sallet_3.scaffold.fasta.s65.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold74
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  388086

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 308 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10655--10749	15	6.5	13	80	15	82	42	30	26	1	1.62
10664--10750	30	2.9	29	81	13	104	43	29	25	1	1.62
10655--10734	14	5.5	14	83	14	92	43	31	25	0	1.55
10655--10738	15	5.7	15	85	12	97	44	29	26	0	1.55
12692--12716	12	2.1	12	100	0	50	24	24	24	28	2.00
14154--14204	24	2.1	24	82	7	59	9	11	47	31	1.73
19930--19957	6	4.7	6	100	0	56	17	0	64	17	1.30
24359--24418	30	2.0	30	90	0	93	18	20	30	31	1.96
44456--44516	25	2.4	25	91	5	95	19	19	26	34	1.96
48408--48439	15	2.1	15	94	0	55	34	3	40	21	1.69
48510--48552	18	2.5	17	88	3	59	2	4	44	48	1.36
48510--48561	17	2.9	18	91	2	79	1	3	44	50	1.31
52659--52685	9	3.0	9	100	0	54	22	44	33	0	1.53
52803--52835	13	2.5	13	90	0	57	21	15	39	24	1.91
58009--58077	27	2.6	27	90	0	102	2	31	39	26	1.71
81627--81728	28	3.6	28	89	0	159	22	8	31	37	1.85
81636--81713	14	5.6	14	71	17	72	24	10	30	34	1.89
81659--81728	14	5.0	14	73	13	72	24	8	30	37	1.85
81730--81781	19	2.7	19	81	0	68	25	15	42	17	1.88
82158--82226	29	2.3	29	90	2	102	26	46	8	18	1.78
83741--83792	17	3.5	15	85	14	72	28	25	13	32	1.93
83826--83865	14	2.7	15	92	3	64	20	35	10	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83877--84013	49	2.9	49	77	9	149	29	28	9	32	1.88
83821--83992	17	10.9	17	72	12	91	28	29	9	32	1.88
84441--84515	21	3.6	21	82	7	82	12	36	32	20	1.89
85139--85214	21	3.6	21	80	0	71	7	18	50	23	1.73
85276--85376	21	4.8	20	74	12	96	5	30	34	28	1.81
85273--85386	42	2.7	42	72	14	108	7	31	32	28	1.84
85463--85522	21	2.9	21	89	0	84	1	46	16	35	1.57
86799--86835	8	4.3	9	83	13	51	21	13	59	5	1.54
86799--86835	17	2.2	17	90	9	58	21	13	59	5	1.54
87019--87080	23	2.6	24	87	5	90	11	0	54	33	1.36
87014--87085	12	6.2	12	72	16	62	11	0	52	36	1.37
87424--87484	15	4.1	14	76	17	61	29	4	37	27	1.78
87426--87484	30	2.0	30	83	6	75	30	5	35	28	1.79
91691--91736	17	2.6	18	79	3	58	8	6	69	15	1.34
91873--91907	17	2.1	17	94	5	63	11	0	65	22	1.24
92851--92978	18	7.1	18	77	13	122	0	42	0	57	1.04
92851--92936	9	9.2	9	75	11	75	0	41	0	58	0.98
92859--92966	27	4.1	27	73	23	97	0	43	0	55	1.06
92853--92948	9	11.0	9	73	14	69	0	43	0	56	0.99
92894--92977	30	3.0	27	81	11	89	0	44	1	54	1.07
106951--106992	14	2.9	14	89	3	66	11	16	42	28	1.84
110244--110278	18	1.9	18	94	0	61	5	31	45	17	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111093--111137	13	3.5	13	87	0	63	33	4	37	24	1.76
117847--117891	23	2.0	23	90	0	72	4	46	0	48	1.22
138444--138492	21	2.3	21	78	0	53	46	14	36	2	1.56
138459--138488	12	2.5	12	94	0	51	50	20	30	0	1.49
150718--150768	12	4.2	12	97	0	93	37	23	39	0	1.55
150714--150770	12	4.4	14	86	11	54	38	22	38	0	1.55
158726--158771	21	2.2	21	92	0	74	15	39	23	21	1.92
158903--158942	9	4.4	9	96	0	71	17	32	27	22	1.96
158912--158970	18	3.1	18	77	13	64	20	42	22	15	1.89
158926--158969	21	2.1	21	86	0	61	22	47	20	9	1.78
158912--158970	9	6.2	9	83	11	55	20	42	22	15	1.89
161004--161083	15	5.1	15	75	8	70	16	27	41	15	1.88
161000--161041	18	2.5	17	81	11	52	16	23	45	14	1.84
161000--161083	33	2.7	30	74	5	78	17	27	40	14	1.88
160968--161080	48	2.3	49	83	4	138	16	26	42	14	1.86
161058--161086	15	1.9	15	100	0	58	20	27	37	13	1.91
161066--161128	21	3.0	21	83	0	90	12	28	39	19	1.88
161108--161140	15	2.2	15	94	0	57	15	30	39	15	1.88
161148--161363	15	14.3	15	71	7	132	28	26	36	8	1.86
161148--161281	30	4.5	30	85	3	164	29	28	35	7	1.84
161144--161281	60	2.3	60	87	2	188	28	28	34	7	1.85
161144--161363	45	4.8	45	75	6	167	28	27	35	8	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161269--161363	33	3.0	33	84	4	115	29	25	35	9	1.87
161266--161363	48	2.1	45	83	7	117	29	25	35	9	1.87
161659--161697	18	2.2	18	90	0	60	15	28	33	23	1.95
162495--162625	15	8.7	15	81	0	145	25	27	38	8	1.84
162516--162625	30	3.7	30	93	0	184	28	27	38	6	1.81
162486--162622	45	3.0	45	84	0	166	25	26	40	8	1.83
170568--170606	16	2.2	18	78	21	55	0	53	15	30	1.42
170574--170606	16	2.1	16	100	0	66	0	54	12	33	1.37
179553--179603	17	3.1	17	72	16	52	31	15	33	19	1.93
184010--184102	42	2.2	42	84	0	114	25	34	27	11	1.91
184150--184190	21	2.0	21	90	0	64	39	26	24	9	1.86
184444--184516	21	3.5	21	73	14	78	27	21	43	6	1.78
184820--184899	21	3.8	21	78	6	81	32	17	46	3	1.66
184811--184890	42	1.9	42	84	0	106	32	17	46	3	1.66
184838--184994	42	3.7	42	78	1	145	32	20	40	7	1.79
184838--184995	21	7.5	21	73	1	93	32	20	39	6	1.80
185039--185130	21	4.4	21	77	2	87	38	17	33	10	1.85
185036--185128	42	2.2	42	90	0	141	38	16	34	10	1.83
184925--185245	135	2.4	134	86	2	426	34	18	34	12	1.88
185049--185129	42	1.9	42	94	0	144	37	16	35	11	1.84
185171--185473	135	2.2	135	78	6	319	33	21	33	11	1.89
185093--185358	114	2.3	113	79	5	302	34	19	34	11	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185285--185380	21	4.5	22	77	12	87	37	20	33	8	1.83
185354--185545	93	2.1	93	83	3	235	31	24	32	11	1.91
185420--185472	21	2.5	22	87	6	74	39	22	32	5	1.78
185582--185643	21	3.0	21	85	0	88	35	25	30	8	1.85
190197--190277	19	4.3	19	91	0	117	43	30	19	6	1.76
191379--191426	15	3.2	15	84	0	60	12	2	54	31	1.49
191450--191483	13	2.5	13	90	4	50	2	0	47	50	1.16
191740--191794	16	3.4	16	75	5	56	23	43	5	27	1.75
195318--195360	15	2.9	15	83	13	61	0	46	32	20	1.51
201386--201421	12	3.0	12	91	0	63	52	0	47	0	1.00
201561--201591	9	3.4	9	100	0	62	32	12	32	22	1.92
201561--201600	18	2.2	18	86	0	53	30	20	30	20	1.97
201585--201645	18	3.4	18	81	0	68	24	40	22	11	1.87
201775--201870	42	2.3	42	81	1	120	16	48	23	10	1.77
202100--202129	15	2.0	15	93	0	51	23	50	20	6	1.71
206927--206986	16	3.6	17	74	14	54	11	8	28	51	1.67
206947--206986	16	2.5	16	91	0	62	12	7	27	52	1.66
206977--207091	31	3.7	31	84	2	158	13	11	30	44	1.79
206977--207079	16	6.6	16	75	3	93	13	11	30	44	1.79
206977--207046	9	8.9	9	69	28	52	12	10	34	42	1.77
208577--208620	21	2.1	21	100	0	88	22	36	31	9	1.86
208814--208849	11	3.3	11	92	0	54	13	0	50	36	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212271--212316	24	1.9	24	82	8	58	41	26	21	10	1.86
212433--212466	11	3.1	11	95	0	59	32	61	0	5	1.20
212420--212473	11	4.5	12	88	9	58	35	59	0	5	1.21
214161--214218	13	4.4	14	80	10	61	10	1	50	37	1.47
214161--214219	12	4.5	13	81	10	59	10	1	49	38	1.47
214166--214219	25	2.1	25	86	3	72	11	1	48	38	1.50
218478--218546	28	2.5	28	88	2	95	28	23	34	13	1.92
233365--233408	15	2.7	16	82	13	54	15	18	45	20	1.85
233991--234083	42	2.4	38	85	10	118	20	29	38	11	1.88
234021--234092	21	3.4	21	66	11	58	19	31	40	8	1.81

Tables:   1   2   3