Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: scaffold3

Parameters: 2 7 7 80 10 50 500

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 500

Length: 8900
ACGTcount: A:0.25, C:0.25, G:0.24, T:0.25


Found at i:234 original size:129 final size:128

Alignment explanation


    Indices: 1--2469  Score: 2886
    Period size: 129  Copynumber: 19.1  Consensus size: 128

                  *                    *  *     *          *   *  **   *     
          1 CTGTCTTGAGTGCACTCAGTACACCACCACCTGGACCACGACGGATGAGAATGGCCAAGCGAGCA
          1 CTGTCTCGAGTGCACTCAGTACACCACTACGTGGACGACGACGGATGCG-ACGGTAAAGTGAGCA

                   *           *                                   *        
         66 CTGGTACAGGTATTGTTGCCGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACAACGAATGA
         65 CTGGTACGGGTATTGTTGCTGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACGACGAATGA

                                       *        *          *   *  **   *     
        130 CTGTCTCGAGTGCACTCAGTACACCACCACGTGGACCACGACGGATGAGAATGGCCAAGCGAGCA
          1 CTGTCTCGAGTGCACTCAGTACACCACTACGTGGACGACGACGGATGCG-ACGGTAAAGTGAGCA

                   *           *              *                 *     *     
        195 CTGGTACAGGTATTGTTGCCGTGACCACCGACTCCAACGGGTCGTTGTACACGACGACTAATGA
         65 CTGGTACGGGTATTGTTGCTGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACGACGAATGA

            *                          *        *         **   *  ** * **    
        259 TTGTCTCGAGTGCACTCAGTACACCACCACGTGGACCACGACGGATAAGAATGGCCAGGCCAGCA
          1 CTGTCTCGAGTGCACTCAGTACACCACTACGTGGACGACGACGGATGCG-ACGGTAAAGTGAGCA

                      *  *     *                                   *        
        324 CTGGTACGGGCATCGTTGCCGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACTACGAATGA
         65 CTGGTACGGGTATTGTTGCTGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACGACGAATGA

                              *                    *    * *                  
        388 CTGTCTCGAGTGCACTCAATACACCACTACGTGGACGACCACTGCAGGCGACGGTAAAGTGAGCA
          1 CTGTCTCGAGTGCACTCAGTACACCACTACGTGGACGACGAC-GGATGCGACGGTAAAGTGAGCA

                              *                                    *        
        453 CTGGTACGGGTATTGTTGATGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACTACGAATGA
         65 CTGGTACGGGTATTGTTGCTGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACGACGAATGA

            *     *     *              *  *     *       * *                  
        517 TTGTCTTGAGTGTACTCAGTACACCACCACCTGGACCACGACTGCAGGCGACGGTAAAGTGAGCA
          1 CTGTCTCGAGTGCACTCAGTACACCACTACGTGGACGACGAC-GGATGCGACGGTAAAGTGAGCA

                      *  *    *               *                    *        
        582 CTGGTACGGGCATCGTTGATGTGACCACCGACTCCAACGGGTCGTTGTACACAACTACGAATGA
         65 CTGGTACGGGTATTGTTGCTGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACGACGAATGA

                                       *  *     **         *   *  **   *     
        646 CTGTCTCGAGTGCACTCAGTACACCACCACATGGACTTCGACGGATGAGAATGGCCAAGCGAGCA
          1 CTGTCTCGAGTGCACTCAGTACACCACTACGTGGACGACGACGGATGCG-ACGGTAAAGTGAGCA

                   *           *                                   *        
        711 CTGGTACAGGTATTGTTGCCGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACTACGAATGA
         65 CTGGTACGGGTATTGTTGCTGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACGACGAATGA

            *     *           *           *     *     *   **   *  ** * **    
        775 TTGTCTTGAGTGCACTCAATACACCACTACATGGACCACGACTGATAAGAATGGCCAGGCCAGCA
          1 CTGTCTCGAGTGCACTCAGTACACCACTACGTGGACGACGACGGATGCG-ACGGTAAAGTGAGCA

                   *                                *     *     *     *     
        840 CTGGTACAGGTATTGTTGCTGTGACCACCGACTCTAACGGTTCGTTATACACGACGACTAATGA
         65 CTGGTACGGGTATTGTTGCTGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACGACGAATGA

            *                                   *     * * *            *     
        904 TTGTCTCGAGTGCACTCAGTACACCACTACGTGGACTACGATTGCAGGCGACGGTAAAGAGAGCA
          1 CTGTCTCGAGTGCACTCAGTACACCACTACGTGGACGACGA-CGGATGCGACGGTAAAGTGAGCA

                                                                   *        
        969 CTGGTACGGGTATTGTTGCTGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACTACGAATGA
         65 CTGGTACGGGTATTGTTGCTGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACGACGAATGA

                              *                    *    * *                  
       1033 CTGTCTCGAGTGCACTCAATACACCACTACGTGGACGACCACTGCAGGCGACGGTAAAGTGAGCA
          1 CTGTCTCGAGTGCACTCAGTACACCACTACGTGGACGACGAC-GGATGCGACGGTAAAGTGAGCA

                       *                      *                 *     *     
       1098 CTGGTACGGGTGTTGTTGCTGTGACCACCGACTCCAACGGGTCGTTGTACACGACGACTAATGA
         65 CTGGTACGGGTATTGTTGCTGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACGACGAATGA

                        *     *                    *    * *                  
       1162 CTGTCTCGAGTGTACTCAATACACCACTACGTGGACGACCACTGCAGGCGACGGTAAAGTGAGCA
          1 CTGTCTCGAGTGCACTCAGTACACCACTACGTGGACGACGAC-GGATGCGACGGTAAAGTGAGCA

                       *                                           *        
       1227 CTGGTACGGGTGTTGTTGCTGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACTACGAATGA
         65 CTGGTACGGGTATTGTTGCTGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACGACGAATGA

            *     *     *              *  *     *       * *                  
       1291 TTGTCTTGAGTGTACTCAGTACACCACCACCTGGACCACGACTGCAGGCGACGGTAAAGTGAGCA
          1 CTGTCTCGAGTGCACTCAGTACACCACTACGTGGACGACGAC-GGATGCGACGGTAAAGTGAGCA

                      *  *    *                                 *     *     
       1356 CTGGTACGGGCATCGTTGATGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACGACGACTAATGA
         65 CTGGTACGGGTATTGTTGCTGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACGACGAATGA

                              *           *        *  * *                    
       1420 CTGTCTCGAGTGCACTCAATACACCACTACTTGGACGACCACCGCTGGCGACGGTAAAGTGAGCA
          1 CTGTCTCGAGTGCACTCAGTACACCACTACGTGGACGACGACGGAT-GCGACGGTAAAGTGAGCA

                              *               *              *  *     *     
       1485 CTGGTACGGGTATTGTTGATGTGACCACCGACTCCAACGGGTCGTTGTATACGACGACTAATGA
         65 CTGGTACGGGTATTGTTGCTGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACGACGAATGA

                                       *  *     *          *   *   *   *  ** 
       1549 CTGTCTCGAGTGCACTCAGTACACCACCACCTGGACCACGACGGATGAGAATGGTCAAGCGAAAA
          1 CTGTCTCGAGTGCACTCAGTACACCACTACGTGGACGACGACGGATGCG-ACGGTAAAGTGAGCA

                                              *                 *     *     
       1614 CTGGTACGGGTATTGTTGCTGTGACCACCGACTCCAACGGGTCGTTGTACACGACGACTAATGA
         65 CTGGTACGGGTATTGTTGCTGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACGACGAATGA

                              *           *        *  * *                    
       1678 CTGTCTCGAGTGCACTCAATACACCACTACTTGGACGACCACCGCTGGCGACGGTAAAGTGAGCA
          1 CTGTCTCGAGTGCACTCAGTACACCACTACGTGGACGACGACGGAT-GCGACGGTAAAGTGAGCA

                              *                *                *     *     
       1743 CTGGTACGGGTATTGTTGATGTGACCACCGACTCTTACGGGTCGTTGTACACGACGACTAATGA
         65 CTGGTACGGGTATTGTTGCTGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACGACGAATGA

                                          *        *  * *                    
       1807 CTGTCTCGAGTGCACTCAGTACACCACTACTTGGACGACTACCGCTGGCGACGGTAAAGTGAGCA
          1 CTGTCTCGAGTGCACTCAGTACACCACTACGTGGACGACGACGGAT-GCGACGGTAAAGTGAGCA

                              *               *                 *     *     
       1872 CTGGTACGGGTATTGTTGATGTGACCACCGACTCCAACGGGTCGTTGTACACGACGACTAATGA
         65 CTGGTACGGGTATTGTTGCTGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACGACGAATGA

                        *                 *        *  * *                    
       1936 CTGTCTCGAGTGTACTCAGTACACCACTACTTGGACGACTACCGCTGGCGACGGTAAAGTGAGCA
          1 CTGTCTCGAGTGCACTCAGTACACCACTACGTGGACGACGACGGAT-GCGACGGTAAAGTGAGCA

                      *  *                                         *        
       2001 CTGGTACGGGCATCGTTGCTGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACTACGAATGA
         65 CTGGTACGGGTATTGTTGCTGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACGACGAATGA

                              *                    *    * *                  
       2065 CTGTCTCGAGTGCACTCAATACACCACTACGTGGACGACCACTGCAGGCGACGGTAAAGTGAGCA
          1 CTGTCTCGAGTGCACTCAGTACACCACTACGTGGACGACGAC-GGATGCGACGGTAAAGTGAGCA

                       *                                           *        
       2130 CTGGTACGGGTGTTGTTGCTGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACAACGAATGA
         65 CTGGTACGGGTATTGTTGCTGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACGACGAATGA

                  *     *              *  *     *         **   *  ** * **    
       2194 CTGTCTTGAGTGTACTCAGTACACCACCACCTGGACCACGACGGATAAGAATGGCCAGGCCAGCA
          1 CTGTCTCGAGTGCACTCAGTACACCACTACGTGGACGACGACGGATGCG-ACGGTAAAGTGAGCA

                      *  *    *              *   *              **    *     
       2259 CTGGTACGGGGATCGTTGATGTGACCACCGACTTTAATGGGTCGTTGTACACGTCGACTAATGA
         65 CTGGTACGGGTATTGTTGCTGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACGACGAATGA

                  *                    *           *    * *                  
       2323 CTGTCTTGAGTGCACTCAGTACACCACGACGTGGACGACCACTGCAGGCGACGGTAAAGTGAGCA
          1 CTGTCTCGAGTGCACTCAGTACACCACTACGTGGACGACGAC-GGATGCGACGGTAAAGTGAGCA

                              *          *  *                      *        
       2388 CTGGTACGGGTATTGTTGATGTGACCACCAACCCTAACGGGTCGTTGTACACAACTACGAATGA
         65 CTGGTACGGGTATTGTTGCTGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACGACGAATGA

                *    *        
       2452 CTGTTTCGAATGCACTCA
          1 CTGTCTCGAGTGCACTCA

       2470 CTATCTCGAT


Statistics
Matches: 2070,  Mismatches: 260, Indels: 20
        0.88            0.11        0.01

Matches are distributed among these distances:
 128    9  0.00
 129  2051  0.99
 130   10  0.00

ACGTcount: A:0.25, C:0.27, G:0.26, T:0.22


Consensus pattern (128 bp):   
CTGTCTCGAGTGCACTCAGTACACCACTACGTGGACGACGACGGATGCGACGGTAAAGTGAGCAC
TGGTACGGGTATTGTTGCTGTGACCACCGACTCTAACGGGTCGTTGTACACAACGACGAATGA

Left flanking sequence: None

Right flanking sequence: Indices 2470 -- 2969
CTATCTCGATCCTGTGACGACTGTTTTGGATGATGGTGAAATCTATGAGCTCATTGCTATTGTTG
AGTCCACTTCCCAATTGGAAGGAGATATTCACACTACCGTCTACGAAAACTTGGACTGCACCCTG
TGTACTATCACGCTGGCCACTTCGAATATCCAAGTATTCAATTCTGGTGGCATCGACTTGAATGG
TAGTTCGGCGACCTTGTCGGGGAATTTCAACATCTCTGAATGTTTAGATTGTTCGGAGAACGAAA
TGACTTCGACAATTGTCAATGAACAAGGTGTATTTGCAACTGTTTTAGGTTCAGTGACAACAGAT
GCGGAAGGGTCTCCAACCACTTTGCAGCCTACTCTCGGTGGTGACGATTGTGCGGGCTGTACCAT
TTATACCACAACATGGACCTCCACGGGTTCAGAAGGGGAGGAATTCACTATTGCTGGTGTTGTAA
ATGTCACCACTGACACCGACGGATTGCCAGTCACGTCTACACGTA



Done.