Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: scaffold30

Parameters: 2 7 7 80 10 50 500

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 361

Length: 603
ACGTcount: A:0.17, C:0.35, G:0.24, T:0.23


Found at i:286 original size:153 final size:153

Alignment explanation


    Indices: 1--603  Score: 922
    Period size: 153  Copynumber: 3.9  Consensus size: 153

                                  *        *                                 
          1 GGACCACCACTGGTGCTGATGGTCAGCCTTCCACTGGTTCTGGTGTCGTTGACGTGACCACCGAC
          1 GGACCACCACTGGTGCTGATGGCCAGCCTTCTACTGGTTCTGGTGTCGTTGACGTGACCACCGAC

                                *             *                              
         66 GCTAACGGGTCGTTGACCACTTCGACTTCCACCTTCCCTCAGCCTTCTGCCACTGGTTGCCCTGA
         66 GCTAACGGGTCGTTGACCACCTCGACTTCCACCTACCCTCAGCCTTCTGCCACTGGTTGCCCTGA

                                 * 
        131 GTGCACTGAGTACACCACCACTT
        131 GTGCACTGAGTACACCACCACGT

                                        *                                    
        154 GGACCACCACTGGTGCTGATGGCCAGCCGTCTACTGGTTCTGGTGTCGTTGACGTGACCACCGAC
          1 GGACCACCACTGGTGCTGATGGCCAGCCTTCTACTGGTTCTGGTGTCGTTGACGTGACCACCGAC

                                                                  *          
        219 GCTAACGGGTCGTTGACCACCTCGACTTCCACCTACCCTCAGCCTTCT-CCTACCGGTTGTCCC-
         66 GCTAACGGGTCGTTGACCACCTCGACTTCCACCTACCCTCAGCCTTCTGCC-ACTGGTTG-CCCT

                                     
        282 GAGTGCACTGAGTACACCACCACGT
        129 GAGTGCACTGAGTACACCACCACGT

                 *      **  ** *  ** *   ***  *  *        *  *  *            
        307 GGACCCCCACTGACGCCAACGGTAACCCTGAGACCGGCTCTGGTGTTGTCGATGTGACCACCGAC
          1 GGACCACCACTGGTGCTGATGGCCAGCCTTCTACTGGTTCTGGTGTCGTTGACGTGACCACCGAC

                                                                          *  
        372 GCTAACGGGTCGTTGACCACCTCGACTTCCACCTACCCTCAGCCTTCTGCCACTGGTTGCCCCGA
         66 GCTAACGGGTCGTTGACCACCTCGACTTCCACCTACCCTCAGCCTTCTGCCACTGGTTGCCCTGA

                                   
        437 GTGCACTGAGTACACCACCACGT
        131 GTGCACTGAGTACACCACCACGT

                                                        *                    
        460 GGACCACCACTGGTGCTGATGGCCAGCCTTCTACTGGTTCTGGTATCGTTGACGTGACCACCGAC
          1 GGACCACCACTGGTGCTGATGGCCAGCCTTCTACTGGTTCTGGTGTCGTTGACGTGACCACCGAC

                                *                             *              
        525 GCTAACGGGTCGTTGACCACTTCGACTTCCACCTACCCTCAGCCTTCTGCTACTGGTTGCCCTGA
         66 GCTAACGGGTCGTTGACCACCTCGACTTCCACCTACCCTCAGCCTTCTGCCACTGGTTGCCCTGA

                          
        590 GTGCACTGAGTACA
        131 GTGCACTGAGTACA


Statistics
Matches: 399,  Mismatches: 47, Indels: 8
        0.88            0.10        0.02

Matches are distributed among these distances:
 152    5  0.01
 153  389  0.97
 154    5  0.01

ACGTcount: A:0.17, C:0.35, G:0.24, T:0.23


Consensus pattern (153 bp):   
GGACCACCACTGGTGCTGATGGCCAGCCTTCTACTGGTTCTGGTGTCGTTGACGTGACCACCGAC
GCTAACGGGTCGTTGACCACCTCGACTTCCACCTACCCTCAGCCTTCTGCCACTGGTTGCCCTGA
GTGCACTGAGTACACCACCACGT

Left flanking sequence: None

Right flanking sequence: None


Done.