T3SS 注释结果说明结果简介 目录结构格式说明*.isnot_secretion.faa-不是T3SS分泌蛋白，fasta格式*.is_secretion.faa-T3SS分泌蛋白，fasta格式*.secretion.sum.xls-EffectiveT3 软件预测结果统计*.t3ss.txt-EffectiveT3 软件预测结果文件常用格式 FASTA 格式

T3SS 注释结果说明

结果简介

III 型分泌系统（Type III secretion system，T3SS）主要是革兰氏阴性菌的分泌蛋白分泌到细胞外的运输途径，因此 III 型分泌系统效 应蛋白（Type III secretion system Effector protein）与革兰氏阴性致病菌致病机理有关。

使用软件 EffectiveT3 对输入的氨基酸序列进行预测，通过其内部特定的计算模型对每条氨基酸序列进行评分，分值越高，可信度越高，选出评分高于阈值的序列，认为这些序列为 III 型分泌系统效应蛋白。

如无特殊说明，以下内容中的“*”代表目标物种的样品名。

目录结构

T3SS/ ├──*.isnot_secretion.faa【不是T3SS分泌蛋白，fasta格式】 ├──*.is_secretion.faa【T3SS分泌蛋白，fasta格式】 ├──*.secretion.sum.xls【EffectiveT3 软件预测结果统计】 └──*.t3ss.txt【EffectiveT3 软件预测结果文件】

 

格式说明

*.isnot_secretion.faa-不是T3SS分泌蛋白，fasta格式

FASTA 文件，可用文本编辑器打开。

格式实例详细说明见【4 常用格式】中【4.1 FASTA 格式】部分

*.is_secretion.faa-T3SS分泌蛋白，fasta格式

FASTA 文件，可用文本编辑器打开。

格式实例详细说明见【4 常用格式】中【4.1 FASTA 格式】部分

*.secretion.sum.xls-EffectiveT3 软件预测结果统计

制表符分割的文本文档，使用 excel 打开。

文件内容举例如下

image-20230413180521022

文件内容说明如下：

列数列标题说明
1all_pep_sum_num目标物种的基因总个数
2true_secret_nums预测为 III 型分泌系统效应蛋白的个数
3false_secret_nums预测为非 III 型分泌系统效应蛋白的个数。

*.t3ss.txt-EffectiveT3 软件预测结果文件

以“;”分割的文本文档，使用 excel 打开。

文件内容举例如下

image-20230413180752488

文件内容说明如下：

列数列标题说明
1Id目标物种的氨基酸序列的 ID，编号的有效字符有[a-zA-Z0-9.:^x!+_?-
2 Description软件 EffectiveT3 预测的分值，取值范围为[-1, 1]
3 Score软件 EffectiveT3 预测的分值，取值范围为[-1, 1]
4 is secreted软件 EffectiveT3 预测结果判定（TRUE 或 FALSE）。

常用格式

FASTA 格式

FASTA 格式（又称为 Pearson 格式），是一种基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来编码，且允许在序列前添加序列名及注释。序列文件的第一行是由大于号">"或分号";"打头的任意文字说明（习惯常用">"作为 起始），用于序列标记。从第二行开始为序列本身，只允许使用既定的核苷酸或氨基酸编码符号。通常核苷酸符号大小写均可，而氨基 3 酸常用大写字母。如：

>Prophage_1_Scaffold1_1405541_1494989 TGCCAAAAGGATCAGGCAAAGTATTATCGCAAAACAAAAAAGCAAACCATGATTACTTTATAGAAGAAACCTATGAAACAGGC

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