NR 数据库注释结果说明

结果简介

NR 全称为 Non-Redundant Protein Database，是一个非冗余的蛋白质数据库，由 NCBI 创建并维护，其特点在于内容比较全面，同时注释结果中会包含有物种信息，可作物种分类用。 使用 Diamond 软件，把目标物种的氨基酸序列，与 NR 数据库进行比对，把目标物种的基因和其相对应的功能注释信息结合起来，得到注释结果。由于每一条序列比对结果可能超过一条，为保证其生物意义，注释时保留一条最优比对结果作为该基因的注释。最后提供的 Diamond 比对结果为 M8 格式，同时还提供部分数据库的注释结果汇总。根据基因注释到的物种情况，按照物种统计注释到的基因数目，提供前 20 个物种及基因 ID。 如无特殊说明，以下内容中的“*”代表目标物种的样品名

目录结构

NR ├── *.nr.m8.txt 【NR 数据库进行 BLAST 比对结果】 ├── *.nr.species.anno 【NR 数据库物种注释的结果】 ├── *.nr.species.anno.pdf 【NR 数据库物种注释统计图，pdf格式】 └── *.nr.species.anno.png 【NR 数据库物种注释统计图】

格式说明

*.anno.txt -NR 数据库注释的结果文件

制表符分割的文本文档，使用 excel 打开。 文件内容对应于文件*.nr.m8.txt。

文件内容举例如下：

文件内容说明如下：

*.nr.m8.txt – NR 数据库进行 BLAST 比对结果

m8 格式,使用 excel 打开。

m8 格式详细说明见【4 常用格式】中【4.1 m8 文件】部分。

*.nr.species.anno -NR 数据库物种注释的结果

制表符分割的文本文档，使用 excel 打开。

文件内容对应于文件*.nr.m8.txt。文件内容举例如下

文件内容说明如下：

*.nr.species.anno.pdf -NR 数据库物种注释统计图，pdf格式

图片展示内容与*.png 一样。pdf格式。

*.nr.species.anno.png -NR 数据库物种注释统计图

PNG 格式，用图片浏览器打开。

图片示例如下：

图例说明： 横坐标表示物种ID，纵坐标表示注释上的基因个数。注意可能注释到亚种/菌群上。

常用格式

m8 文件

格式为列表格式的 BLAST/ Diamond 比对结果。

m8 格式举例如下：

文件内容说明如下：