swiss-Prot 数据库注释结果说明

结果简介

Swiss-Prot，是 2002 年由 UniProt consortium 建立的基因数据库，其特点在注释结果经过实验验证，可靠性较高，可用作其他数据的 参考。

使用 Diamond 软件，把目标物种的氨基酸序列，与 Swiss-Prot 数据库进行比对，把目标物种的基因和其相对应的功能注释信息结合 起来，得到注释结果。由于每一条序列比对结果可能超过一条，为保证其生物意义，注释时保留一条最优比对结果作为该基因的注释。 最后提供的Diamond 结果为 M8 格式，同时还提供部分数据库的注释结果汇总。

如无特殊说明，以下内容中的“*”代表目标物种的样品名。

目录结构

SwissProt/

|-- *.swissProt.filter.m8.txt【Swiss-Prot 数据库进行 BLAST 比对结果】

|-- *.swissProt.anno.txt 【Swiss-Prot 数据库注释的结果文件】

格式说明

*.swissprot.filter.m8.txt – SwissProt 数据库进行 BLAST 比对结果

m8 格式,使用 excel 打开。 m8 格式详细说明见【4 常用格式】中【4.1 m8 文件】部分。

*.swissprot.anno.txt– SwissProt 数据库注释的结果文件

制表符分割的文本文档，使用 excel 打开。 文件内容对应于文件.swissprot.filter.m8。

文件内容举例如下：

文件内容说明如下：

第11列PE对应5个数字详细介绍如下：

• 1：Experimental evidence at protein level
• 2：Experimental evidence at tranlevel
• 3：Protein inferred from homology
• 4：Protein predicted
• 5：Protein uncertain

常用格式

m8 文件

格式为列表格式的 BLAST/ Diamond 比对结果。

m8 格式举例如下：

文件内容说明如下：