Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: C10837
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
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Found at i:8465 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 8448--8473 Score: 52
Period size: 12 Copynumber: 2.2 Consensus size: 12
8438 GTTGCCTCCT
8448 CCACCAAACCAG
1 CCACCAAACCAG
8460 CCACCAAACCAG
1 CCACCAAACCAG
8472 CC
1 CC
8474 CTTCTGTTGC
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 14 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.54, G:0.08, T:0.00
Consensus pattern (12 bp):
CCACCAAACCAG
Left flanking sequence: Indices 7948 -- 8447
TGGTCATCAGTTTAAGGGCCGCCTTCACCGACTTATCCGCAGCCCCATCCAAGGGGTTATCCTCA
TAGCTGATCGAAAGGAACGGGTCGGCGTCATCGTCGTCAAGCTCCGTTTCGTGTTCATGGCCAAG
CTCTTGTACGGAAACCACATGTTTGTAAAGAGAAGTGCCCGTACCGTCCTCAACTCGGAACTCAT
TGAGATTGAACTCCACAAGATTCAGATCCGTACGTGCCTTGAGATCTATGGCACATCCTTCAAAC
ACCATCTCTCCGAGCAAAGCCGCCTTGCGATTGATTGTGATTCCTCCACGGTGTAAGTGAGCCCG
CACTGAGTACTGAACCCACTCTCGAGGCATAGTTTGTGGCTCGGGCTCAGGAGTGCCGTGAAAGT
CAATCGTGTCGTAAAGTGCGTCCCGTTGTTCTTGAGAAAGAGAAAACGTGCCTGGAACAACTGTG
TCATCGGCAGGCACCGAGTCGGACCCTTGGGCCTTGTTGCCTCCT
Right flanking sequence: Indices 8474 -- 8973
CTTCTGTTGCGGCGCCTGGGTGGCCTTGGGCTTAAGTCCCTTCTCTTTCATCTCCTTGCGGGCTA
CACCGCGGAACCACTCAATATCCTCGAGTGAAAGCTCGTCCTCAAGCTCTTTAAGCGGGTCAGTG
CCCATGAAGTCCTGGTTCTTGCCAATAAGACGGTCAATGTAGAGCTCGACGTACTCCTTACGCTG
ATCACGCCGCTTCTTGAAATGCTCCCATGTCCACTGCTCGTGCTTCGTGTGGACCTCATCAAGCA
CTGCCTCTGCGGCAAACCGAAACCACCCAAGAGGATCTTCCAGGGGTTTGGTGTCTGGCTTAAAC
TTGCGATACTTGCTGGTTTTCTGGTACCAGTGGAACTTCAGTGCCGTTGCTACAAGGTCCTGATA
CTGGTTGTCGTCTAAAACAAGTCCGAACTCCTCGAACAGCACGTCACCATCAATTTTAGGCGTCA
GTGCCGTTGCTCCACCCTTGTGCATCGTCACTTTACCCAGACCTG
Found at i:22630 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 22613--22644 Score: 55
Period size: 12 Copynumber: 2.7 Consensus size: 12
22603 GTATCCGGAA
22613 CCGGTGGGAAGG
1 CCGGTGGGAAGG
22625 CCGGTGGGAAGG
1 CCGGTGGGAAGG
*
22637 CCAGTGGG
1 CCGGTGGG
22645 GTGAGTGTGC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 19 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.19, G:0.56, T:0.09
Consensus pattern (12 bp):
CCGGTGGGAAGG
Left flanking sequence: Indices 22113 -- 22612
TTGTTCAAAGTACTCAGGAGTACTTGCTGAGAGTATAGAGACTCGCCTCAAAATGTTCAATTTAG
TAGCTAGTAGGTCATATATCTATGACTTTCTGTTATCTTACTTGCTTGGAATGGCTGTTGATTCA
CACACGAAACTTAAGATGCATCCAAATTCGCAGCCATTATACAATGCTCGCACATGAATCCCAAA
AACTAAGCGGTGATACTTGCGACTTGATTTAAATTCAGAAGACTCGGGAGATCTTCTAACAAGAT
TGTAAAACAGCCATATCTTAAATTACCTATCTAAAGATGGTGGTTCGGGGTATTCGCCCGGACGA
AAAAAGTCGAAAGAGAAAATCGATGGGTATTTATGCGGTAGGCAACACCAACCAGTACTCGGTGG
CGGTTACCGTCATTGTCACCTTGGTAACAAGGCAGCCCGAGGGAACGGGCGGGTTAGTAAACGTC
ACATCAGGAGGTCCAGCGGTAGCGGTAATGGTAGTGTATCCGGAA
Right flanking sequence: Indices 22645 -- 23144
GTGAGTGTGCCCACCATCACCACCAGTGGGAACTAATCCGCTGGTGGTGATGGGGTGAACATTGC
CACCTGTTGTAGGGTTGGGGTTACCGCCGTCGGTCGCGGTGGGTTTACCGCCGTTGCCACCGTTG
GTAGGGATGGGGTTGCCACCGTCACCGCCGTTACCGCCGTTACCGCCGTTGCCACCGTTGCCACC
GTGGTCGCCGCCGTTACCGCCGTTGCCGCCGTTGCCGCCATTGCCACCATTGCCACCGTTGGTAG
GGTTGGGGTTACCACCGTTGGTTGCAGTGGGGCTACCGCCGTTGCCGCCGTTGGTAGGGTTGGGG
TTACCGCCGTTACCGCCGTTGCCGCCGTTGGTAGGATTAGGGATACCACCGTCGGTCGCAGTGGG
GTTGCCGCCGTTACCGCCGTTACCGCCGTTGCCACCGTTGGTAGGGTTGGGGTTGCCGCCGCTGC
CGCCGTTACCGCCGTTGCCACCGTTGGTAGGGTTGGGGTTGCCGC
Found at i:22779 original size:57 final size:58
Alignment explanation
Indices: 22706--22979 Score: 155
Period size: 57 Copynumber: 4.6 Consensus size: 58
22696 GGGGTGAACA
*
22706 TTGCCACCTGTT-GTAGGGTTGGGGTTACCGCCGTCGGTCG-CGGTG-GGTTTACCGCCG
1 TTGCCACC-GTTGGTAGGGTTGGGGTTACCGCCGTCGGCCGCCGGTGCGG-TTACCGCCG
* * * * * *
22763 TTGCCACCGTTGGTAGGGATGGGGTTGCCACCGTC-ACCGCCGTTACCGCCGTTACCGCCG
1 TTGCCACCGTTGGTAGGGTTGGGGTTACCGCCGTCGGCCGCCGGT---GCGGTTACCGCCG
** * * * * * * *
22823 TTGCCACCGTTGCCACCGTGGTCGCCGCCGTTACCGCCGT-TGCCGCCGTTGCCGCCATTGCCAC
1 TTGCCACCGTTGGTA--G-GGTTG--G-GGTTACCGCCGTCGGCCGCCGGTG-CG--GTTACCGC
*
22887 CA
57 CG
* * ** * * *
22889 TTGCCACCGTTGGTAGGGTTGGGGTTACCACCGTTGGTTG-CAGTGGGGCTACCGCCG
1 TTGCCACCGTTGGTAGGGTTGGGGTTACCGCCGTCGGCCGCCGGTGCGGTTACCGCCG
*
22946 TTGCCGCCGTTGGTAGGGTTGGGGTTACCGCCGT
1 TTGCCACCGTTGGTAGGGTTGGGGTTACCGCCGT
22980 TACCGCCGTT
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 38, Indels: 34
0.69 0.16 0.15
Matches are distributed among these distances:
56 5 0.03
57 68 0.42
59 1 0.01
60 36 0.22
61 4 0.02
62 1 0.01
63 8 0.05
64 2 0.01
65 1 0.01
66 36 0.22
ACGTcount: A:0.09, C:0.32, G:0.34, T:0.25
Consensus pattern (58 bp):
TTGCCACCGTTGGTAGGGTTGGGGTTACCGCCGTCGGCCGCCGGTGCGGTTACCGCCG
Left flanking sequence: Indices 22206 -- 22705
TCTGTTATCTTACTTGCTTGGAATGGCTGTTGATTCACACACGAAACTTAAGATGCATCCAAATT
CGCAGCCATTATACAATGCTCGCACATGAATCCCAAAAACTAAGCGGTGATACTTGCGACTTGAT
TTAAATTCAGAAGACTCGGGAGATCTTCTAACAAGATTGTAAAACAGCCATATCTTAAATTACCT
ATCTAAAGATGGTGGTTCGGGGTATTCGCCCGGACGAAAAAAGTCGAAAGAGAAAATCGATGGGT
ATTTATGCGGTAGGCAACACCAACCAGTACTCGGTGGCGGTTACCGTCATTGTCACCTTGGTAAC
AAGGCAGCCCGAGGGAACGGGCGGGTTAGTAAACGTCACATCAGGAGGTCCAGCGGTAGCGGTAA
TGGTAGTGTATCCGGAACCGGTGGGAAGGCCGGTGGGAAGGCCAGTGGGGTGAGTGTGCCCACCA
TCACCACCAGTGGGAACTAATCCGCTGGTGGTGATGGGGTGAACA
Right flanking sequence: Indices 22980 -- 23479
TACCGCCGTTGCCGCCGTTGGTAGGATTAGGGATACCACCGTCGGTCGCAGTGGGGTTGCCGCCG
TTACCGCCGTTACCGCCGTTGCCACCGTTGGTAGGGTTGGGGTTGCCGCCGCTGCCGCCGTTACC
GCCGTTGCCACCGTTGGTAGGGTTGGGGTTGCCGCCATTACCACCATTGCCATCGTTGCCACCGT
TGGTAGGGTTGGGGTTACCGCCATTAGTAGGAGAAGGGTTAGTGGGGCCAGCAGTAGTCAGCAAA
GTAGTAGGGGCATCAGGCTGCTCGACGTAACCGGGCTGGTCGGGTCTCATCACACACTGAACACA
TTGAGCAGGAACCTTGACAGCAAAAGGGGGAACCTGGCCGGTGTACTTGATACCGTTGTTTTGAA
CAGTGATGCCACCCAAGGTCGCAGTACCAATCACAAATCTGGTTTCGTCATAACCCTGTCCAATC
TTGAACTGAACGGAGACTGTCTTCGAGTAGTCTGAGTAAATCGTG
Found at i:22810 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 22799--22900 Score: 96
Period size: 9 Copynumber: 11.0 Consensus size: 9
22789 GCCACCGTCA
*
22799 CCGCCGTTA
1 CCGCCGTTG
*
22808 CCGCCGTTA
1 CCGCCGTTG
22817 CCGCCGTTG
1 CCGCCGTTG
*
22826 CCACCGTTG
1 CCGCCGTTG
*
22835 CCACCGTGGTCG
1 CCGCCGT--T-G
*
22847 CCGCCGTTA
1 CCGCCGTTG
22856 CCGCCGTTG
1 CCGCCGTTG
22865 CCGCCGTTG
1 CCGCCGTTG
*
22874 CCGCCATTG
1 CCGCCGTTG
* *
22883 CCACCATTG
1 CCGCCGTTG
*
22892 CCACCGTTG
1 CCGCCGTTG
22901 GTAGGGTTGG
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 8, Indels: 6
0.85 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
9 73 0.89
10 1 0.01
11 1 0.01
12 7 0.09
ACGTcount: A:0.09, C:0.44, G:0.25, T:0.22
Consensus pattern (9 bp):
CCGCCGTTG
Left flanking sequence: Indices 22299 -- 22798
AATCCCAAAAACTAAGCGGTGATACTTGCGACTTGATTTAAATTCAGAAGACTCGGGAGATCTTC
TAACAAGATTGTAAAACAGCCATATCTTAAATTACCTATCTAAAGATGGTGGTTCGGGGTATTCG
CCCGGACGAAAAAAGTCGAAAGAGAAAATCGATGGGTATTTATGCGGTAGGCAACACCAACCAGT
ACTCGGTGGCGGTTACCGTCATTGTCACCTTGGTAACAAGGCAGCCCGAGGGAACGGGCGGGTTA
GTAAACGTCACATCAGGAGGTCCAGCGGTAGCGGTAATGGTAGTGTATCCGGAACCGGTGGGAAG
GCCGGTGGGAAGGCCAGTGGGGTGAGTGTGCCCACCATCACCACCAGTGGGAACTAATCCGCTGG
TGGTGATGGGGTGAACATTGCCACCTGTTGTAGGGTTGGGGTTACCGCCGTCGGTCGCGGTGGGT
TTACCGCCGTTGCCACCGTTGGTAGGGATGGGGTTGCCACCGTCA
Right flanking sequence: Indices 22901 -- 23400
GTAGGGTTGGGGTTACCACCGTTGGTTGCAGTGGGGCTACCGCCGTTGCCGCCGTTGGTAGGGTT
GGGGTTACCGCCGTTACCGCCGTTGCCGCCGTTGGTAGGATTAGGGATACCACCGTCGGTCGCAG
TGGGGTTGCCGCCGTTACCGCCGTTACCGCCGTTGCCACCGTTGGTAGGGTTGGGGTTGCCGCCG
CTGCCGCCGTTACCGCCGTTGCCACCGTTGGTAGGGTTGGGGTTGCCGCCATTACCACCATTGCC
ATCGTTGCCACCGTTGGTAGGGTTGGGGTTACCGCCATTAGTAGGAGAAGGGTTAGTGGGGCCAG
CAGTAGTCAGCAAAGTAGTAGGGGCATCAGGCTGCTCGACGTAACCGGGCTGGTCGGGTCTCATC
ACACACTGAACACATTGAGCAGGAACCTTGACAGCAAAAGGGGGAACCTGGCCGGTGTACTTGAT
ACCGTTGTTTTGAACAGTGATGCCACCCAAGGTCGCAGTACCAAT
Found at i:22819 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 22786--22884 Score: 99
Period size: 18 Copynumber: 5.3 Consensus size: 18
22776 TAGGGATGGG
* *
22786 GTTGCCACCGTCACCGCC
1 GTTGCCGCCGTTACCGCC
*
22804 GTTACCGCCGTTACCGCC
1 GTTGCCGCCGTTACCGCC
* * *
22822 GTTGCCACCGTTGCCACC
1 GTTGCCGCCGTTACCGCC
22840 GTGGTCGCCGCCGTTACCGCC
1 GT--T-GCCGCCGTTACCGCC
*
22861 GTTGCCGCCGTTGCCGCC
1 GTTGCCGCCGTTACCGCC
*
22879 ATTGCC
1 GTTGCC
22885 ACCATTGCCA
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 12, Indels: 6
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
18 50 0.76
19 1 0.02
20 1 0.02
21 14 0.21
ACGTcount: A:0.08, C:0.44, G:0.26, T:0.21
Consensus pattern (18 bp):
GTTGCCGCCGTTACCGCC
Left flanking sequence: Indices 22286 -- 22785
ATGCTCGCACATGAATCCCAAAAACTAAGCGGTGATACTTGCGACTTGATTTAAATTCAGAAGAC
TCGGGAGATCTTCTAACAAGATTGTAAAACAGCCATATCTTAAATTACCTATCTAAAGATGGTGG
TTCGGGGTATTCGCCCGGACGAAAAAAGTCGAAAGAGAAAATCGATGGGTATTTATGCGGTAGGC
AACACCAACCAGTACTCGGTGGCGGTTACCGTCATTGTCACCTTGGTAACAAGGCAGCCCGAGGG
AACGGGCGGGTTAGTAAACGTCACATCAGGAGGTCCAGCGGTAGCGGTAATGGTAGTGTATCCGG
AACCGGTGGGAAGGCCGGTGGGAAGGCCAGTGGGGTGAGTGTGCCCACCATCACCACCAGTGGGA
ACTAATCCGCTGGTGGTGATGGGGTGAACATTGCCACCTGTTGTAGGGTTGGGGTTACCGCCGTC
GGTCGCGGTGGGTTTACCGCCGTTGCCACCGTTGGTAGGGATGGG
Right flanking sequence: Indices 22885 -- 23384
ACCATTGCCACCGTTGGTAGGGTTGGGGTTACCACCGTTGGTTGCAGTGGGGCTACCGCCGTTGC
CGCCGTTGGTAGGGTTGGGGTTACCGCCGTTACCGCCGTTGCCGCCGTTGGTAGGATTAGGGATA
CCACCGTCGGTCGCAGTGGGGTTGCCGCCGTTACCGCCGTTACCGCCGTTGCCACCGTTGGTAGG
GTTGGGGTTGCCGCCGCTGCCGCCGTTACCGCCGTTGCCACCGTTGGTAGGGTTGGGGTTGCCGC
CATTACCACCATTGCCATCGTTGCCACCGTTGGTAGGGTTGGGGTTACCGCCATTAGTAGGAGAA
GGGTTAGTGGGGCCAGCAGTAGTCAGCAAAGTAGTAGGGGCATCAGGCTGCTCGACGTAACCGGG
CTGGTCGGGTCTCATCACACACTGAACACATTGAGCAGGAACCTTGACAGCAAAAGGGGGAACCT
GGCCGGTGTACTTGATACCGTTGTTTTGAACAGTGATGCCACCCA
Found at i:22981 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 22969--22998 Score: 51
Period size: 9 Copynumber: 3.3 Consensus size: 9
22959 TAGGGTTGGG
22969 GTTACCGCC
1 GTTACCGCC
22978 GTTACCGCC
1 GTTACCGCC
*
22987 GTTGCCGCC
1 GTTACCGCC
22996 GTT
1 GTT
22999 GGTAGGATTA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 20 1.00
ACGTcount: A:0.07, C:0.40, G:0.27, T:0.27
Consensus pattern (9 bp):
GTTACCGCC
Left flanking sequence: Indices 22469 -- 22968
TATGCGGTAGGCAACACCAACCAGTACTCGGTGGCGGTTACCGTCATTGTCACCTTGGTAACAAG
GCAGCCCGAGGGAACGGGCGGGTTAGTAAACGTCACATCAGGAGGTCCAGCGGTAGCGGTAATGG
TAGTGTATCCGGAACCGGTGGGAAGGCCGGTGGGAAGGCCAGTGGGGTGAGTGTGCCCACCATCA
CCACCAGTGGGAACTAATCCGCTGGTGGTGATGGGGTGAACATTGCCACCTGTTGTAGGGTTGGG
GTTACCGCCGTCGGTCGCGGTGGGTTTACCGCCGTTGCCACCGTTGGTAGGGATGGGGTTGCCAC
CGTCACCGCCGTTACCGCCGTTACCGCCGTTGCCACCGTTGCCACCGTGGTCGCCGCCGTTACCG
CCGTTGCCGCCGTTGCCGCCATTGCCACCATTGCCACCGTTGGTAGGGTTGGGGTTACCACCGTT
GGTTGCAGTGGGGCTACCGCCGTTGCCGCCGTTGGTAGGGTTGGG
Right flanking sequence: Indices 22999 -- 23498
GGTAGGATTAGGGATACCACCGTCGGTCGCAGTGGGGTTGCCGCCGTTACCGCCGTTACCGCCGT
TGCCACCGTTGGTAGGGTTGGGGTTGCCGCCGCTGCCGCCGTTACCGCCGTTGCCACCGTTGGTA
GGGTTGGGGTTGCCGCCATTACCACCATTGCCATCGTTGCCACCGTTGGTAGGGTTGGGGTTACC
GCCATTAGTAGGAGAAGGGTTAGTGGGGCCAGCAGTAGTCAGCAAAGTAGTAGGGGCATCAGGCT
GCTCGACGTAACCGGGCTGGTCGGGTCTCATCACACACTGAACACATTGAGCAGGAACCTTGACA
GCAAAAGGGGGAACCTGGCCGGTGTACTTGATACCGTTGTTTTGAACAGTGATGCCACCCAAGGT
CGCAGTACCAATCACAAATCTGGTTTCGTCATAACCCTGTCCAATCTTGAACTGAACGGAGACTG
TCTTCGAGTAGTCTGAGTAAATCGTGAGAACACCTTGCTGGCTGT
Found at i:23045 original size:183 final size:180
Alignment explanation
Indices: 22704--23070 Score: 398
Period size: 183 Copynumber: 2.0 Consensus size: 180
22694 ATGGGGTGAA
* * **
22704 CATTGCCACCTGTTGTAGGGTTGGGGTTACCGCCGTCGGTCGCGGTGGGTTTACCGCCGTTGCCA
1 CATTGCCACCTGTTGTAGGGTTGGGGTTACCACCGTCGGTCGCAGTGGGGCTACCGCCGTTGCCA
* * *
22769 CCGTTGGTAGGGATGGGGTTGCCACCGTCACCGCCGTTACCGCCGTTACCGCCGTTGCCACCGTT
66 CCGTTGGTAGGGATGGGGTTACCACCGTCACCGCCGTTACCGCCGTT--CG-CGTGGCCACCGAT
* * *
22834 GCCACCGTGGTCGCCGCCGTTACCGCCGTTGCCGCCGTTGCCGCCATTGCCAC
128 ACCACCGTGGTCGCCGCCGTTACCGCCGTTACCGCCGTTACCGCCATTGCCAC
* *
22887 CATTGCCACC-GTTGGTAGGGTTGGGGTTACCACCGTTGGTTGCAGTGGGGCTACCGCCGTTGCC
1 CATTGCCACCTGTT-GTAGGGTTGGGGTTACCACCGTCGGTCGCAGTGGGGCTACCGCCGTTGCC
* * * * * ** **
22951 GCCGTTGGTAGGGTTGGGGTTACCGCCGTTACCGCCGTTGCCGCCGTT-G-GTAGGATTAGGGAT
65 ACCGTTGGTAGGGATGGGGTTACCACCGTCACCGCCGTTACCGCCGTTCGCGT-GG-CCACCGAT
* ** * *
23014 ACCACCGTCGGTCGCAGTGGGGTTGCCGCCGTTACCGCCGTTACCGCCGTTGCCAC
128 ACCACCGT-GGTCGC--CGCCGTTACCGCCGTTACCGCCGTTACCGCCATTGCCAC
23070 C
1 C
23071 GTTGGTAGGG
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 26, Indels: 12
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 2 0.01
179 1 0.01
180 11 0.07
181 6 0.04
182 3 0.02
183 129 0.85
ACGTcount: A:0.10, C:0.32, G:0.34, T:0.24
Consensus pattern (180 bp):
CATTGCCACCTGTTGTAGGGTTGGGGTTACCACCGTCGGTCGCAGTGGGGCTACCGCCGTTGCCA
CCGTTGGTAGGGATGGGGTTACCACCGTCACCGCCGTTACCGCCGTTCGCGTGGCCACCGATACC
ACCGTGGTCGCCGCCGTTACCGCCGTTACCGCCGTTACCGCCATTGCCAC
Left flanking sequence: Indices 22204 -- 22703
TTTCTGTTATCTTACTTGCTTGGAATGGCTGTTGATTCACACACGAAACTTAAGATGCATCCAAA
TTCGCAGCCATTATACAATGCTCGCACATGAATCCCAAAAACTAAGCGGTGATACTTGCGACTTG
ATTTAAATTCAGAAGACTCGGGAGATCTTCTAACAAGATTGTAAAACAGCCATATCTTAAATTAC
CTATCTAAAGATGGTGGTTCGGGGTATTCGCCCGGACGAAAAAAGTCGAAAGAGAAAATCGATGG
GTATTTATGCGGTAGGCAACACCAACCAGTACTCGGTGGCGGTTACCGTCATTGTCACCTTGGTA
ACAAGGCAGCCCGAGGGAACGGGCGGGTTAGTAAACGTCACATCAGGAGGTCCAGCGGTAGCGGT
AATGGTAGTGTATCCGGAACCGGTGGGAAGGCCGGTGGGAAGGCCAGTGGGGTGAGTGTGCCCAC
CATCACCACCAGTGGGAACTAATCCGCTGGTGGTGATGGGGTGAA
Right flanking sequence: Indices 23071 -- 23570
GTTGGTAGGGTTGGGGTTGCCGCCGCTGCCGCCGTTACCGCCGTTGCCACCGTTGGTAGGGTTGG
GGTTGCCGCCATTACCACCATTGCCATCGTTGCCACCGTTGGTAGGGTTGGGGTTACCGCCATTA
GTAGGAGAAGGGTTAGTGGGGCCAGCAGTAGTCAGCAAAGTAGTAGGGGCATCAGGCTGCTCGAC
GTAACCGGGCTGGTCGGGTCTCATCACACACTGAACACATTGAGCAGGAACCTTGACAGCAAAAG
GGGGAACCTGGCCGGTGTACTTGATACCGTTGTTTTGAACAGTGATGCCACCCAAGGTCGCAGTA
CCAATCACAAATCTGGTTTCGTCATAACCCTGTCCAATCTTGAACTGAACGGAGACTGTCTTCGA
GTAGTCTGAGTAAATCGTGAGAACACCTTGCTGGCTGTTGTAGTCGAAGTCGCGAATGGGAAGCT
CGGAGGCAATCCAATTGCCACCACCGAATCCAGCGACAGTGTATT
Found at i:23072 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 23035--23125 Score: 55
Period size: 9 Copynumber: 10.4 Consensus size: 9
23025 TCGCAGTGGG
23035 GTTGCCGCC
1 GTTGCCGCC
*
23044 GTTACCGCC
1 GTTGCCGCC
*
23053 GTTACCGCC
1 GTTGCCGCC
*
23062 GTTGCCACC
1 GTTGCCGCC
** *
23071 GTTGGTAG-G
1 GTT-GCCGCC
*
23080 GTTG--G-G
1 GTTGCCGCC
23086 GTTGCCGCC
1 GTTGCCGCC
*
23095 GCTGCCGCC
1 GTTGCCGCC
*
23104 GTTACCGCC
1 GTTGCCGCC
*
23113 GTTGCCACC
1 GTTGCCGCC
23122 GTTG
1 GTTG
23126 GTAGGGTTGG
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 13, Indels: 8
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
6 6 0.09
8 2 0.03
9 56 0.86
10 1 0.02
ACGTcount: A:0.07, C:0.36, G:0.33, T:0.24
Consensus pattern (9 bp):
GTTGCCGCC
Left flanking sequence: Indices 22535 -- 23034
CAGCCCGAGGGAACGGGCGGGTTAGTAAACGTCACATCAGGAGGTCCAGCGGTAGCGGTAATGGT
AGTGTATCCGGAACCGGTGGGAAGGCCGGTGGGAAGGCCAGTGGGGTGAGTGTGCCCACCATCAC
CACCAGTGGGAACTAATCCGCTGGTGGTGATGGGGTGAACATTGCCACCTGTTGTAGGGTTGGGG
TTACCGCCGTCGGTCGCGGTGGGTTTACCGCCGTTGCCACCGTTGGTAGGGATGGGGTTGCCACC
GTCACCGCCGTTACCGCCGTTACCGCCGTTGCCACCGTTGCCACCGTGGTCGCCGCCGTTACCGC
CGTTGCCGCCGTTGCCGCCATTGCCACCATTGCCACCGTTGGTAGGGTTGGGGTTACCACCGTTG
GTTGCAGTGGGGCTACCGCCGTTGCCGCCGTTGGTAGGGTTGGGGTTACCGCCGTTACCGCCGTT
GCCGCCGTTGGTAGGATTAGGGATACCACCGTCGGTCGCAGTGGG
Right flanking sequence: Indices 23126 -- 23625
GTAGGGTTGGGGTTGCCGCCATTACCACCATTGCCATCGTTGCCACCGTTGGTAGGGTTGGGGTT
ACCGCCATTAGTAGGAGAAGGGTTAGTGGGGCCAGCAGTAGTCAGCAAAGTAGTAGGGGCATCAG
GCTGCTCGACGTAACCGGGCTGGTCGGGTCTCATCACACACTGAACACATTGAGCAGGAACCTTG
ACAGCAAAAGGGGGAACCTGGCCGGTGTACTTGATACCGTTGTTTTGAACAGTGATGCCACCCAA
GGTCGCAGTACCAATCACAAATCTGGTTTCGTCATAACCCTGTCCAATCTTGAACTGAACGGAGA
CTGTCTTCGAGTAGTCTGAGTAAATCGTGAGAACACCTTGCTGGCTGTTGTAGTCGAAGTCGCGA
ATGGGAAGCTCGGAGGCAATCCAATTGCCACCACCGAATCCAGCGACAGTGTATTGCCAAGGCAG
CTTGTAACCAGCAACCTTAATTGCAGCAGAGGAAGAGTCCAAAAC
Found at i:23086 original size:51 final size:51
Alignment explanation
Indices: 23031--23196 Score: 251
Period size: 51 Copynumber: 3.3 Consensus size: 51
23021 TCGGTCGCAG
23031 TGGGGTTGCCGCCGTTACCGCCGTTACCGCCGTTGCCACCGTTGGTAGGGT
1 TGGGGTTGCCGCCGTTACCGCCGTTACCGCCGTTGCCACCGTTGGTAGGGT
* *
23082 TGGGGTTGCCGCCGCTGCCGCCGTTACCGCCGTTGCCACCGTTGGTAGGGT
1 TGGGGTTGCCGCCGTTACCGCCGTTACCGCCGTTGCCACCGTTGGTAGGGT
* * * * **
23133 TGGGGTTGCCGCCATTACCACCATTGCCATCGTTGCCACCGTTGGTAGGGT
1 TGGGGTTGCCGCCGTTACCGCCGTTACCGCCGTTGCCACCGTTGGTAGGGT
*
23184 TGGGGTTACCGCC
1 TGGGGTTGCCGCC
23197 ATTAGTAGGA
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 11, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
51 104 1.00
ACGTcount: A:0.09, C:0.31, G:0.34, T:0.25
Consensus pattern (51 bp):
TGGGGTTGCCGCCGTTACCGCCGTTACCGCCGTTGCCACCGTTGGTAGGGT
Left flanking sequence: Indices 22531 -- 23030
AAGGCAGCCCGAGGGAACGGGCGGGTTAGTAAACGTCACATCAGGAGGTCCAGCGGTAGCGGTAA
TGGTAGTGTATCCGGAACCGGTGGGAAGGCCGGTGGGAAGGCCAGTGGGGTGAGTGTGCCCACCA
TCACCACCAGTGGGAACTAATCCGCTGGTGGTGATGGGGTGAACATTGCCACCTGTTGTAGGGTT
GGGGTTACCGCCGTCGGTCGCGGTGGGTTTACCGCCGTTGCCACCGTTGGTAGGGATGGGGTTGC
CACCGTCACCGCCGTTACCGCCGTTACCGCCGTTGCCACCGTTGCCACCGTGGTCGCCGCCGTTA
CCGCCGTTGCCGCCGTTGCCGCCATTGCCACCATTGCCACCGTTGGTAGGGTTGGGGTTACCACC
GTTGGTTGCAGTGGGGCTACCGCCGTTGCCGCCGTTGGTAGGGTTGGGGTTACCGCCGTTACCGC
CGTTGCCGCCGTTGGTAGGATTAGGGATACCACCGTCGGTCGCAG
Right flanking sequence: Indices 23197 -- 23696
ATTAGTAGGAGAAGGGTTAGTGGGGCCAGCAGTAGTCAGCAAAGTAGTAGGGGCATCAGGCTGCT
CGACGTAACCGGGCTGGTCGGGTCTCATCACACACTGAACACATTGAGCAGGAACCTTGACAGCA
AAAGGGGGAACCTGGCCGGTGTACTTGATACCGTTGTTTTGAACAGTGATGCCACCCAAGGTCGC
AGTACCAATCACAAATCTGGTTTCGTCATAACCCTGTCCAATCTTGAACTGAACGGAGACTGTCT
TCGAGTAGTCTGAGTAAATCGTGAGAACACCTTGCTGGCTGTTGTAGTCGAAGTCGCGAATGGGA
AGCTCGGAGGCAATCCAATTGCCACCACCGAATCCAGCGACAGTGTATTGCCAAGGCAGCTTGTA
ACCAGCAACCTTAATTGCAGCAGAGGAAGAGTCCAAAACAAGAGTCTGTTCGGGGTAAACTCTCA
AAGAGTGGTTTCTGATGAAGATCAAGCCGTTGTCCTGAGCTCGAA
Done.