VFDB 数据库注释结果说明 结果简介 目录结构 格式说明*.VFDB.filter.m8.txt – VFDB 数据库进行 BLAST 比对结果 *.VFDB.anno.txt– vfdb 数据库注释的结果文件 常用格式m8 文件
VFDB 数据库注释结果说明
结果简介
VFDB 数据库全称为 Virulence Factors of Pathogenic Bacteria，是致病细菌、衣原体和支原体的毒力因子数据库，除收录毒力基因的 物种信息、基本特征描述外，还提供毒力基因功能和致病机制的详细描述，截止到 2018 年 7 月 26 日，该数据库收集的致病菌包括 74 个 属、毒力因子 1811 种，相关菌株 942 个，VF 相关基因（非冗余）（Set B） 31246 个。
使用 DIAMOND 软件，把目标物种的氨基酸序列，与 VFDB 数据库进行比对，把目标物种的基因和其相对应的功能注释信息结合 起来，得到注释结果。由于每一条序列比对结果可能超过一条，为保证其生物意义，注释时保留一条最优比对结果作为该基因的注释。 最后题供的结果为 M8 格式。
如无特殊说明，以下内容中的“*”代表目标物种的样品名
目录结构
VFDB/
|--* .VFDB.filter.m8.txt【VFDB 数据库进行 BLAST 比对结果】
|-- *.VFDB.anno.txt【VFDB 数据库注释的结果文件】
格式说明
*.VFDB.filter.m8.txt – VFDB 数据库进行 BLAST 比对结果
m8 格式,使用 excel 打开。
m8 格式详细说明见【4 常用格式】中【4.1 m8 文件】部分。
*.VFDB.anno.txt– vfdb 数据库注释的结果文件
制表符分割的文本文档，使用 excel 打开。 文件内容对应于文件*.VFDB.filter.m8.txt。
文件内容举例如下：
文件内容说明如下：
| 列数 | 列标题 | 说明 |
|---|---|---|
| 1 | qseqid | 目标物种的氨基酸序列的 ID，编号的有效字符有[a-zA-Z0-9.:^x!+_?-] |
| 2 | VFDB_internal_id | 数据库中，毒力因子相关基因的 ID |
| 3 | pident | 目标物种的氨基酸序列与数据库序列比对的 Identity 值 |
| 4 | evalue | 目标物种的氨基酸序列与数据库序列比对的 E-value 值 |
| 5 | bitscore | 目标物种的氨基酸序列与数据库序列比对的比对得分 |
| 6 | VFID | 毒力因子 ID |
| 7 | VFCID | 是指与病原菌毒力因子相关的基因簇（gene cluster）的唯一标识符 |
| 8 | gene | 毒力因子相关基因的名字 – 基因的产物 |
| 9 | protein_name | 蛋白名字 |
| 10 | Organism | 毒力因子所属的病原菌名称 |
| 11 | VF_Name | 毒力因子名字 |
| 12 | VF_FullName | 与病原菌相关的毒力因子的全名 |
| 13 | Bacteria | 与病原菌毒力因子相关的细菌物种 |
| 14 | VFcategory | 是指病原菌毒力因子的分类 |
| 15 | Characteristics | 基因的特征描述 |
| 16 | Structure | 基因的结构特点 |
| 17 | Function | 基因的功能描述 |
| 18 | Mechanism | 基因的致病机制 |
| 19 | Reference | 来源 |
常用格式
m8 文件
格式为列表格式的 BLAST/ Diamond 比对结果。
m8 格式举例如下：
文件内容说明如下：
| 列数 | 说明 |
|---|---|
| 1 | 目标物种的氨基酸序列的 ID，编号的有效字符有[a-zA-Z0-9.:^x!+_?-] |
| 2 | 数据库序列的 ID |
| 3 | 目标物种的氨基酸序列与数据库序列比对的 Identity 值 |
| 4 | 目标物种的氨基酸序列与数据库序列比对的长度 |
| 5 | 目标物种的氨基酸序列与数据库序列比对区域的比对错配数 |
| 6 | 目标物种的氨基酸序列与数据库序列比对区域的比对空位数。 |
| 7 | 目标物种的氨基酸序列的比对起始坐标 |
| 8 | 目标物种的氨基酸序列的比对终止坐标 |
| 9 | 数据库序列的比对起始坐标 |
| 10 | 数据库序列的比对终止坐标 |
| 11 | 目标物种的氨基酸序列与数据库序列比对的期望值 |
| 12 | 目标物种的氨基酸序列与数据库序列比对的比对得分 |