Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 500
Length: 1018
ACGTcount: A:0.19, C:0.34, G:0.24, T:0.23
Found at i:554 original size:306 final size:306
Alignment explanation
Indices: 1--1014 Score: 1265
Period size: 306 Copynumber: 3.3 Consensus size: 306
* * *
1 CACTGAGTACACCACCACTTGGACCACCACTGGTGCTGATGGCCAGCCTTCCACTGGTTCTGGTG
1 CACTGAGTACACCACCACTTGGACCACCACTGGTGCTGATGGCCAGCCTACCACTGGCTCTGGTA
*
66 TCGTTGACGTGACCACCGACGCTAACGGGTCGTTAACCACTTCGACTTCCACCTACCCTCAGCCT
66 TCGTTGACGTGACCACCGACGCTAACGGGTCGTTGACCACTTCGACTTCCACCTACCCTCAGCCT
* *
131 TCTCCTACCGGCTGTCCCGAGTGCACTGAGTACACCACCACTTGGACCACCACTGACGCCAACGG
131 TCTGCTACCGGATGTCCCGAGTGCACTGAGTACACCACCACTTGGACCACCACTGACGCCAACGG
* *
196 TAACCCTGAGACCGGCTCGGGTGTTGTCGATGTGACCACCGACGCTAACGGGTCGTTGACCACTT
196 TAACCCTGAGACCGGCTCGGGTGTTGTTGATGTGACCACCGACGCTAACGGGTCGTTGACCACCT
261 CGACTTCCACCTACCCTCAGCCTTCTGCCACTGGTTGCCCTGAGTG
261 CGACTTCCACCTACCCTCAGCCTTCTGCCACTGGTTGCCCTGAGTG
* * *
307 CACTGAGTACACCACCACTTGGACCACCACTGGTGCTGATGGCCAGCCTTCTACTGGTTCTGGTA
1 CACTGAGTACACCACCACTTGGACCACCACTGGTGCTGATGGCCAGCCTACCACTGGCTCTGGTA
372 TCGTTGACGTGACCACCGACGCTAACGGGTCGTTGACCACTTCGACTTCCACCTACCCTCAGCCT
66 TCGTTGACGTGACCACCGACGCTAACGGGTCGTTGACCACTTCGACTTCCACCTACCCTCAGCCT
*
437 TCTGCTACCGGTTGTCCCGAGTGCACTGAGTACACCACCACTTGGACCACCACTGACGCCAACGG
131 TCTGCTACCGGATGTCCCGAGTGCACTGAGTACACCACCACTTGGACCACCACTGACGCCAACGG
*
502 TAATCCTGAGACCGGCTCGGGTGTTGTTGATGTGACCACCGACGCTAACGGGTCGTTGACCACCT
196 TAACCCTGAGACCGGCTCGGGTGTTGTTGATGTGACCACCGACGCTAACGGGTCGTTGACCACCT
567 CGACTTCCACCTACCCTCAGCCTTCTGCCACTGGTTGCCCTGAGTG
261 CGACTTCCACCTACCCTCAGCCTTCTGCCACTGGTTGCCCTGAGTG
* *
613 CACTGAGTACACCACCACGTGGACCACCACTGGTGCTGATGGCCAGCCTACCACTGGCTCTGGTG
1 CACTGAGTACACCACCACTTGGACCACCACTGGTGCTGATGGCCAGCCTACCACTGGCTCTGGTA
* * * * * * * * ** ** * * *
678 TTGTCGACGTTACTACTGACTCGAACGGGTCTTTG---GTTTCG-CTGACATCTACCATC-GCTG
66 TCGTTGACGTGACCACCGACGCTAACGGGTCGTTGACCACTTCGACTTCCACCTACCCTCAGC-C
* * * * * **
738 TTCTGTCTGAAGCTGAATG-CCCTGTGTGCACTGAGTACACCACCACCTGGACTACCACTGGTGC
130 TTCTG-CT--A-CCGGATGTCCC-GAGTGCACTGAGTACACCACCACTTGGACCACCACTGACGC
** * * * * * * * *
802 TGATGGTAAGCCC--ACGACTGGCTCGGGTATCGTTGACGTGACCACCGACTCCAACGGGTCCTT
190 CAACGGTAA-CCCTGA-GACCGGCTCGGGTGTTGTTGATGTGACCACCGACGCTAACGGGTCGTT
** * * * * *** **
865 GGTCACCTCGACGTCCTCTTACCC-CGTGCAAGGC-GAGACTGGTTGCCCTGAGTG
253 GACCACCTCGACTTCCACCTACCCTC-AGC-CTTCTGCCACTGGTTGCCCTGAGTG
* ** * * *
919 CACTGAGTACACCACCACCTGGACCACCACTGGTGCTGATGGTAAGCCCACGACTGGCTCGGGTA
1 CACTGAGTACACCACCACTTGGACCACCACTGGTGCTGATGGCCAGCCTACCACTGGCTCTGGTA
* * *
984 TTGTTGACGTGACCACCGACTCCAACGGGTC
66 TCGTTGACGTGACCACCGACGCTAACGGGTC
1015 CTTG
Statistics
Matches: 628, Mismatches: 70, Indels: 20
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
301 2 0.00
302 16 0.03
303 6 0.01
305 6 0.01
306 595 0.95
307 3 0.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.34, G:0.24, T:0.23
Consensus pattern (306 bp):
CACTGAGTACACCACCACTTGGACCACCACTGGTGCTGATGGCCAGCCTACCACTGGCTCTGGTA
TCGTTGACGTGACCACCGACGCTAACGGGTCGTTGACCACTTCGACTTCCACCTACCCTCAGCCT
TCTGCTACCGGATGTCCCGAGTGCACTGAGTACACCACCACTTGGACCACCACTGACGCCAACGG
TAACCCTGAGACCGGCTCGGGTGTTGTTGATGTGACCACCGACGCTAACGGGTCGTTGACCACCT
CGACTTCCACCTACCCTCAGCCTTCTGCCACTGGTTGCCCTGAGTG
Left flanking sequence: None
Right flanking sequence: Indices 1015 -- 1018
CTTG
Found at i:672 original size:153 final size:153
Alignment explanation
Indices: 1--1014 Score: 1062
Period size: 153 Copynumber: 6.6 Consensus size: 153
** * * * *
1 CACTGAGTACACCACCACTTGGACCACCACTGGTGCTGATGGCCAGCCTTCCACTGGTTCTGGTG
1 CACTGAGTACACCACCACTTGGACCACCACTGGTGCTGATGGTAAGCCTACGACTGGCTCGGGTG
* *
66 TCGTTGACGTGACCACCGACGCTAACGGGTCGTTAACCACTTCGACTTCCACCTACCCTCAGCCT
66 TTGTTGACGTGACCACCGACGCTAACGGGTCGTTGACCACTTCGACTTCCACCTACCCTCAGCCT
* *
131 TCT-CCTACCGGCTGTCCC-GAGTG
131 TCTGCC-ACTGGTTG-CCCTGAGTG
** ** * * *
154 CACTGAGTACACCACCACTTGGACCACCACTGACGCCAACGGTAACCCTGA-GACCGGCTCGGGT
1 CACTGAGTACACCACCACTTGGACCACCACTGGTGCTGATGGTAAGCCT-ACGACTGGCTCGGGT
* *
218 GTTGTCGATGTGACCACCGACGCTAACGGGTCGTTGACCACTTCGACTTCCACCTACCCTCAGCC
65 GTTGTTGACGTGACCACCGACGCTAACGGGTCGTTGACCACTTCGACTTCCACCTACCCTCAGCC
283 TTCTGCCACTGGTTGCCCTGAGTG
130 TTCTGCCACTGGTTGCCCTGAGTG
** * * * * *
307 CACTGAGTACACCACCACTTGGACCACCACTGGTGCTGATGGCCAGCCTTCTACTGGTTCTGGTA
1 CACTGAGTACACCACCACTTGGACCACCACTGGTGCTGATGGTAAGCCTACGACTGGCTCGGGTG
*
372 TCGTTGACGTGACCACCGACGCTAACGGGTCGTTGACCACTTCGACTTCCACCTACCCTCAGCCT
66 TTGTTGACGTGACCACCGACGCTAACGGGTCGTTGACCACTTCGACTTCCACCTACCCTCAGCCT
* *
437 TCTGCTACCGGTTGTCCC-GAGTG
131 TCTGCCACTGGTTG-CCCTGAGTG
** ** * * *
460 CACTGAGTACACCACCACTTGGACCACCACTGACGCCAACGGTAATCCTGA-GACCGGCTCGGGT
1 CACTGAGTACACCACCACTTGGACCACCACTGGTGCTGATGGTAAGCCT-ACGACTGGCTCGGGT
* *
524 GTTGTTGATGTGACCACCGACGCTAACGGGTCGTTGACCACCTCGACTTCCACCTACCCTCAGCC
65 GTTGTTGACGTGACCACCGACGCTAACGGGTCGTTGACCACTTCGACTTCCACCTACCCTCAGCC
589 TTCTGCCACTGGTTGCCCTGAGTG
130 TTCTGCCACTGGTTGCCCTGAGTG
* ** * *
613 CACTGAGTACACCACCACGTGGACCACCACTGGTGCTGATGGCCAGCCTACCACTGGCTCTGGTG
1 CACTGAGTACACCACCACTTGGACCACCACTGGTGCTGATGGTAAGCCTACGACTGGCTCGGGTG
* * * * * * * ** ** * * *
678 TTGTCGACGTTACTACTGACTCGAACGGGTCTTTG---GTTTCG-CTGACATCTACCATC-GCTG
66 TTGTTGACGTGACCACCGACGCTAACGGGTCGTTGACCACTTCGACTTCCACCTACCCTCAGC-C
* ** *
738 TTCTGTCTGAAGCTGAATGCCCTGTGTG
130 TTCTG-C--CA-CTGGTTGCCCTGAGTG
* * * *
766 CACTGAGTACACCACCACCTGGACTACCACTGGTGCTGATGGTAAGCCCACGACTGGCTCGGGTA
1 CACTGAGTACACCACCACTTGGACCACCACTGGTGCTGATGGTAAGCCTACGACTGGCTCGGGTG
* * * * ** * * * * *
831 TCGTTGACGTGACCACCGACTCCAACGGGTCCTTGGTCACCTCGACGTCCTCTTACCC-CGTGCA
66 TTGTTGACGTGACCACCGACGCTAACGGGTCGTTGACCACTTCGACTTCCACCTACCCTC-AGC-
*** **
895 AGGC-GAGACTGGTTGCCCTGAGTG
129 CTTCTGCCACTGGTTGCCCTGAGTG
* * *
919 CACTGAGTACACCACCACCTGGACCACCACTGGTGCTGATGGTAAGCCCACGACTGGCTCGGGTA
1 CACTGAGTACACCACCACTTGGACCACCACTGGTGCTGATGGTAAGCCTACGACTGGCTCGGGTG
* *
984 TTGTTGACGTGACCACCGACTCCAACGGGTC
66 TTGTTGACGTGACCACCGACGCTAACGGGTC
1015 CTTG
Statistics
Matches: 717, Mismatches: 125, Indels: 38
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
148 2 0.00
149 16 0.02
150 4 0.01
152 8 0.01
153 667 0.93
154 6 0.01
156 4 0.01
157 7 0.01
158 3 0.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.34, G:0.24, T:0.23
Consensus pattern (153 bp):
CACTGAGTACACCACCACTTGGACCACCACTGGTGCTGATGGTAAGCCTACGACTGGCTCGGGTG
TTGTTGACGTGACCACCGACGCTAACGGGTCGTTGACCACTTCGACTTCCACCTACCCTCAGCCT
TCTGCCACTGGTTGCCCTGAGTG
Left flanking sequence: None
Right flanking sequence: Indices 1015 -- 1018
CTTG
Done.