PHI 数据库注释结果结果简介目录结构格式说明 *.phi.m8.txt-phi 数据库进行 BLAST 比对结果*.phi.anno.txt-phi 数据库注释的结果文件*.phi.sumInfo.txt -PHI 数据库分类统计结果phi_summed_up_summary.png-PHI数据库分类统计图*.pdf - PHI数据库分类统计图常用格式m8 文件
PHI 数据库注释结果
结果简介
PHI 数据库全称为 Pathogen-Host Interactions database，是病原与宿主相互作用的基因数据库。其内容经过实验验证，主要来源于真菌、卵菌和细菌病原，感染的宿主包括动物、植物、真菌以及昆虫。
使用 Diamond 软件，把目标物种的氨基酸序列，与 PHI 数据库进行比对，把目标物种的基因和其相对应的功能注释信息结合起来， 得到注释结果。由于每一条序列比对结果可能超过一条，为保证其生物意义，注释时保留一条最优比对结果作为该基因的注释。最后提供的 Diamond 比对结果为 M8 格式。
如无特殊说明，以下内容中的“*”代表目标物种的样品名。
目录结构
PHI/ ├── *.phi.m8.txt【PHI 数据库进行 BLAST 比对结果】 ├── *.phi.anno.txt【PHI数据库注释的结果文件】 ├── *.phi.sumInfo.txt 【PHI 数据库分类统计结果】 ├── phi_summed_up_summary.pdf 【PHI数据库分类统计图】 └── phi_summed_up_summary.png 【PHI数据库分类统计图】
格式说明
*.phi.m8.txt-phi 数据库进行 BLAST 比对结果
m8 格式,使用 excel 打开。
m8 格式详细说明见【4 常用格式】中【4.1 m8 文件】部分。
*.phi.anno.txt-phi 数据库注释的结果文件
制表符分割的文本文档，使用 excel 打开。 文件内容对应于文件*.phi.m8.txt。
文件内容举例如
文件说明如下：
| 列数 | 列标题 | 说明 |
|---|---|---|
| 1 | Gene_ID | 目标物种的氨基酸序列的 ID，编号的有效字符有[a-zA-Z0-9.:^x!+_?-] |
| 2 | Gene | 基因的名字 |
| 3 | PHI_MolConn_ID | 数据库中基因的 ID |
| 4 | Protein.ID | UniprotKB 或者 Genbank 的 ID。如果不是这两个数据库的基因，则为空。 |
| 5 | Pathogen.ID | 致病物种的 NCBI 分类 ID |
| 6 | Identity | 目标物种的氨基酸序列与数据库序列比对的 Identity 值 |
| 7 | length | 比对上的长度 |
| 8 | mismatch | 目标物种的氨基酸序列与数据库序列比对区域的比对错配数 |
| 9 | gapopen | 目标物种的氨基酸序列与数据库序列比对区域的比对空位数。 | |
| 10 | qstart | 目标物种的氨基酸序列的比对起始坐标 |
| 11 | qend | 目标物种的氨基酸序列的比对终止坐标 |
| 12 | sstart | 数据库序列的比对起始坐标 |
| 13 | send | 数据库序列的比对终止坐标 |
| 14 | E_value | 目标物种的氨基酸序列与数据库序列比对的期望值 |
| 15 | bitscore | 目标物种的氨基酸序列与数据库序列比对的比对得分 |
| 16 | Gene.ID | 致病基因ID |
| 17 | Pathogen.species | 致病物种的名称 |
| 18 | Pathogen.strain | 致病物种菌种的名称 |
| 19 | Disease | 疾病 |
| 20 | Host.description | 宿主描述 |
| 21 | Host.ID | 宿主物种在ncbi分类号 |
| 22 | Host.species | 宿主物种 |
| 23 | Gene.Function | 基因功能 |
| 24 | Mutant.Phenotype | 突变体的表型 |
| 25 | Exp..Technique.stable | 实验证据。 |
*.phi.sumInfo.txt -PHI 数据库分类统计结果
制表符分割的文本文档，使用 excel 打开。 文件内容对应于文件phi_summed_up_summary.png。
文件内容举例如下：
| 行数 | 说明 |
|---|---|
| 1 | 按照突变体的表型进行分类汇总 |
| 2 | 相应功能上的基因数目 |
phi_summed_up_summary.png-PHI数据库分类统计图
PNG 格式，用图片浏览器打开。
展示 TCDB 一级分类基因数目的统计情况，图片示例如下：
*.pdf - PHI数据库分类统计图
图片展示内容与*.png 一样
常用格式
m8 文件
格式为列表格式的 BLAST/ Diamond 比对结果。
m8 格式举例如下：
文件内容说明如下：
| 列数 | 说明 |
|---|---|
| 1 | 目标物种的氨基酸序列的 ID，编号的有效字符有[a-zA-Z0-9.:^x!+_?-] |
| 2 | 数据库序列的 ID |
| 3 | 目标物种的氨基酸序列与数据库序列比对的 Identity 值 |
| 4 | 目标物种的氨基酸序列与数据库序列比对的长度 |
| 5 | 目标物种的氨基酸序列与数据库序列比对区域的比对错配数 |
| 6 | 目标物种的氨基酸序列与数据库序列比对区域的比对空位数。 |
| 7 | 目标物种的氨基酸序列的比对起始坐标 |
| 8 | 目标物种的氨基酸序列的比对终止坐标 |
| 9 | 数据库序列的比对起始坐标 |
| 10 | 数据库序列的比对终止坐标 |
| 11 | 目标物种的氨基酸序列与数据库序列比对的期望值 |
| 12 | 目标物种的氨基酸序列与数据库序列比对的比对得分 |