非编码 RNA 注释结果说明
结果简介
非编码 RNA（ncRNA）主要类型包括 sRNA、rRNA、tRNA、snRNA 及 miRNA 等。对于细菌，ncRNA 的类型主要指 tRNA、rRNA及 sRNA 三种。 通过与 rRNA 库比对找到 rRNA，或 rRNAmmer 软件预测 rRNA。rRNA 预测包括 rRNA_de、rRNA_ho 分别代表 denovo 预测和同源预测，目前我们通常只作 denovo 预测，如果需要同源预测，可提供参考序列进性分析； 通过 tRNAscan 软件预测 tRNA 区域和 tRNA 的二级结构；通过 Rfam 软件预测 sRNA。
注意：由于使用软件的差别，tRNA和rRNA的结果可能与prokka结果不一致。
如无特殊说明，以下内容中的“*”代表目标物种的样品名
目录结构
ncRNA ├── *.denovo.rRNA.fa 【rRNA预测结果，fasta格式】 ├── *.ncRNA.stat.xls 【ncRNA 预测结果统计表】 ├── *.rRNA.gff 【rRNA预测结果，gff格式】 ├── *.srna.gff 【sRNA预测结果，gff格式】 ├── *.tRNA.gff3 【tRNA预测结果，gff格式】 └── *.tRNA.structure 【tRNA结构预测结果】
格式说明
*.denovo.rRNA.fa -rRNA预测结果
FASTA 文件，可用文本编辑器打开。
格式实例详细说明见【4 常用格式】中【4.1 FASTA 格式】部分。
*.ncRNA.stat.xls - ncRNA 预测结果统计表
制表符分割的文本文档，使用 excel 打开。
分别统计非编码 RNA 不同分类的拷贝数，长度等信息。文件内容实例如下：
文件内容说明如下：
| 列数 | 列标题 | 说明 |
|---|---|---|
| 1 | type | 非编码 RNA 分类 |
| 2 | count | 该种类非编码 RNA 的拷贝数目 |
| 3 | total_length | 该种类非编码 RNA 的总长度，单位 bp |
| 4 | average_length | 该种类非编码 RNA 的平均长度，单位 bp（base pair，碱基对) |
*.rRNA.gff - rRNA预测结果
GFF 文件，可用文本编辑器打开，或扩展名改为 xls 后用 excel 打开。
格式实例详细说明见【4 常用格式】中【4.2 GFF 格式】部分。
*.sRNA.gff - sRNA预测结果
GFF 文件，可用文本编辑器打开，或扩展名改为 xls 后用 excel 打开。
格式实例详细说明见【4 常用格式】中【4.2 GFF 格式】部分。
*.tRNA.gff3- tRNA 预测结果列表
GFF 文件，可用文本编辑器打开，或扩展名改为 xls 后用 excel 打开。
格式实例详细说明见【4 常用格式】中【4.2 GFF 格式】部分。
*.tRNA.structure - tRNA 二级结构文件
文本文件，可用文本编辑器打开。
*.tRNA.structure 是 tRNAscan-SE 软件运行之后的原始输出文件，存储预测出来的 tRNA 的二级结构。.tRNA 二级结构格式说明如下：
常用格式
FASTA 格式
FASTA 格式（又称为 Pearson 格式），是一种基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。
在这种格式中碱基对或氨基酸用 单个字母来编码，且允许在序列前添加序列名及注释。序列文件的第一行是由大于号">"或分号";"打头的任意文字说明（习惯常用">"作 为起始），用于序列标记。从第二行开始为序列本身，只允许使用既定的核苷酸或氨基酸编码符号。通常核苷酸符号大小写均可，而氨 基酸常用大写字母。如： >scaffold1 35.9 AACTCCAAATGTTTTACATCCTTTTTTTATCCATAATATATAATCAACTGATATACAAAATGAAAAAATACTACCTACATTTTTATTAGGC TTATTTTATTAAAATAAGGTTGGTGTTGTGGAAATAGCCATTCT……
GFF 格式
GFF 格式是 Sanger 研究所定义，是一种简单的、方便的对于 DNA、RNA 以及蛋白质序列的特征进行描述的一种数据格式，比如序 列的哪里到哪里是基因，已经成为序列注释的通用格式，比如基因组的基因预测，许多软件都支持输入或者输出 GFF 格式。目前格式定 义的最新版本是版本 3。GFF 格式举例如下：
文件格式说明见下表：
| 列数 | 说明 |
|---|---|
| 1 | “seqid”序列的编号，编号的有效字符有[a-zA-Z0-9.:^x!+_?-] |
| 2 | “source'注释信息的来源，比如Genescan'”、Genbank”等，可以为空，为空用”，”点号代替 |
| 3 | type注释信息的类型，比如Gene、cDNA、mRNA等，或者是SO对应的编号 |
| 4 | “start''起始位置 |
| 5 | “end终止位置 |
| 6 | “score'”得分，数字，是注释信息可能性的说明，可以是序列相似性比对时的E-values值或者基因预测时的P-values值。”.”表示为空 |
| 7 | “strand'序列的方向，+表示正义链，-反义链，？表示未知 |
| 8 | “phase'”仅对注释类型为“CDS”有效，表示起始编码的位置，有效值为0、1、2.其他的为”.” |
| 9 | “attributes'”以多个键值对组成的注释信息描述，键与值之间用-”，不同的键值用“；”隔开，一个键可以有多个值，不同值用“，”分割。注意如果描述中包括tab键以及“=”，要用UL转义规则进行转义，如tab键用%09代替。键是区分大小写的，以大写字母开头的键是预先定义好的，在后面可能被其他注释信息所调用。 |
NOTE:若文件为空或者不存在，可能是该分析点已做，却结果为空。有任何疑问，请与相关工作人员联系，以确认。