCTCCTCGGTGGGCTCAGGCTCCTCGGTGGGCTCAGGCTCCT
CGGTGGGCTCAGGCTCCTCAGTAGGCTCAGGCTCCTCGGTAGGCT
Found at i:78 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 51--221 Score: 245
Period size: 24 Copynumber: 7.1 Consensus size: 24
41 GTGCAAACAT
* *
51 CAGTGGGCTCCTCAGTGGGCTCAA
1 CAGTAGGCTCCTCAGTAGGCTCAA
*
75 CAGTAGGCTCCTCAGTGGGCTCAA
1 CAGTAGGCTCCTCAGTAGGCTCAA
99 CAGTAGGCTCCTCAGTAGGCTCAA
1 CAGTAGGCTCCTCAGTAGGCTCAA
* *
123 CGGTAGGTTCCTCAGTAGGCTCAA
1 CAGTAGGCTCCTCAGTAGGCTCAA
*
147 C-GATAGGCTCCTCGGTAGGCTCAA
1 CAG-TAGGCTCCTCAGTAGGCTCAA
*
171 CGGTAGGCTCCTCAGTAGGCTCAA
1 CAGTAGGCTCCTCAGTAGGCTCAA
* *
195 CGGTAGGCTCCTCAGTGGGCTCAA
1 CAGTAGGCTCCTCAGTAGGCTCAA
219 CAG
1 CAG
222 GAATCTCGGA
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 9, Indels: 4
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
23 1 0.01
24 134 0.99
25 1 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.29, G:0.30, T:0.21
Consensus pattern (24 bp):
CAGTAGGCTCCTCAGTAGGCTCAA
Left flanking sequence: Indices 1 -- 50
ATCAGTGGTGGTCCAAGTGGTTGTGTACTCGGTGCAAGCAGTGCAAACAT
Right flanking sequence: Indices 222 -- 721
GAATCTCGGAGGTAACCGTCACCAAAGACCCGTCTTCGCCAGTCATGACGGCAACGATGCCGCTG
ACGGTGGTGGGCTTACCGTCCGCGTCAGTGGTGGTCCAGGTGGTGGTGTACTCTGTGCAAGCAGT
GCAAACGTCTGTAGGCTCCTCGGTAGGCTCCTCGGTGGGCTCAGGCTCCTCGGTGGGCTCAGGCT
CCTCGGTAGGCTCAGGCTCCTCGGTGGGCTCAGGCTCCTCGGTGGGCTCAGGCTCCTCGGTAGGC
TCAGGCTCCTCGGTGGGCTCAGGCTCCTCAGTAGGCTCAGGCTCCTCGGTAGGCTCAGGCTCCTC
AGTAGGCTCAGGCTCCTCGGTAGGCTCAGGCTCCTCGGTGGGCTCAGGCTCCTCGGTAGGCTCAG
GCTCCTCGGTGGGCTCAGGCTCCTCGGTGGGCTCAGGCTCCTCGGTGGGCTCAGGCTCCTCGGTG
GGCTCAGGCTCCTCAGTAGGCTCAGGCTCCTCGGTAGGCTCAGGC
Found at i:399 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 376--807 Score: 702
Period size: 18 Copynumber: 24.0 Consensus size: 18
366 GCTCCTCGGT
*
376 AGGCTCCTCGGTGGGCTC
1 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
*
394 AGGCTCCTCGGTGGGCTC
1 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
412 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
1 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
*
430 AGGCTCCTCGGTGGGCTC
1 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
*
448 AGGCTCCTCGGTGGGCTC
1 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
466 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
1 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
*
484 AGGCTCCTCGGTGGGCTC
1 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
*
502 AGGCTCCTCAGTAGGCTC
1 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
520 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
1 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
*
538 AGGCTCCTCAGTAGGCTC
1 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
556 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
1 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
*
574 AGGCTCCTCGGTGGGCTC
1 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
592 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
1 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
*
610 AGGCTCCTCGGTGGGCTC
1 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
*
628 AGGCTCCTCGGTGGGCTC
1 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
*
646 AGGCTCCTCGGTGGGCTC
1 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
*
664 AGGCTCCTCGGTGGGCTC
1 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
*
682 AGGCTCCTCAGTAGGCTC
1 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
700 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
1 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
*
718 AGGCTCCTCAGTAGGCTC
1 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
*
736 AGGCTCCTCAGTAGGCTC
1 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
*
754 AGGCTCCTCAGTAGGCTC
1 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
*
772 AGGCTCCTCAGTAGGCTC
1 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
*
790 AGGCTCCTCGGTGGGCTC
1 AGGCTCCTCGGTAGGCTC
808 CGGTGCAGGG
Statistics
Matches: 396, Mismatches: 18, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 396 1.00
ACGTcount: A:0.10, C:0.33, G:0.34, T:0.22
Consensus pattern (18 bp):
AGGCTCCTCGGTAGGCTC
Left flanking sequence: Indices 1 -- 375
ATCAGTGGTGGTCCAAGTGGTTGTGTACTCGGTGCAAGCAGTGCAAACATCAGTGGGCTCCTCAG
TGGGCTCAACAGTAGGCTCCTCAGTGGGCTCAACAGTAGGCTCCTCAGTAGGCTCAACGGTAGGT
TCCTCAGTAGGCTCAACGATAGGCTCCTCGGTAGGCTCAACGGTAGGCTCCTCAGTAGGCTCAAC
GGTAGGCTCCTCAGTGGGCTCAACAGGAATCTCGGAGGTAACCGTCACCAAAGACCCGTCTTCGC
CAGTCATGACGGCAACGATGCCGCTGACGGTGGTGGGCTTACCGTCCGCGTCAGTGGTGGTCCAG
GTGGTGGTGTACTCTGTGCAAGCAGTGCAAACGTCTGTAGGCTCCTCGGT
Right flanking sequence: Indices 808 -- 1307
CGGTGCAGGGTATGTTGAAGTCTTTGTAAACAATACACCCTGGTCATCGGTGTCTATCTCAACAA
CTCCAGATCCTGTCGCTACAACGCCTTGGTCATCAGTGGAAGTCCATGTAGACGTGTACGTCGTG
CAGTCAGTGCACGTCGGTTGCGGCTCAACCACAGAAGGTTTGCAGACACCACAGTTAGCTCCAAA
CTGAGCCTCCTCAGGAGCAGGGCCAAGGTAGGTGATAGCGTTATTACTAACGGAAATGCCTGAAA
ATGTATAAGTGGTGCGCGAGAACTTCGAGAACTCGTAACCAGGACCGATATCAAAAGTTTGCTTG
ACTAAGCCAACAAGATCCAAAGTGAGAGTGAGAATACCATCCTTGTAGGTATATTCGTTGATTTG
CAAGGAGGACCCGATCGTGTGACCTTGGCCAAACCCTCGGATCTTGTACATGTTCACCAACGCAA
TGGAACTCGTTAAAACAGCACCTTGTGAGTCTTTATCGAATTGGA
Found at i:411 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 362--393 Score: 55
Period size: 12 Copynumber: 2.7 Consensus size: 12
352 GCAAACGTCT
362 GTAGGCTCCTCG
1 GTAGGCTCCTCG
374 GTAGGCTCCTCG
1 GTAGGCTCCTCG
*
386 GTGGGCTC
1 GTAGGCTC
394 AGGCTCCTCG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 19 1.00
ACGTcount: A:0.06, C:0.31, G:0.38, T:0.25
Consensus pattern (12 bp):
GTAGGCTCCTCG
Left flanking sequence: Indices 1 -- 361
ATCAGTGGTGGTCCAAGTGGTTGTGTACTCGGTGCAAGCAGTGCAAACATCAGTGGGCTCCTCAG
TGGGCTCAACAGTAGGCTCCTCAGTGGGCTCAACAGTAGGCTCCTCAGTAGGCTCAACGGTAGGT
TCCTCAGTAGGCTCAACGATAGGCTCCTCGGTAGGCTCAACGGTAGGCTCCTCAGTAGGCTCAAC
GGTAGGCTCCTCAGTGGGCTCAACAGGAATCTCGGAGGTAACCGTCACCAAAGACCCGTCTTCGC
CAGTCATGACGGCAACGATGCCGCTGACGGTGGTGGGCTTACCGTCCGCGTCAGTGGTGGTCCAG
GTGGTGGTGTACTCTGTGCAAGCAGTGCAAACGTCT
Right flanking sequence: Indices 394 -- 893
AGGCTCCTCGGTGGGCTCAGGCTCCTCGGTAGGCTCAGGCTCCTCGGTGGGCTCAGGCTCCTCGG
TGGGCTCAGGCTCCTCGGTAGGCTCAGGCTCCTCGGTGGGCTCAGGCTCCTCAGTAGGCTCAGGC
TCCTCGGTAGGCTCAGGCTCCTCAGTAGGCTCAGGCTCCTCGGTAGGCTCAGGCTCCTCGGTGGG
CTCAGGCTCCTCGGTAGGCTCAGGCTCCTCGGTGGGCTCAGGCTCCTCGGTGGGCTCAGGCTCCT
CGGTGGGCTCAGGCTCCTCGGTGGGCTCAGGCTCCTCAGTAGGCTCAGGCTCCTCGGTAGGCTCA
GGCTCCTCAGTAGGCTCAGGCTCCTCAGTAGGCTCAGGCTCCTCAGTAGGCTCAGGCTCCTCAGT
AGGCTCAGGCTCCTCGGTGGGCTCCGGTGCAGGGTATGTTGAAGTCTTTGTAAACAATACACCCT
GGTCATCGGTGTCTATCTCAACAACTCCAGATCCTGTCGCTACAA
Found at i:2643 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 2603--2661 Score: 118
Period size: 28 Copynumber: 2.1 Consensus size: 28
2593 GAATAGCAAG
2603 CCACTTTTATATTGAACCTCAATTCAGA
1 CCACTTTTATATTGAACCTCAATTCAGA
2631 CCACTTTTATATTGAACCTCAATTCAGA
1 CCACTTTTATATTGAACCTCAATTCAGA
2659 CCA
1 CCA
2662 ATGGTAGTCT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
28 31 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.27, G:0.07, T:0.34
Consensus pattern (28 bp):
CCACTTTTATATTGAACCTCAATTCAGA
Left flanking sequence: Indices 2103 -- 2602
GCTCTCAAAACCTGAGAACTAATGCAGAGAGTCTTTGCGCATACAAACCCCAGCTGCAAGTGTTC
TGAAGTAGCTTGTTCATCGTCAAAGGCTTCGATTAATCACGGCCCTTCTCCTGGTTAGCGAGAAA
GACTGTCGGTGTTTTGATTGAAAGGACCCTGCTAAACCCTGCCACGCACAGCAATCCAAAAAACA
AAGTGTTCATCAAGCGTACAGCTATCTTCGTGAACTATCAGGTGAAGCTGATCAACAAGACTCGT
CACTATCTAAAACTATGTGGTGATATTCAGCCGCACAGTGCGTGTATGTATGGGGACGCTGAAAC
AATTAGTGCATTACAAAGTTAGAAACAAGCAACTACCGAAAGTAAAACCAAGAATGTAACGACTG
TTTTTGATCATCATTTCCGCTAAGGGTACAAAAGTGGCACCATTTTGAAAGGTCTTGGCAAACTT
TGACGTGGAGATGAAATAGTGTCTGCGAAATCTGAGAATAGCAAG
Right flanking sequence: Indices 2662 -- 3161
ATGGTAGTCTACGAGGGCGACTTCGTCTAACAATGTTCATCCGTTAATAAAGGGCCGTAGGTCAA
AAGTTTCGAAAGCTCGCACCAAGTACTTTCCTGTCAACATCGATTAGCCCCGCCTGACAGAACGC
GAAGAATCTGACACCAAACACCTTTTGAACGCGATGTTTTGGGTTGAAAGTTACGCGTTTACCCC
TTCCTGATATTTTTGACCGAACCTCTCTCTGTTTAGGTTGCCCTCTCAATCCTTGTATTGGTGTA
TCTCCTTTTGTCTATCATACACGCTTCTCCTACCAATCTGTAAACTTGATCAAATGCAATAATGA
TGACAGAGTAAAGGAATTATTCTATCCATGCTTGTAGTTTTCCTGTTGCCAAAATAATTGCACTC
GTGCATTGTTGAAGGCGGCGGAACTCGAACTCGCGAGTAGGTGATATGAGTGTGAACGTCCCCAC
ATTTTTAGCGATTATTATGAATAAAAGCGAAAATCATTAGAAATT
Found at i:5187 original size:153 final size:153
Alignment explanation
Indices: 4993--5639 Score: 809
Period size: 153 Copynumber: 4.2 Consensus size: 153
4983 GTTATTGAAG
* * * ** * *
4993 GTGGTGGTCCAAGTGGTAGG-GTACTCAGTGCACTCAAGGCAAACTGTGACG-GTAGCCTCAGAG
1 GTGGTGGTCCACGTGGT-GGTGTACTCAGTGCACTCAAGGCAACCAGTCTCGCCTAG-CACAGAG
* * * * * * *
5056 TAATTTGAAGTCTG-AGTGACCAACGACCCATTCGAGTCGGTAGTCACGTCGACAATGCCCGATC
64 TAAGTGGAAGTC-GAAGTGACCAACGACCCGTTGGAATCGGTAGTCACGTCAACAATACCCGATC
5120 CAGTGGTGGGCTTACCATCAGCACCA
128 CAGTGGTGGGCTTACCATCAGCACCA
* * *
5146 GTGGTGGTCCACGTGGTGGTGTACTCAGTGCACTCAGGGCAACCAGTCTCGCCTTGCACGGAGTA
1 GTGGTGGTCCACGTGGTGGTGTACTCAGTGCACTCAAGGCAACCAGTCTCGCCTAGCACAGAGTA
* *
5211 AGTGGACGTCGAAGTGACCAACGACCCGTTGGAATCGGTAATCACGTCAACAATACCCGATCCAG
66 AGTGGAAGTCGAAGTGACCAACGACCCGTTGGAATCGGTAGTCACGTCAACAATACCCGATCCAG
*
5276 TCGTGGGCTTACCATCAGCACCA
131 TGGTGGGCTTACCATCAGCACCA
* * ** * * ** ** *
5299 GTGGTGGTCCAGGTGGTGGTGTACTCAGTGCACTCAGGGCAGTC-G-GTGGCAGAGGGCTGAGGG
1 GTGGTGGTCCACGTGGTGGTGTACTCAGTGCACTCAAGGCAACCAGTCTCGCCTA--GCACAGAG
* * * *
5362 TAGGTGGAAGTCGAAGTGACCAACGACCCGTTGGAGTCGGTGGTCACGTCAACAATACCCGAGCC
64 TAAGTGGAAGTCGAAGTGACCAACGACCCGTTGGAATCGGTAGTCACGTCAACAATACCCGATCC
5427 AGTGGTGGGCTTACCATCAGCACCA
129 AGTGGTGGGCTTACCATCAGCACCA
* * *
5452 GTGGTGGTCCACGTGGTGGTGTACTCAGTGCACTCAAGGCAACCAGTCTCGCCTTGCACGGGGTA
1 GTGGTGGTCCACGTGGTGGTGTACTCAGTGCACTCAAGGCAACCAGTCTCGCCTAGCACAGAGTA
* * *
5517 AGAGGACGTCGAAGTGACCAACGACCCGTTGGAATCGGTGGTCACGTCAACAATACCCGATCCAG
66 AGTGGAAGTCGAAGTGACCAACGACCCGTTGGAATCGGTAGTCACGTCAACAATACCCGATCCAG
*
5582 TGGTGGGCTTACCATCAGTACCA
131 TGGTGGGCTTACCATCAGCACCA
* * *
5605 GTGGAGGTCCAGGTGGTGGTGTACTCGGTGCACTC
1 GTGGTGGTCCACGTGGTGGTGTACTCAGTGCACTC
5640 GGGACAGCCG
Statistics
Matches: 427, Mismatches: 60, Indels: 14
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
151 3 0.01
152 4 0.01
153 414 0.97
154 3 0.01
155 3 0.01
ACGTcount: A:0.22, C:0.25, G:0.32, T:0.21
Consensus pattern (153 bp):
GTGGTGGTCCACGTGGTGGTGTACTCAGTGCACTCAAGGCAACCAGTCTCGCCTAGCACAGAGTA
AGTGGAAGTCGAAGTGACCAACGACCCGTTGGAATCGGTAGTCACGTCAACAATACCCGATCCAG
TGGTGGGCTTACCATCAGCACCA
Left flanking sequence: Indices 4493 -- 4992
AAGGCGTAGAACCGAAGGGTTCAATGTTTGCCAGCACATGCGTCTCTGCAGCAATCGCCATGGGT
ATGGTATTATCGGCATCGATTGTAGCAGGTGGTGTTTCTAATTCCCTTTCTTTAGTCACGGTGGT
TGAGCCCAACGGAAGCGTGATGGTAACCAAACTGCCACCTTGAGTGTTTTCAACAATCATTGCCA
GCGACACATACACGACACCTGGGGCGACTACGGACGTTTGCACAGTCACAGACCTTTGACCCTCA
AATTGAGTGGTAGTGTAAATAGACCCGGCCAGGTCCGTGGTTACCATGATGTCACATTGTTGCGT
TACCGTGAGCGTAGAATCAATCACCGTTGTGATATGAGTTGACTTGTGTTCGCAAACGCCACATT
TGGCCAGAGTAGCGTCAGCATGAGAATCAGTTGTGGTGGTCAAAGAACCGTCTGTGTTGGTGGTC
ACATCCACGATTCCTGAAGCAGTGGACGGTTTCCCGTTATTGAAG
Right flanking sequence: Indices 5640 -- 5649
GGGACAGCCG
Found at i:5546 original size:306 final size:306
Alignment explanation
Indices: 5062--5639 Score: 1005
Period size: 306 Copynumber: 1.9 Consensus size: 306
5052 AGAGTAATTT
* * *
5062 GAAGTCTGAGTGACCAACGACCCATTCGAGTCGGTAGTCACGTCGACAATGCCCGATCCAGTGGT
1 GAAGTCTGAGTGACCAACGACCCATTCGAGTCGGTAGTCACGTCAACAATACCCGAGCCAGTGGT
*
5127 GGGCTTACCATCAGCACCAGTGGTGGTCCACGTGGTGGTGTACTCAGTGCACTCAGGGCAACCAG
66 GGGCTTACCATCAGCACCAGTGGTGGTCCACGTGGTGGTGTACTCAGTGCACTCAAGGCAACCAG
*
5192 TCTCGCCTTGCACGGAGTAAGTGGACGTCGAAGTGACCAACGACCCGTTGGAATCGGTAATCACG
131 TCTCGCCTTGCACGGAGTAAGAGGACGTCGAAGTGACCAACGACCCGTTGGAATCGGTAATCACG
*
5257 TCAACAATACCCGATCCAGTCGTGGGCTTACCATCAGCACCAGTGGTGGTCCAGGTGGTGGTGTA
196 TCAACAATACCCGATCCAGTCGTGGGCTTACCATCAGCACCAGTGGAGGTCCAGGTGGTGGTGTA
5322 CTCAGTGCACTCAGGGCAGTCGGTGGCAGAGGGCTGAGGGTAGGTG
261 CTCAGTGCACTCAGGGCAGTCGGTGGCAGAGGGCTGAGGGTAGGTG
* * *
5368 GAAGTC-GAAGTGACCAACGACCCGTTGGAGTCGGTGGTCACGTCAACAATACCCGAGCCAGTGG
1 GAAGTCTG-AGTGACCAACGACCCATTCGAGTCGGTAGTCACGTCAACAATACCCGAGCCAGTGG
5432 TGGGCTTACCATCAGCACCAGTGGTGGTCCACGTGGTGGTGTACTCAGTGCACTCAAGGCAACCA
65 TGGGCTTACCATCAGCACCAGTGGTGGTCCACGTGGTGGTGTACTCAGTGCACTCAAGGCAACCA
* **
5497 GTCTCGCCTTGCACGGGGTAAGAGGACGTCGAAGTGACCAACGACCCGTTGGAATCGGTGGTCAC
130 GTCTCGCCTTGCACGGAGTAAGAGGACGTCGAAGTGACCAACGACCCGTTGGAATCGGTAATCAC
* *
5562 GTCAACAATACCCGATCCAGTGGTGGGCTTACCATCAGTACCAGTGGAGGTCCAGGTGGTGGTGT
195 GTCAACAATACCCGATCCAGTCGTGGGCTTACCATCAGCACCAGTGGAGGTCCAGGTGGTGGTGT
*
5627 ACTCGGTGCACTC
260 ACTCAGTGCACTC
5640 GGGACAGCCG
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 15, Indels: 2
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
305 1 0.00
306 255 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.26, G:0.32, T:0.20
Consensus pattern (306 bp):
GAAGTCTGAGTGACCAACGACCCATTCGAGTCGGTAGTCACGTCAACAATACCCGAGCCAGTGGT
GGGCTTACCATCAGCACCAGTGGTGGTCCACGTGGTGGTGTACTCAGTGCACTCAAGGCAACCAG
TCTCGCCTTGCACGGAGTAAGAGGACGTCGAAGTGACCAACGACCCGTTGGAATCGGTAATCACG
TCAACAATACCCGATCCAGTCGTGGGCTTACCATCAGCACCAGTGGAGGTCCAGGTGGTGGTGTA
CTCAGTGCACTCAGGGCAGTCGGTGGCAGAGGGCTGAGGGTAGGTG
Left flanking sequence: Indices 4562 -- 5061
TATTATCGGCATCGATTGTAGCAGGTGGTGTTTCTAATTCCCTTTCTTTAGTCACGGTGGTTGAG
CCCAACGGAAGCGTGATGGTAACCAAACTGCCACCTTGAGTGTTTTCAACAATCATTGCCAGCGA
CACATACACGACACCTGGGGCGACTACGGACGTTTGCACAGTCACAGACCTTTGACCCTCAAATT
GAGTGGTAGTGTAAATAGACCCGGCCAGGTCCGTGGTTACCATGATGTCACATTGTTGCGTTACC
GTGAGCGTAGAATCAATCACCGTTGTGATATGAGTTGACTTGTGTTCGCAAACGCCACATTTGGC
CAGAGTAGCGTCAGCATGAGAATCAGTTGTGGTGGTCAAAGAACCGTCTGTGTTGGTGGTCACAT
CCACGATTCCTGAAGCAGTGGACGGTTTCCCGTTATTGAAGGTGGTGGTCCAAGTGGTAGGGTAC
TCAGTGCACTCAAGGCAAACTGTGACGGTAGCCTCAGAGTAATTT
Right flanking sequence: Indices 5640 -- 5649
GGGACAGCCG
Done.